More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2814 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  63.58 
 
 		 525 aa  679    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  100 
 
 		 521 aa  1057    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  95.59 
 
 		 521 aa  1003    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  64.35 
 
 		 526 aa  707    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  63.97 
 
 		 522 aa  691    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  63.2 
 
 		 549 aa  694    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  42.94 
 
 		 530 aa  414  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  39.68 
 
 		 509 aa  398  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  38.1 
 
 		 528 aa  393  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  39.1 
 
 		 535 aa  395  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  40.91 
 
 		 533 aa  392  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  40.62 
 
 		 533 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  37.92 
 
 		 535 aa  386  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  38.09 
 
 		 537 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  38.89 
 
 		 531 aa  356  5.999999999999999e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  39.43 
 
 		 528 aa  356  6.999999999999999e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  39.4 
 
 		 532 aa  354  2.9999999999999997e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  39.56 
 
 		 538 aa  352  8e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  39 
 
 		 532 aa  351  2e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  38.59 
 
 		 514 aa  330  4e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  36.85 
 
 		 516 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  37.25 
 
 		 516 aa  324  3e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1240  extracellular solute-binding protein  36.13 
 
 		 544 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.602045  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3881  extracellular solute-binding protein  38.01 
 
 		 515 aa  311  2e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.441306  normal  0.0413131 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  36.02 
 
 		 512 aa  306  5.0000000000000004e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  35.64 
 
 		 524 aa  300  4e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  36.93 
 
 		 534 aa  288  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  37.09 
 
 		 534 aa  287  2.9999999999999996e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  33.59 
 
 		 527 aa  259  6e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  33.53 
 
 		 526 aa  258  2e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  31.55 
 
 		 528 aa  252  1e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  31.36 
 
 		 528 aa  250  4e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1091  extracellular solute-binding protein family 5  32.68 
 
 		 528 aa  247  4e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.264739  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1300  extracellular solute-binding protein  31.46 
 
 		 526 aa  242  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  31.96 
 
 		 528 aa  242  1e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  33.66 
 
 		 544 aa  238  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  31.25 
 
 		 542 aa  233  5e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  33.66 
 
 		 530 aa  230  5e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  32.08 
 
 		 526 aa  229  8e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  31.64 
 
 		 518 aa  229  8e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  32.32 
 
 		 517 aa  227  4e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  31.38 
 
 		 516 aa  225  2e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  32.5 
 
 		 517 aa  224  4e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  32.86 
 
 		 531 aa  223  6e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2857  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  30.77 
 
 		 532 aa  221  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.207734 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  32.12 
 
 		 519 aa  221  3.9999999999999997e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  30.45 
 
 		 526 aa  221  3.9999999999999997e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3143  extracellular solute-binding protein  32.5 
 
 		 524 aa  219  7.999999999999999e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0573017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  30.25 
 
 		 526 aa  219  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0877  4-phytase  32.14 
 
 		 460 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1097  putative binding-dependent transport protein (periplasmic)  31.14 
 
 		 528 aa  217  4e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  30.24 
 
 		 521 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  30.24 
 
 		 521 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  30.24 
 
 		 521 aa  216  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  30.24 
 
 		 521 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  30.24 
 
 		 521 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0688  extracellular solute-binding protein  31.39 
 
 		 523 aa  213  7.999999999999999e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.110035  normal  0.066295 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0666  extracellular solute-binding protein family 5  31.39 
 
 		 523 aa  211  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404568  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  31.24 
 
 		 527 aa  211  2e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4426  extracellular solute-binding protein  31.69 
 
 		 556 aa  210  5e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169116  normal  0.480332 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  29.52 
 
 		 514 aa  209  1e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4474  extracellular solute-binding protein  30.65 
 
 		 538 aa  209  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  26.85 
 
 		 514 aa  207  5e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  28.96 
 
 		 535 aa  206  1e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0255  extracellular solute-binding protein  30.54 
 
 		 531 aa  205  2e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.146115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7194  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.91 
 
 		 528 aa  203  6e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169026  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0449  extracellular solute-binding protein  30.02 
 
 		 520 aa  203  7e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  28.96 
 
 		 520 aa  200  5e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  30.88 
 
 		 505 aa  200  6e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.76 
 
 		 534 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1815  extracellular solute-binding protein  29.48 
 
 		 532 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  30.6 
 
 		 526 aa  197  5.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2822  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 		 517 aa  196  7e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.687608  normal  0.0566169 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  31.16 
 
 		 497 aa  195  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2799  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 		 520 aa  195  2e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.741108 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide/dipeptide-binding protein  29.36 
 
 		 595 aa  192  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  29.82 
 
 		 527 aa  187  5e-46  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1829  extracellular solute-binding protein family 5  27.62 
 
 		 520 aa  184  3e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  29.23 
 
 		 526 aa  183  6e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  30.74 
 
 		 524 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0423  extracellular solute-binding protein  31.52 
 
 		 527 aa  181  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.204725  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2819  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 		 529 aa  180  7e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000112764  normal  0.172306 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1803  extracellular solute-binding protein family 5  30.75 
 
 		 499 aa  179  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0045678  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2834  extracellular solute-binding protein family 5  29.71 
 
 		 526 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.360597 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  27.46 
 
 		 526 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.46 
 
 		 526 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  27.46 
 
 		 526 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  27.46 
 
 		 526 aa  177  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 535 aa  176  8e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  28.84 
 
 		 495 aa  176  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  27.27 
 
 		 526 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.05 
 
 		 532 aa  174  2.9999999999999996e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  28.03 
 
 		 535 aa  174  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  28.03 
 
 		 535 aa  174  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 		 495 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  28.03 
 
 		 535 aa  174  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  28.03 
 
 		 535 aa  174  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  28.03 
 
 		 535 aa  174  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  28.03 
 
 		 535 aa  174  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  28.03 
 
 		 535 aa  174  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>