More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2158 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2158  outer membrane efflux protein  100 
 
 
467 aa  937    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00293127  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1968  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  89.61 
 
 
462 aa  813    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.840689 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1855  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  66.16 
 
 
464 aa  560  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.859631  normal  0.291675 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1683  RND efflux system outer membrane lipoprotein  63.25 
 
 
479 aa  511  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33750  putative outer membrane protein precursor  59.83 
 
 
474 aa  504  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0658035  hitchhiker  0.0026818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2869  outer membrane protein  59.07 
 
 
474 aa  486  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3783  RND efflux system outer membrane lipoprotein  56.47 
 
 
471 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3535  RND efflux system outer membrane lipoprotein  59.35 
 
 
467 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.908198 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4211  RND efflux transporter  53.71 
 
 
470 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3284  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.67 
 
 
484 aa  324  3e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.750948  normal  0.639167 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.68 
 
 
482 aa  264  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.12 
 
 
482 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2841  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.83 
 
 
482 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114938  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.02 
 
 
470 aa  247  4e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3931  multidrug efflux system outer membrane subunit  36.11 
 
 
507 aa  246  8e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.436202 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.37 
 
 
484 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.84 
 
 
531 aa  243  6e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.691413  normal  0.979015 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2066  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.32 
 
 
494 aa  238  1e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.71 
 
 
494 aa  230  3e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.42 
 
 
499 aa  229  8e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.869969  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3525  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.48 
 
 
471 aa  229  1e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3723  putative outer membrane protein  38.9 
 
 
480 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.54 
 
 
460 aa  220  5e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30 
 
 
486 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1341  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.97 
 
 
477 aa  201  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.432715  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.59 
 
 
461 aa  196  6e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1793  outer membrane efflux protein  32.96 
 
 
463 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.314198  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0395  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.15 
 
 
464 aa  190  4e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.38 
 
 
496 aa  188  1e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.62 
 
 
496 aa  188  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.62 
 
 
496 aa  188  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.18 
 
 
477 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.69 
 
 
481 aa  184  3e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0136  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.8 
 
 
502 aa  183  7e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.08 
 
 
489 aa  181  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0834  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  32.93 
 
 
460 aa  180  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.18 
 
 
504 aa  180  4e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.45 
 
 
496 aa  180  5.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0925  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  32.93 
 
 
460 aa  179  7e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2184  outer membrane efflux protein  32.93 
 
 
460 aa  178  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0289  outer membrane protein OmpK  31.71 
 
 
474 aa  178  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.55 
 
 
495 aa  177  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.68 
 
 
509 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1949  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.39 
 
 
459 aa  177  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2695  outer membrane efflux protein  29.83 
 
 
512 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  31.52 
 
 
479 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
500 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  31.5 
 
 
479 aa  173  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.87 
 
 
477 aa  172  7.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1377  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.33 
 
 
456 aa  172  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.59 
 
 
510 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.28 
 
 
525 aa  172  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.865648 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1164  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.17 
 
 
473 aa  172  1e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000188172  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.68 
 
 
507 aa  171  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  29.46 
 
 
569 aa  170  4e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  29.7 
 
 
497 aa  170  5e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0710  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.45 
 
 
515 aa  169  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437206  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  28.6 
 
 
498 aa  169  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.99 
 
 
517 aa  169  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000173561 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  31.43 
 
 
479 aa  169  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.74 
 
 
483 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.57 
 
 
495 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  29.44 
 
 
499 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  32.55 
 
 
470 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.75 
 
 
482 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2654  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.05 
 
 
507 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354944  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  30.45 
 
 
520 aa  166  8e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2607  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.47 
 
 
507 aa  166  8e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1997  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.47 
 
 
507 aa  166  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0794932  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.08 
 
 
483 aa  166  9e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.08 
 
 
483 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.55 
 
 
505 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2527  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.05 
 
 
507 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.31 
 
 
508 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0229467  normal  0.0582449 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.41 
 
 
461 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.8 
 
 
486 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.94 
 
 
482 aa  165  2.0000000000000002e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.332659  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6206  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.43 
 
 
508 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00238233 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.1 
 
 
501 aa  164  3e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.039626  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5839  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.43 
 
 
508 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0530876  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  28.9 
 
 
485 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0653  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  29.03 
 
 
460 aa  163  6e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.191725  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.25 
 
 
507 aa  163  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.16 
 
 
484 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  28.69 
 
 
485 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.55 
 
 
504 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.84 
 
 
507 aa  162  9e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.491395 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.96 
 
 
486 aa  162  9e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2218  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.37 
 
 
432 aa  162  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.09 
 
 
474 aa  162  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0590  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  29.24 
 
 
460 aa  162  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.583273  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.01 
 
 
484 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2447  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30 
 
 
514 aa  162  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.55 
 
 
499 aa  161  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.26 
 
 
472 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0060  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30 
 
 
514 aa  162  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0428433  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  31.47 
 
 
492 aa  161  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0381  outer membrane efflux protein OprB  29.98 
 
 
553 aa  161  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.19 
 
 
492 aa  161  3e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.91 
 
 
518 aa  161  3e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>