More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2989 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2989  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  100 
 
 
293 aa  548  1e-155  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.115957  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0550  inner-membrane translocator  89.42 
 
 
293 aa  492  9.999999999999999e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.255736  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43530  amino acid ABC transporter-like protein  89.42 
 
 
293 aa  480  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0533478  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2768  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  87.03 
 
 
293 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0848238  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2986  inner-membrane translocator  87.37 
 
 
293 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.286251  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2545  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  69.62 
 
 
293 aa  393  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.322886 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3492  inner-membrane translocator  72.35 
 
 
293 aa  394  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3874  inner-membrane translocator  72.7 
 
 
293 aa  393  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.160659 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3800  inner-membrane translocator  72.35 
 
 
293 aa  394  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.469116  normal  0.955686 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2749  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  73.38 
 
 
293 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0611972  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1437  inner-membrane translocator  70.65 
 
 
297 aa  389  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.522267  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4297  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  70.55 
 
 
296 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.315349  decreased coverage  0.00178163 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43770  inner-membrane translocator  74.74 
 
 
293 aa  387  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.150883  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3004  inner-membrane translocator  72.7 
 
 
293 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.961727  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7157  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  67.24 
 
 
293 aa  381  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.751279  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5147  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  72.51 
 
 
299 aa  380  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.117358  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2723  inner-membrane translocator  63.16 
 
 
304 aa  339  4e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.956007  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0251  inner-membrane translocator  62.17 
 
 
304 aa  336  2.9999999999999997e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.477771  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0216  inner-membrane translocator  61.84 
 
 
304 aa  334  9e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5008  inner-membrane translocator  57.28 
 
 
309 aa  322  6e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0262  inner-membrane translocator  60.86 
 
 
304 aa  317  1e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3609  inner-membrane translocator  55.63 
 
 
309 aa  311  6.999999999999999e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.566086 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0785  inner-membrane translocator  55.99 
 
 
309 aa  305  9.000000000000001e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0050  inner-membrane translocator  53.99 
 
 
326 aa  300  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.681115 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0115  inner-membrane translocator  51.24 
 
 
328 aa  296  3e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.342029  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1157  inner-membrane translocator  56.31 
 
 
309 aa  295  7e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0568  putative branched-chain amino acid transport system permease  55.34 
 
 
310 aa  292  5e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.451582  normal  0.0433103 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2219  inner-membrane translocator  53.73 
 
 
329 aa  291  9e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.515204  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0468  inner-membrane translocator  55.34 
 
 
309 aa  291  1e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0918895  normal  0.15939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0459  inner-membrane translocator  55.02 
 
 
309 aa  289  4e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.575619  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0952  inner-membrane translocator  53.29 
 
 
329 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.778848 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2277  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  53.29 
 
 
329 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.750282  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3436  inner-membrane translocator  57.61 
 
 
309 aa  283  3.0000000000000004e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00170509 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0376  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  50.77 
 
 
329 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262788  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3363  inner-membrane translocator  51.43 
 
 
309 aa  282  5.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4006  inner-membrane translocator  50 
 
 
328 aa  275  7e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5037  inner-membrane translocator  56.58 
 
 
315 aa  271  6e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.941694  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3540  inner-membrane translocator  54.05 
 
 
309 aa  271  1e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.740436  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0602  inner-membrane translocator  55.95 
 
 
309 aa  270  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.650417  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1596  inner-membrane translocator  46.76 
 
 
292 aa  191  2e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2283  inner-membrane translocator  36.95 
 
 
295 aa  186  6e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  37.11 
 
 
290 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1833  inner-membrane translocator  34.69 
 
 
297 aa  169  6e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3415  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.01 
 
 
297 aa  167  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  36.73 
 
 
297 aa  166  4e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5288  inner-membrane translocator  42.57 
 
 
295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.653195  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2609  inner-membrane translocator  34.78 
 
 
297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_816  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.69 
 
 
294 aa  162  7e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.648564  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0945  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  34.69 
 
 
294 aa  161  9e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.501106  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  35.86 
 
 
297 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
297 aa  159  5e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000402  High-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein LivH  34.22 
 
 
297 aa  159  5e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.721803  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0829  inner-membrane translocator  34.01 
 
 
294 aa  159  8e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1544  inner-membrane translocator  38.38 
 
 
297 aa  155  8e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0346312  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  34.13 
 
 
291 aa  155  9e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1862  inner-membrane translocator  35.17 
 
 
297 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57457  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3841  inner-membrane translocator  34.6 
 
 
294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00122547  normal  0.924093 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  35.37 
 
 
291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  33.68 
 
 
291 aa  146  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  39.86 
 
 
293 aa  144  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0544  inner-membrane translocator  40 
 
 
293 aa  144  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  28.57 
 
 
309 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  34.58 
 
 
290 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4177  inner-membrane translocator  31.77 
 
 
297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1558  inner-membrane translocator  32.44 
 
 
297 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2307  inner-membrane translocator  35.69 
 
 
297 aa  139  6e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00760667 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0137  inner-membrane translocator  36.79 
 
 
302 aa  139  7.999999999999999e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2444  inner-membrane translocator  35 
 
 
304 aa  138  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5716  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  30.43 
 
 
297 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.010418  normal  0.660211 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  28.25 
 
 
309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1568  inner-membrane translocator  31.1 
 
 
297 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.308629  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  27.78 
 
 
319 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4711  inner-membrane translocator  30.69 
 
 
292 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  30.87 
 
 
294 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3831  inner-membrane translocator  37.19 
 
 
296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  30.27 
 
 
290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4573  inner-membrane translocator  31.19 
 
 
301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2425  inner-membrane translocator  40 
 
 
293 aa  133  3e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  26.62 
 
 
309 aa  132  6e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  26.62 
 
 
309 aa  132  6e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  27.92 
 
 
309 aa  132  6e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4095  inner-membrane translocator  36.24 
 
 
294 aa  132  6.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4820  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
290 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0225289  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1652  inner-membrane translocator  33.67 
 
 
291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.124335  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  33.1 
 
 
294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  32.21 
 
 
290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  27.92 
 
 
338 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4063  inner-membrane translocator  34.36 
 
 
292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2753  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.93 
 
 
290 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110353  normal  0.248126 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3164  inner-membrane translocator  37 
 
 
296 aa  129  6e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0109839  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7078  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  32.09 
 
 
292 aa  129  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666733  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0402  inner-membrane translocator  34.25 
 
 
296 aa  129  8.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  32.39 
 
 
295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1123  putative amino-acid transmembrane ABC transporter protein  27.78 
 
 
335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.121709  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0430  inner-membrane translocator  35.84 
 
 
293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0151823  normal  0.0139514 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  32.66 
 
 
292 aa  127  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  26.62 
 
 
309 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  26.3 
 
 
309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  26.62 
 
 
309 aa  126  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  33.56 
 
 
293 aa  125  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>