More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2538 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2538  Rhs element Vgr protein  100 
 
 
680 aa  1406    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3849  Rhs element Vgr protein  50.83 
 
 
675 aa  674    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4385  Rhs element Vgr protein  60.41 
 
 
763 aa  805    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5415  Rhs element Vgr protein  60.94 
 
 
678 aa  786    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5436  Rhs element Vgr protein  62.05 
 
 
680 aa  866    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4488  Rhs element Vgr protein  61.19 
 
 
702 aa  817    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0107  Rhs element Vgr protein  59.62 
 
 
693 aa  826    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0820  Rhs element Vgr protein  56.73 
 
 
694 aa  773    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.476122  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0454  Rhs element Vgr protein  49.77 
 
 
671 aa  655    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2044  Rhs element Vgr protein  62.97 
 
 
680 aa  850    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.909849  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2631  Rhs element Vgr protein  57.74 
 
 
684 aa  818    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5574  Rhs element Vgr protein  60.03 
 
 
741 aa  775    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.151496 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18985  hypothetical protein  62.3 
 
 
808 aa  794    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000261066  normal  0.267032 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21450  hypothetical protein  60.62 
 
 
688 aa  811    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43080  hypothetical protein  62.95 
 
 
680 aa  841    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000176027  normal  0.282542 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67230  hypothetical protein  60.19 
 
 
790 aa  757    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69550  hypothetical protein  63.17 
 
 
680 aa  852    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.256731  normal  0.401785 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0153  Rhs element Vgr protein  50 
 
 
689 aa  624  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2329  Rhs element Vgr protein  56.62 
 
 
968 aa  595  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3482  Rhs element Vgr protein  46.15 
 
 
675 aa  589  1e-167  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0192027  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3949  Rhs element Vgr protein  43.75 
 
 
691 aa  565  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.809054  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5597  Rhs element Vgr protein  44.02 
 
 
1118 aa  529  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3035  type VI secretion system Vgr family protein  36.55 
 
 
683 aa  424  1e-117  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3719  Rhs element Vgr protein  36.18 
 
 
723 aa  412  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.331309  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1216  type VI secretion system Vgr family protein  36.83 
 
 
683 aa  414  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0115  vgrG protein  37.65 
 
 
694 aa  412  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0014  vgrG protein  38.35 
 
 
1017 aa  412  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2565  Rhs element Vgr protein  37.78 
 
 
687 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.125293  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2572  Rhs element Vgr protein  37.78 
 
 
687 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0544876  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2579  Rhs element Vgr protein  37.78 
 
 
687 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0472026  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2151  Rhs element Vgr protein  37.6 
 
 
706 aa  405  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2513  type VI secretion system Vgr family protein  35.3 
 
 
682 aa  396  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2825  type VI secretion system Vgr family protein  37.03 
 
 
678 aa  395  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1026  vgrG protein  35.83 
 
 
1095 aa  391  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1183  Rhs element Vgr protein  35.74 
 
 
694 aa  385  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1194  Rhs element Vgr protein  35.99 
 
 
655 aa  383  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3238  type VI secretion system Vgr family protein  35.83 
 
 
678 aa  382  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1212  Rhs element Vgr protein  33.95 
 
 
699 aa  376  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0650  Rhs element Vgr protein  38.57 
 
 
727 aa  379  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0732792  normal  0.0253872 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0838  Rhs element Vgr protein  37.83 
 
 
697 aa  370  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2188  type VI secretion system Vgr family protein  35.69 
 
 
656 aa  369  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.33539  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1607  type VI secretion system Vgr family protein  35.52 
 
 
616 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0418  type VI secretion system Vgr family protein  36.15 
 
 
617 aa  355  2e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1162  type VI secretion system Vgr family protein  35.03 
 
 
617 aa  353  4e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.754803  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3454  type VI secretion system Vgr family protein  36.29 
 
 
655 aa  353  5e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1502  type VI secretion system Vgr family protein  35.05 
 
 
617 aa  353  5e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2696  type VI secretion system Vgr family protein  35.31 
 
 
615 aa  353  5.9999999999999994e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.187576  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0648  type VI secretion system Vgr family protein  34.8 
 
 
609 aa  351  2e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1145  Rhs element Vgr protein  37.64 
 
 
706 aa  348  2e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2559  type VI secretion system Vgr family protein  34.48 
 
 
618 aa  348  3e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2360  Rhs element Vgr protein  32.9 
 
 
618 aa  347  5e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01965  hypothetical protein  32.75 
 
 
771 aa  345  2e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0345  type VI secretion system Vgr family protein  35.71 
 
 
619 aa  343  5e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_36  VgrG protein, VgrG-2  32.33 
 
 
754 aa  343  7e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1358  VgrG preotein, VgrG-2  32.19 
 
 
754 aa  342  1e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0163  hypothetical protein  36.07 
 
 
646 aa  341  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.766784  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0401  type VI secretion system Vgr family protein  34.12 
 
 
740 aa  339  9.999999999999999e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0764  type VI secretion system Vgr family protein  32.06 
 
 
741 aa  338  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0328  Rhs element Vgr protein  34.12 
 
 
740 aa  338  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0696  putative VgrG protein  32.06 
 
 
741 aa  338  2.9999999999999997e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0053  type VI secretion system Vgr family protein  36.61 
 
 
617 aa  337  5e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000448  VgrG protein  32.18 
 
 
692 aa  337  5e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000107078  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01110  hypothetical protein  35.41 
 
 
643 aa  336  9e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.124023  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2557  type VI secretion system Vgr family protein  31.88 
 
 
726 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.482945  normal  0.0643046 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0286  Rhs element Vgr protein:Gp5-like  30.54 
 
 
709 aa  335  2e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.856224 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05870  hypothetical protein  30.88 
 
 
692 aa  333  4e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2858  type VI secretion system Vgr family protein  33.03 
 
 
692 aa  333  5e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.374803  normal  0.207801 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0339  putative VgrG protein  35.84 
 
 
732 aa  333  6e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2117  Rhs element Vgr protein  32.3 
 
 
722 aa  333  6e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2614  vgrG protein  31.51 
 
 
722 aa  333  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0110775 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4049  vgrG protein  32.22 
 
 
771 aa  332  1e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.253476  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3489  hypothetical protein  36.49 
 
 
767 aa  332  1e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.159566  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3234  type VI secretion system Vgr family protein  32.46 
 
 
722 aa  332  1e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3386  vgrG protein  31.68 
 
 
725 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.160309  normal  0.824381 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3133  Rhs element Vgr protein  36.03 
 
 
767 aa  331  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.054847  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2371  Rhs element Vgr protein  33.66 
 
 
725 aa  330  4e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1155  type VI secretion system Vgr family protein  37.38 
 
 
706 aa  330  4e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0542625  normal  0.843476 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3533  type VI secretion system Vgr family protein  35.15 
 
 
725 aa  330  4e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4483  type VI secretion system Vgr family protein  34.99 
 
 
778 aa  328  3e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0169  hypothetical protein  34.16 
 
 
741 aa  326  8.000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0300  type VI secretion system Vgr family protein  34.83 
 
 
794 aa  326  1e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01160  hypothetical protein  34.16 
 
 
741 aa  325  2e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73633  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2735  Rhs element Vgr protein  33.28 
 
 
788 aa  325  2e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0298298  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29390  hypothetical protein  31.99 
 
 
689 aa  323  5e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0698  type VI secretion system Vgr family protein  35.46 
 
 
792 aa  323  8e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0241  Rhs element Vgr protein  35.38 
 
 
907 aa  323  8e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4009  Rhs element Vgr protein  35.62 
 
 
756 aa  323  8e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0849352  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1320  Rhs element Vgr protein  35.16 
 
 
661 aa  323  9.000000000000001e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.249702  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1401  Rhs element Vgr protein  35 
 
 
661 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.764688  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33960  hypothetical protein  34.86 
 
 
668 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000148732  normal  0.101757 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3486  Rhs element Vgr protein  34.13 
 
 
774 aa  322  9.999999999999999e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.740933  normal  0.610265 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1269  Rhs element Vgr protein  35 
 
 
661 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0412192  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2568  Rhs element Vgr protein  35.16 
 
 
661 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1057  Rhs element Vgr protein  35 
 
 
661 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517121  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0511  Rhs element Vgr protein  35 
 
 
661 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4257  type VI secretion system Vgr family protein  33.66 
 
 
610 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2127  Rhs element Vgr protein  32.86 
 
 
748 aa  322  1.9999999999999998e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.519632 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0240  Rhs element Vgr protein  35 
 
 
661 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3752  Rhs element Vgr protein  35.18 
 
 
755 aa  320  3.9999999999999996e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.617325 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2517  type VI secretion system Vgr family protein  33.44 
 
 
616 aa  320  7e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>