More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2988 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2988  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 355 aa  682    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0551  inner-membrane translocator  78.59 
 
 		 355 aa  521  1e-147  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340472  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  77.75 
 
 		 355 aa  510  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2985  inner-membrane translocator  79.15 
 
 		 355 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.538372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  60.06 
 
 		 358 aa  424  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  74.65 
 
 		 329 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  58.17 
 
 		 358 aa  417  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  57.82 
 
 		 358 aa  408  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  56.7 
 
 		 358 aa  401  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3003  inner-membrane translocator  67.19 
 
 		 354 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2750  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  66.56 
 
 		 354 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  51.25 
 
 		 358 aa  372  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  51.8 
 
 		 358 aa  372  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  53.35 
 
 		 354 aa  368  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  60.19 
 
 		 351 aa  366  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  53.8 
 
 		 354 aa  366  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43760  LivM family inner-membrane translocator  63.58 
 
 		 352 aa  361  1e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0601  inner-membrane translocator  50.84 
 
 		 358 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0784  inner-membrane translocator  54.93 
 
 		 354 aa  354  1e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0467  inner-membrane translocator  51.52 
 
 		 358 aa  354  1e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.0775893 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0458  inner-membrane translocator  51.52 
 
 		 358 aa  353  2e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.441083  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3539  inner-membrane translocator  51.8 
 
 		 358 aa  350  2e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.17747  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3437  inner-membrane translocator  53.52 
 
 		 354 aa  349  4e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193702 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3801  inner-membrane translocator  59.68 
 
 		 347 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5036  inner-membrane translocator  52.34 
 
 		 362 aa  334  1e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  49.04 
 
 		 368 aa  331  1e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3875  inner-membrane translocator  59.03 
 
 		 347 aa  330  2e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.165994 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3493  inner-membrane translocator  59.68 
 
 		 347 aa  326  5e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0379  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  47.79 
 
 		 358 aa  326  5e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7158  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  61.13 
 
 		 350 aa  323  4e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4296  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  59.87 
 
 		 351 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  decreased coverage  0.00201809 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0951  inner-membrane translocator  47.65 
 
 		 358 aa  317  3e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2276  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  47.65 
 
 		 358 aa  317  3e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.158559  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2546  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  58.22 
 
 		 365 aa  313  1.9999999999999998e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0118  inner-membrane translocator  45.73 
 
 		 358 aa  309  5e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2220  inner-membrane translocator  46.81 
 
 		 358 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  0.964416 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4005  inner-membrane translocator  45.6 
 
 		 384 aa  308  1.0000000000000001e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1436  inner-membrane translocator  60.13 
 
 		 344 aa  288  1e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.476305  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  37.43 
 
 		 357 aa  211  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  37.22 
 
 		 349 aa  209  5e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  39.15 
 
 		 345 aa  209  8e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  39.49 
 
 		 350 aa  208  1e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 346 aa  207  3e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  38.44 
 
 		 350 aa  206  4e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  44.67 
 
 		 355 aa  206  5e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 373 aa  206  7e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  37.99 
 
 		 350 aa  204  3e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  37.14 
 
 		 348 aa  203  4e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 345 aa  197  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  37.36 
 
 		 357 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.78 
 
 		 357 aa  194  3e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 352 aa  191  2e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  36.46 
 
 		 357 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  37.88 
 
 		 352 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 357 aa  190  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  36.87 
 
 		 356 aa  189  5e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  36.74 
 
 		 357 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  36.94 
 
 		 352 aa  189  7e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  37.99 
 
 		 357 aa  187  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  34.27 
 
 		 357 aa  186  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  36.78 
 
 		 357 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  36.67 
 
 		 355 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  37.36 
 
 		 349 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  36.8 
 
 		 357 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  40.93 
 
 		 356 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  39.5 
 
 		 356 aa  173  5e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  36.52 
 
 		 357 aa  169  7e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  37.77 
 
 		 358 aa  168  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  35.67 
 
 		 358 aa  166  5.9999999999999996e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  35.96 
 
 		 357 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  38.24 
 
 		 358 aa  165  1.0000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 562 aa  160  2e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  35.33 
 
 		 381 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  37.86 
 
 		 358 aa  152  8.999999999999999e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 360 aa  149  8e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  34.43 
 
 		 324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  35.96 
 
 		 358 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  32.44 
 
 		 571 aa  136  5e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3011  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 370 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152809  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  34.05 
 
 		 360 aa  135  9e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.55 
 
 		 325 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0999  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.78 
 
 		 328 aa  133  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.203493  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  32.72 
 
 		 321 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  32.18 
 
 		 341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1580  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.89 
 
 		 317 aa  129  1.0000000000000001e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.571371  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2977  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 454 aa  127  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3165  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 364 aa  125  9e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00338747  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  26.9 
 
 		 339 aa  125  1e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.72 
 
 		 389 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.72 
 
 		 389 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.72 
 
 		 389 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  32 
 
 		 328 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.72 
 
 		 389 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.72 
 
 		 389 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.72 
 
 		 389 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  31.39 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.72 
 
 		 389 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1084  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 435 aa  123  6e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0450701  normal  0.660313 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1894  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 454 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.735841  normal  0.0546266 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>