62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2624 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2624  hypothetical protein  100 
 
 		 279 aa  578  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00205381  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2364  hypothetical protein  92.11 
 
 		 279 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.09488  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3468  hypothetical protein  74.82 
 
 		 279 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0524823 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2853  hypothetical protein  61.37 
 
 		 282 aa  346  3e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889205  normal  0.120479 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2122  hypothetical protein  61.45 
 
 		 278 aa  346  3e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0384708  normal  0.383593 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2769  hypothetical protein  62.68 
 
 		 280 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230469  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2923  hypothetical protein  60.93 
 
 		 285 aa  333  2e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.301224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4147  hypothetical protein  56.83 
 
 		 295 aa  295  8e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1310  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.79 
 
 		 490 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.35 
 
 		 491 aa  199  6e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716146 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4607  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  34.59 
 
 		 479 aa  152  7e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2039  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  35.93 
 
 		 476 aa  147  3e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2306  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  34.85 
 
 		 485 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0113153 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2581  Uracil-DNA glycosylase superfamily  34.85 
 
 		 485 aa  144  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.148154  normal  0.520534 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1899  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.63 
 
 		 480 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.530135 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2002  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.32 
 
 		 495 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.515023  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3539  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  34 
 
 		 493 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.72599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01932  putative DNA polymerase related protein  33.73 
 
 		 265 aa  136  4e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1758  uracil-DNA glycosylase  33.7 
 
 		 299 aa  135  5e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2263  Uracil-DNA glycosylase superfamily  35.27 
 
 		 485 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3585  putative DNA polymerase related protein  32.41 
 
 		 264 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2983  putative Uracil-DNA glycosylase  36.05 
 
 		 496 aa  133  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0229765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03048  uracil DNA glycosylase superfamily protein  35.48 
 
 		 477 aa  133  3.9999999999999996e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6621  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  32.32 
 
 		 493 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.647751  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.92 
 
 		 485 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102912  normal  0.247283 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2713  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.01 
 
 		 484 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0908  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.71 
 
 		 485 aa  126  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2232  putative uracil-DNA glycosylase  35.71 
 
 		 474 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4595  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  33.94 
 
 		 300 aa  125  6e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2974  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.26 
 
 		 484 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.547002  normal  0.081946 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4850  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  33.33 
 
 		 279 aa  116  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0473991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2502  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.52 
 
 		 476 aa  115  6.9999999999999995e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.562292  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5994  Uracil-DNA glycosylase superfamily  29.78 
 
 		 546 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.263417 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2228  hypothetical protein  28.62 
 
 		 507 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7466  hypothetical protein  32.41 
 
 		 492 aa  109  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2068  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  29.87 
 
 		 465 aa  108  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.803704  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2259  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.78 
 
 		 247 aa  103  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.166552  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1725  hypothetical protein  27.18 
 
 		 246 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.290957  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0406  hypothetical protein  28.17 
 
 		 245 aa  63.2  0.000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000345216  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0924  hypothetical protein  26.75 
 
 		 251 aa  62  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000208193 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0175  hypothetical protein  31.03 
 
 		 257 aa  61.2  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0825  hypothetical protein  27.89 
 
 		 294 aa  59.7  0.00000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.246214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0227  hypothetical protein  29.17 
 
 		 252 aa  58.2  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0221603 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0664  hypothetical protein  26.06 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.559542  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1203  hypothetical protein  31.94 
 
 		 255 aa  52  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0634007  normal  0.702374 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0321  hypothetical protein  27.21 
 
 		 250 aa  52  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.322219 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1788  hypothetical protein  26.42 
 
 		 283 aa  50.8  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0349  hypothetical protein  24.28 
 
 		 243 aa  51.6  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2638  hypothetical protein  23.67 
 
 		 245 aa  50.4  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3381  hypothetical protein  25 
 
 		 260 aa  50.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1925  hypothetical protein  21.47 
 
 		 247 aa  49.3  0.00006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000101879  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1283  hypothetical protein  25.5 
 
 		 249 aa  49.3  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0247  hypothetical protein  25.7 
 
 		 245 aa  47.4  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4057  hypothetical protein  25.45 
 
 		 256 aa  47.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.303287  normal  0.100752 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3328  hypothetical protein  29.17 
 
 		 247 aa  47.8  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1574  hypothetical protein  28.48 
 
 		 243 aa  47  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.235468  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0125  hypothetical protein  23.51 
 
 		 248 aa  44.7  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.212307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0307  hypothetical protein  25.77 
 
 		 245 aa  44.3  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00166335  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0193  hypothetical protein  26.06 
 
 		 254 aa  44.7  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.125888 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12073  hypothetical protein  25.35 
 
 		 258 aa  44.3  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.793461  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3694  hypothetical protein  24.57 
 
 		 270 aa  43.9  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000281163  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0109  hypothetical protein  23.58 
 
 		 249 aa  43.1  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>