More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1861 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  100 
 
 		 270 aa  547  1e-155  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3541  short chain dehydrogenase  84.76 
 
 		 270 aa  461  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.100637  normal  0.0669938 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.22 
 
 		 273 aa  331  6e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0700292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.22 
 
 		 273 aa  331  9e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  59.26 
 
 		 271 aa  325  5e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.59 
 
 		 271 aa  322  3e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.82 
 
 		 275 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  55.02 
 
 		 272 aa  300  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.64 
 
 		 246 aa  298  6e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.664099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2049  short chain dehydrogenase  58.02 
 
 		 286 aa  298  9e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000200632 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2060  short chain dehydrogenase  56.18 
 
 		 270 aa  297  1e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  55.06 
 
 		 272 aa  297  1e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6205  short chain dehydrogenase  53.87 
 
 		 274 aa  276  3e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.218013  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0106  short chain dehydrogenase  53.41 
 
 		 284 aa  267  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.417565  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2279  short chain dehydrogenase  50.56 
 
 		 272 aa  253  2.0000000000000002e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.15727 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3545  short chain dehydrogenase  44.74 
 
 		 268 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46600  short chain dehydrogenase  45.21 
 
 		 268 aa  219  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000918039  hitchhiker  0.00000172259 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3209  short chain dehydrogenase  45.69 
 
 		 268 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0942  short chain dehydrogenase  44.94 
 
 		 268 aa  216  2e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6137  short chain dehydrogenase  44.27 
 
 		 268 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal  0.683407 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6530  short chain dehydrogenase  44.27 
 
 		 268 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1300  short chain dehydrogenase  43.87 
 
 		 268 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5364  short chain dehydrogenase  44.4 
 
 		 270 aa  207  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.778802  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3447  short chain dehydrogenase  43.48 
 
 		 268 aa  206  3e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3322  short chain dehydrogenase  44.57 
 
 		 268 aa  206  3e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0896668  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.25 
 
 		 269 aa  206  3e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 		 276 aa  181  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  39.42 
 
 		 287 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 		 268 aa  178  9e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 		 276 aa  176  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  39.35 
 
 		 278 aa  174  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  40.89 
 
 		 277 aa  174  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 		 273 aa  169  3e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  38.01 
 
 		 278 aa  169  5e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  37.41 
 
 		 275 aa  168  8e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.23 
 
 		 268 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 		 291 aa  167  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3218  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.23 
 
 		 268 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.95 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.55 
 
 		 280 aa  166  4e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  36.53 
 
 		 283 aa  165  5.9999999999999996e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.88 
 
 		 280 aa  165  5.9999999999999996e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  34.69 
 
 		 273 aa  164  1.0000000000000001e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  38.72 
 
 		 279 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 		 338 aa  162  5.0000000000000005e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  37 
 
 		 279 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  38.13 
 
 		 277 aa  162  6e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 		 314 aa  162  7e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4067  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  34.85 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.122191  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.32 
 
 		 317 aa  160  2e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.06 
 
 		 306 aa  159  3e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  36.17 
 
 		 286 aa  160  3e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.19 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  35.66 
 
 		 344 aa  159  5e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.63 
 
 		 307 aa  158  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.958738  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.63 
 
 		 307 aa  158  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4153  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.06 
 
 		 273 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.07 
 
 		 266 aa  157  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.665507 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  38.67 
 
 		 303 aa  156  3e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 		 272 aa  155  6e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 		 272 aa  155  9e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 		 272 aa  153  2e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.94 
 
 		 271 aa  153  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.09 
 
 		 267 aa  153  2.9999999999999998e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 		 272 aa  152  5.9999999999999996e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3107  short-chain alcohol-related dehydrogenase  32.23 
 
 		 272 aa  152  8e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 267 aa  150  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10768  putative oxidoreductase  34.69 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.465871  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.67 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.19 
 
 		 268 aa  150  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.710903  normal  0.301955 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2188  thiamine pyrophosphate protein central region  36.9 
 
 		 847 aa  150  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.941679 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.42 
 
 		 276 aa  149  4e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 287 aa  149  6e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3850  short chain dehydrogenase  34.8 
 
 		 277 aa  148  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.854868 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3557  short chain dehydrogenase  34.06 
 
 		 277 aa  148  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18665  normal  0.726998 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 267 aa  149  7e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 		 272 aa  148  9e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315563  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4835  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.7 
 
 		 273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000227026 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  32.71 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 		 273 aa  146  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.180623  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1176  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 		 286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0918561 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 278 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.22 
 
 		 275 aa  144  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.158642  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4006  short chain dehydrogenase  34.91 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.98 
 
 		 285 aa  144  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0805  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 		 275 aa  144  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0967  short chain dehydrogenase  34.59 
 
 		 256 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 		 268 aa  143  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.122827 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.51 
 
 		 268 aa  143  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 		 281 aa  143  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1073  thiamine pyrophosphate enzyme, central region  38 
 
 		 847 aa  142  4e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3194  short chain dehydrogenase  34.72 
 
 		 256 aa  143  4e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234456  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3029  short chain dehydrogenase  34.67 
 
 		 277 aa  142  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.430063  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  34.04 
 
 		 283 aa  142  6e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 		 279 aa  142  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.66 
 
 		 245 aa  142  8e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28960  Short-chain dehydrogenase/reductase, SDR family  38.31 
 
 		 244 aa  142  8e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>