More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2129 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2129  sensory box histidine kinase/response regulator  100 
 
 
746 aa  1505    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.706377  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1939  PAS  89.73 
 
 
779 aa  1310    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.627435  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4184  multi-sensor hybrid histidine kinase  61.4 
 
 
783 aa  810    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5383  Signal transduction histidine kinase  46.6 
 
 
784 aa  607  9.999999999999999e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.626951  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3548  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.97 
 
 
1007 aa  318  2e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.508984  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2390  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.42 
 
 
618 aa  307  4.0000000000000004e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.868312  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0186  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.52 
 
 
657 aa  303  8.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00908915 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2093  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.55 
 
 
530 aa  291  3e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.874358  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1019  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.74 
 
 
869 aa  289  1e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6413  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  45.45 
 
 
404 aa  288  2.9999999999999996e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.341429  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2100  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.61 
 
 
637 aa  286  8e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.269626 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1918  ATP-binding region, ATPase-like protein  35.89 
 
 
935 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3167  signal transduction histidine kinase-like protein  38.42 
 
 
1077 aa  283  7.000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0540842 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0534  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.92 
 
 
697 aa  283  9e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.608337  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5434  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.01 
 
 
539 aa  278  3e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.489177  normal  0.0484799 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2241  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.33 
 
 
657 aa  274  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1924  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.34 
 
 
901 aa  272  2e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.38 
 
 
528 aa  271  5e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.568926  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2356  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.24 
 
 
602 aa  270  8.999999999999999e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2068  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.36 
 
 
948 aa  269  2e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6406  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.06 
 
 
528 aa  268  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0853653  normal  0.114934 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.6 
 
 
878 aa  268  4e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1391  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.08 
 
 
526 aa  267  4e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444347  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1124  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.72 
 
 
502 aa  267  5e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.963767  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6439  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.24 
 
 
776 aa  266  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.249109  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.38 
 
 
529 aa  264  6e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.17892 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0717  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.05 
 
 
641 aa  263  6.999999999999999e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1409  Signal transduction histidine kinase-like  36.78 
 
 
685 aa  263  8.999999999999999e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.56 
 
 
639 aa  261  5.0000000000000005e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.5 
 
 
530 aa  259  9e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.766371  normal  0.309803 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3690  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 
833 aa  259  2e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0862317  normal  0.782884 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5085  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.31 
 
 
530 aa  257  5e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4529  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.26 
 
 
989 aa  254  3e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0099  signal transduction histidine kinase-like protein  36.55 
 
 
938 aa  253  1e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.878773 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2026  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.58 
 
 
657 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.435635  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1035  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.07 
 
 
1041 aa  244  3.9999999999999997e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.73134 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1643  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.52 
 
 
633 aa  244  5e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.231435  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05296  Two-component system protein A (EC 2.7.13.3) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q9P896]  30.61 
 
 
682 aa  238  4e-61  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  34.83 
 
 
1317 aa  237  6e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.206751 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5679  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.91 
 
 
845 aa  237  6e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.304618  normal  0.613324 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2066  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.35 
 
 
1167 aa  236  2.0000000000000002e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.082343  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.44 
 
 
989 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0393x  response regulator, histidine kinase  31.25 
 
 
943 aa  232  2e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.621999  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  31.55 
 
 
823 aa  232  2e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4197  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.12 
 
 
679 aa  232  2e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0720  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.66 
 
 
882 aa  230  6e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488385  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2417  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  31.71 
 
 
1535 aa  230  6e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.117494  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1273  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.86 
 
 
1090 aa  230  9e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1302  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.86 
 
 
1090 aa  229  1e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0842919  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1820  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.11 
 
 
780 aa  229  2e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00145182  normal  0.723891 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2795  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.14 
 
 
652 aa  228  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.950985 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3552  Cache sensor hybrid histidine kinase  36.12 
 
 
970 aa  226  9e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3193  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  32.76 
 
 
1380 aa  225  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.112764 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2114  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.27 
 
 
674 aa  225  2e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1929  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.67 
 
 
791 aa  223  8e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.108732  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.01 
 
 
1313 aa  222  1.9999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2304  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.13 
 
 
870 aa  222  1.9999999999999999e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1726  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.87 
 
 
881 aa  221  3e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0185814  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0800  histidine kinase  33.62 
 
 
882 aa  221  5e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.127646  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0565  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.03 
 
 
947 aa  221  6e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3143  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.36 
 
 
652 aa  220  6e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.417887  normal  0.0487579 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2784  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
1222 aa  220  6e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0520121 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1052  sensory transduction histidine kinase  29.22 
 
 
1046 aa  219  1e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3346  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 
781 aa  219  1e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.570391  normal  0.852351 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1705  histidine kinase  35.99 
 
 
910 aa  219  2e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2805  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.69 
 
 
927 aa  219  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.7 
 
 
383 aa  218  4e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.143908  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0747  signal transduction histidine kinase-like protein  31.23 
 
 
1287 aa  216  8e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2847  PAS  30.27 
 
 
764 aa  216  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.445085  normal  0.0351705 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1987  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.39 
 
 
767 aa  216  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4135  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.25 
 
 
922 aa  216  9.999999999999999e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000370631  normal  0.0140414 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9103  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.24 
 
 
1145 aa  216  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1531  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.03 
 
 
643 aa  215  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.963114 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1703  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  31.27 
 
 
1408 aa  214  2.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433463  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3431  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
756 aa  215  2.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0535  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.17 
 
 
383 aa  214  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.175177  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0144  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 
1009 aa  214  7e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.162275  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3124  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.55 
 
 
1374 aa  214  7e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957955  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0232  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.96 
 
 
1116 aa  213  1e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3367  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.19 
 
 
1059 aa  213  1e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.049018 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2061  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.02 
 
 
738 aa  212  2e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1017  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.67 
 
 
1323 aa  212  2e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0385374  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1968  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.14 
 
 
846 aa  211  3e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4915  PAS  29.82 
 
 
1384 aa  211  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.75 
 
 
1350 aa  211  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1189  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.43 
 
 
971 aa  211  4e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3522  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.12 
 
 
1287 aa  211  4e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.33 
 
 
662 aa  211  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3243  PAS sensor protein  31.52 
 
 
1323 aa  211  5e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.24 
 
 
1118 aa  210  7e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3312  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.71 
 
 
1226 aa  210  8e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4701  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.25 
 
 
1274 aa  210  1e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0613664  normal  0.609464 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3018  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  30.06 
 
 
1371 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.980757 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1371  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.08 
 
 
516 aa  209  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.768214  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.27 
 
 
1352 aa  209  2e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2811  PAS  30.32 
 
 
1023 aa  208  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0211559  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4037  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  34.34 
 
 
659 aa  208  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2159  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.81 
 
 
796 aa  208  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.758044 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1082  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.45 
 
 
1068 aa  208  3e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31862 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0135  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.83 
 
 
858 aa  208  3e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.711395  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>