More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2202 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_3509  succinyl-CoA synthetase subunit beta  95.62 
 
 
388 aa  731    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.019231  normal  0.863924 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4186  succinyl-CoA synthetase subunit beta  95.62 
 
 
388 aa  730    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.146804  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2202  succinyl-CoA synthase, beta subunit  100 
 
 
388 aa  787    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00971799  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2012  succinyl-CoA synthetase subunit beta  99.74 
 
 
388 aa  785    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.807548 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1668  succinyl-CoA synthetase subunit beta  95.62 
 
 
388 aa  730    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.11525  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1617  succinyl-CoA synthetase subunit beta  97.16 
 
 
388 aa  768    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3757  succinyl-CoA synthetase subunit beta  95.88 
 
 
388 aa  736    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29740  Succinyl-CoA synthetase, beta subunit  83.42 
 
 
389 aa  654    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1801  succinyl-CoA synthetase subunit beta  81.14 
 
 
389 aa  653    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.198712  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43950  succinyl-CoA synthetase subunit beta  91.49 
 
 
388 aa  704    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0993593  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3686  succinyl-CoA synthetase subunit beta  91.75 
 
 
388 aa  704    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2500  succinyl-CoA synthetase subunit beta  92.27 
 
 
388 aa  734    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.0920336 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2797  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  80.41 
 
 
388 aa  629  1e-179  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.646018  normal  0.685585 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1220  succinyl-CoA synthetase subunit beta  81.19 
 
 
409 aa  629  1e-179  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1429  succinyl-CoA synthetase subunit beta  80.15 
 
 
388 aa  618  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1157  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  81.7 
 
 
388 aa  618  1e-176  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01877  succinyl-CoA synthetase subunit beta  79.12 
 
 
388 aa  617  1e-175  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.527866  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2221  succinyl-CoA synthetase subunit beta  79.9 
 
 
388 aa  611  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0353826  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2812  succinyl-CoA synthetase subunit beta  77.58 
 
 
388 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2181  succinyl-CoA synthetase subunit beta  78.87 
 
 
388 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1839  succinyl-CoA synthetase subunit beta  77.58 
 
 
388 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00631921  normal  0.060899 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1671  succinyl-CoA synthetase subunit beta  78.61 
 
 
388 aa  603  1.0000000000000001e-171  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2626  succinyl-CoA synthetase subunit beta  78.87 
 
 
388 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00132784  normal  0.0696862 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2513  succinyl-CoA synthetase subunit beta  78.87 
 
 
388 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.955755  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1637  succinyl-CoA synthetase subunit beta  78.35 
 
 
388 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.258222  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1712  succinyl-CoA synthetase subunit beta  78.35 
 
 
388 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00288074  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2341  succinyl-CoA synthetase subunit beta  78.87 
 
 
388 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.188241  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2267  succinyl-CoA synthetase subunit beta  78.61 
 
 
388 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2506  succinyl-CoA synthetase subunit beta  78.87 
 
 
388 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00062173  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1838  succinyl-CoA synthetase subunit beta  78.87 
 
 
388 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.062455  normal  0.042007 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1932  succinyl-CoA synthetase subunit beta  78.35 
 
 
388 aa  599  1e-170  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1790  succinyl-CoA synthetase subunit beta  77.58 
 
 
388 aa  598  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2103  succinyl-CoA synthetase subunit beta  79.9 
 
 
388 aa  600  1e-170  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.32957  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1712  succinyl-CoA synthetase subunit beta  78.09 
 
 
388 aa  598  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0807295  normal  0.149582 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2250  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  73.71 
 
 
388 aa  592  1e-168  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.655045 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1238  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.55 
 
 
388 aa  585  1e-166  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.988188  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004110  succinyl-CoA ligase [ADP-forming] beta chain  76.03 
 
 
388 aa  584  1e-166  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2879  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.03 
 
 
388 aa  581  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.29 
 
 
388 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.801133  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2908  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  76.29 
 
 
388 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.816309  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0820  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.29 
 
 
388 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2928  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.29 
 
 
388 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.523722  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0740  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.29 
 
 
388 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00676  hypothetical protein  76.29 
 
 
388 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01357  succinyl-CoA synthetase subunit beta  75.77 
 
 
388 aa  582  1.0000000000000001e-165  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1386  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.03 
 
 
388 aa  581  1.0000000000000001e-165  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.900778  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2966  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.03 
 
 
388 aa  581  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0775  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.29 
 
 
388 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0754  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.29 
 
 
388 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1657  succinyl-CoA synthetase subunit beta  77.06 
 
 
388 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0504146  normal  0.508057 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1228  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.55 
 
 
388 aa  581  1.0000000000000001e-165  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0771  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.29 
 
 
388 aa  581  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1269  succinyl-CoA synthetase subunit beta  75.77 
 
 
388 aa  577  1e-164  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.610511  normal  0.0166636 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3098  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.56 
 
 
388 aa  580  1e-164  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0832  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.29 
 
 
388 aa  580  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00412785  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0797  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.29 
 
 
388 aa  581  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0208379  normal  0.0728159 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0894  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.29 
 
 
388 aa  581  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.117114  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0647  succinyl-CoA synthetase subunit beta  75.77 
 
 
388 aa  578  1e-164  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2912  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.03 
 
 
388 aa  580  1e-164  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0861  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.29 
 
 
388 aa  581  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0229067 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0848  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.8 
 
 
388 aa  568  1e-161  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1146  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.29 
 
 
388 aa  565  1e-160  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0580  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.71 
 
 
387 aa  539  9.999999999999999e-153  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0957  succinyl-CoA synthetase subunit beta  64.25 
 
 
389 aa  539  9.999999999999999e-153  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0599  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.45 
 
 
387 aa  537  1e-151  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1557  succinyl-CoA synthetase subunit beta  65.89 
 
 
390 aa  520  1e-146  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0597  succinyl-CoA synthetase subunit beta  65.36 
 
 
390 aa  519  1e-146  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0269  succinyl-CoA synthetase subunit beta  64.68 
 
 
389 aa  502  1e-141  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0105  succinyl-CoA synthetase subunit beta  64.68 
 
 
388 aa  484  1e-136  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0114  succinyl-CoA synthetase subunit beta  64.42 
 
 
388 aa  482  1e-135  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.289605  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2547  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60.1 
 
 
391 aa  472  1e-132  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.130475 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0097  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.87 
 
 
393 aa  471  1.0000000000000001e-131  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.220862  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0079  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.17 
 
 
397 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0559  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.92 
 
 
397 aa  459  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.73 
 
 
389 aa  457  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0967  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.92 
 
 
397 aa  457  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.92 
 
 
397 aa  457  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426035  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0808  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  59.33 
 
 
386 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2037  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.77 
 
 
387 aa  453  1.0000000000000001e-126  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.325125  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0821  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.91 
 
 
397 aa  448  1e-125  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.97511 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1889  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60.64 
 
 
387 aa  451  1e-125  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.09 
 
 
386 aa  445  1.0000000000000001e-124  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2117  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.18 
 
 
387 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3514  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.41 
 
 
397 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.764048  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.41 
 
 
397 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.09 
 
 
386 aa  442  1e-123  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  55.5 
 
 
388 aa  443  1e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0393  succinyl-CoA synthetase subunit beta  52.14 
 
 
398 aa  432  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268228  normal  0.21905 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1374  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.62 
 
 
390 aa  433  1e-120  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1211  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  53.81 
 
 
399 aa  433  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.773586  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.93 
 
 
386 aa  429  1e-119  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0280  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.64 
 
 
398 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0625888 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  54.71 
 
 
384 aa  429  1e-119  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0490  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  52.28 
 
 
410 aa  427  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.93 
 
 
386 aa  426  1e-118  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000356944  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3974  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.93 
 
 
386 aa  426  1e-118  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000205327  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3659  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.93 
 
 
386 aa  425  1e-118  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000717596  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1586  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  51.78 
 
 
398 aa  423  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991981  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3883  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.66 
 
 
386 aa  423  1e-117  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000224565  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3934  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.4 
 
 
386 aa  422  1e-117  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000073061  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>