More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1770 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 284 aa  590  1e-168  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  89.79 
 
 		 296 aa  535  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  75.27 
 
 		 296 aa  461  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  72.79 
 
 		 283 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  72.79 
 
 		 283 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  71.38 
 
 		 283 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  76.68 
 
 		 284 aa  432  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  73.14 
 
 		 284 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  72.08 
 
 		 283 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  72.79 
 
 		 284 aa  431  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 309 aa  206  4e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 322 aa  205  8e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  44.8 
 
 		 290 aa  203  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  39.85 
 
 		 322 aa  202  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  39.85 
 
 		 322 aa  202  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 317 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  39.07 
 
 		 304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 279 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  39.44 
 
 		 332 aa  195  7e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  40.22 
 
 		 285 aa  192  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 304 aa  192  4e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 285 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 296 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 291 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  38.77 
 
 		 293 aa  187  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 291 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 291 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 294 aa  186  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 283 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 285 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 299 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 292 aa  182  4.0000000000000006e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  38.55 
 
 		 293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 319 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 313 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 284 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 284 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 294 aa  178  9e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  40 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 282 aa  178  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 290 aa  177  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 289 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 282 aa  176  5e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 285 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  37.18 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 282 aa  172  5e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 312 aa  172  5.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 283 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 281 aa  170  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 289 aa  170  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 299 aa  169  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 289 aa  170  3e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 295 aa  168  8e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 291 aa  168  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  38.66 
 
 		 309 aa  167  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  38.66 
 
 		 309 aa  167  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  37.04 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 287 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  37.04 
 
 		 312 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  37.04 
 
 		 312 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  37.04 
 
 		 312 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  37.04 
 
 		 312 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 311 aa  165  9e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  35.25 
 
 		 312 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  35.25 
 
 		 312 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  35.25 
 
 		 312 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.93 
 
 		 291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  35.25 
 
 		 312 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 312 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 316 aa  163  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3101  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 306 aa  163  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.04033 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 291 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  34.89 
 
 		 312 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 283 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  34.89 
 
 		 312 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  34.89 
 
 		 312 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>