More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2757 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  60.53 
 
 
685 aa  822    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  53.87 
 
 
699 aa  703    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  71.14 
 
 
695 aa  968    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  59.68 
 
 
701 aa  788    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  53.87 
 
 
699 aa  706    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  57.33 
 
 
689 aa  783    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  100 
 
 
703 aa  1431    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  51.81 
 
 
710 aa  660    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  84.5 
 
 
703 aa  1159    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  58.68 
 
 
685 aa  776    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  57.04 
 
 
709 aa  780    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  67.65 
 
 
683 aa  913    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  71.57 
 
 
695 aa  954    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  60.67 
 
 
685 aa  822    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.53 
 
 
686 aa  711    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  58.65 
 
 
693 aa  783    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  59.09 
 
 
693 aa  791    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.14 
 
 
692 aa  723    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  71.68 
 
 
693 aa  1006    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  53.87 
 
 
699 aa  705    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  70.99 
 
 
695 aa  967    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.93 
 
 
694 aa  744    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  70.22 
 
 
695 aa  950    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  54.01 
 
 
691 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  54.01 
 
 
699 aa  707    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  57.92 
 
 
687 aa  778    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  44.9 
 
 
678 aa  577  1.0000000000000001e-163  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  47.6 
 
 
696 aa  573  1.0000000000000001e-162  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  47.6 
 
 
696 aa  573  1.0000000000000001e-162  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.01 
 
 
689 aa  547  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.33 
 
 
724 aa  544  1e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.21 
 
 
689 aa  545  1e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.35 
 
 
716 aa  530  1e-149  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.72 
 
 
689 aa  530  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.76 
 
 
709 aa  530  1e-149  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  43.61 
 
 
688 aa  514  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  43.76 
 
 
688 aa  514  1e-144  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  43.76 
 
 
688 aa  514  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  43.61 
 
 
688 aa  513  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  43.76 
 
 
688 aa  514  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  43.47 
 
 
688 aa  513  1e-144  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  40.92 
 
 
785 aa  481  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  40.52 
 
 
726 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.36 
 
 
760 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1562  diguanylate phosphodiesterase  64.65 
 
 
326 aa  438  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.76 
 
 
726 aa  433  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4985  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  38.64 
 
 
699 aa  429  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73967  normal  0.0333981 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  36.99 
 
 
763 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  35.95 
 
 
756 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.03 
 
 
754 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  47.95 
 
 
828 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.74 
 
 
947 aa  405  1e-111  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.64 
 
 
827 aa  405  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  38.18 
 
 
754 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.89 
 
 
754 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  46.48 
 
 
829 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.73 
 
 
876 aa  401  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0803  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.1 
 
 
694 aa  400  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.91 
 
 
736 aa  402  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.6 
 
 
1248 aa  395  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.45 
 
 
925 aa  391  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.4 
 
 
713 aa  392  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00871841 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.72 
 
 
685 aa  392  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2044  sensory box/GGDEF family protein  45.69 
 
 
762 aa  389  1e-106  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2511  sensory box/GGDEF family protein  44.37 
 
 
873 aa  386  1e-106  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.064044  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  43.76 
 
 
721 aa  387  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.6 
 
 
869 aa  388  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3743  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.18 
 
 
722 aa  387  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.265049 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.5 
 
 
713 aa  387  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.430006  normal  0.473788 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.25 
 
 
633 aa  389  1e-106  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.76 
 
 
905 aa  386  1e-106  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.83 
 
 
805 aa  386  1e-106  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00432386  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  42.5 
 
 
921 aa  385  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.03 
 
 
790 aa  384  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  45.6 
 
 
1245 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.17 
 
 
585 aa  384  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.62 
 
 
1093 aa  385  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.23 
 
 
1212 aa  385  1e-105  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  46.39 
 
 
1502 aa  385  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.83 
 
 
1244 aa  385  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1708  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.97 
 
 
869 aa  383  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.89 
 
 
962 aa  383  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.58 
 
 
844 aa  382  1e-104  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.33 
 
 
826 aa  380  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.37 
 
 
721 aa  381  1e-104  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3588  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.1 
 
 
827 aa  381  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0360121 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.56 
 
 
754 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  45.07 
 
 
792 aa  378  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0537  sensory box/GGDEF family protein  45.29 
 
 
682 aa  376  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5944  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.9 
 
 
745 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  45.73 
 
 
799 aa  376  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0672  sensory box protein  43.19 
 
 
1276 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321974  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  44.24 
 
 
712 aa  377  1e-103  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.99 
 
 
1508 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0704  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.19 
 
 
1276 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.116377  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.95 
 
 
582 aa  377  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.41 
 
 
860 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.99 
 
 
1508 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  45.14 
 
 
1245 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.57 
 
 
1070 aa  376  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>