More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1490 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  53.03 
 
 		 692 aa  700    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.09 
 
 		 695 aa  712    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  100 
 
 		 695 aa  1417    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  83.31 
 
 		 695 aa  1205    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.67 
 
 		 573 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.12 
 
 		 1089 aa  597  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  57.71 
 
 		 957 aa  592  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  57.47 
 
 		 1381 aa  592  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.01 
 
 		 1022 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.03 
 
 		 977 aa  561  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.18 
 
 		 916 aa  561  1e-158  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  56.41 
 
 		 1095 aa  559  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  54.72 
 
 		 1092 aa  557  1e-157  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.55 
 
 		 1103 aa  555  1e-157  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.58 
 
 		 1050 aa  548  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.01 
 
 		 492 aa  550  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  49.2 
 
 		 1065 aa  534  1e-150  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  58.79 
 
 		 537 aa  535  1e-150  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.2 
 
 		 1065 aa  531  1e-149  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  65.82 
 
 		 999 aa  523  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.26 
 
 		 1086 aa  500  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.49 
 
 		 688 aa  499  1e-140  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121998  normal  0.468356 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  50.81 
 
 		 646 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  50.54 
 
 		 1086 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  59.51 
 
 		 646 aa  491  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.26 
 
 		 830 aa  491  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.36 
 
 		 1092 aa  492  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.56 
 
 		 941 aa  487  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.71 
 
 		 686 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.85 
 
 		 998 aa  483  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.82 
 
 		 979 aa  484  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  63.64 
 
 		 858 aa  484  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  49.72 
 
 		 847 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  47.72 
 
 		 939 aa  476  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  61.4 
 
 		 889 aa  475  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.78 
 
 		 1165 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  64.81 
 
 		 845 aa  465  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  60.25 
 
 		 890 aa  464  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  62.14 
 
 		 772 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.5 
 
 		 827 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  49.34 
 
 		 956 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  51.1 
 
 		 827 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.93 
 
 		 1215 aa  449  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.92 
 
 		 1225 aa  442  1e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.98 
 
 		 922 aa  442  1e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  57.39 
 
 		 556 aa  437  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  48.32 
 
 		 1225 aa  439  1e-121  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.49 
 
 		 943 aa  431  1e-119  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  45.52 
 
 		 691 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  44.57 
 
 		 691 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.56 
 
 		 812 aa  419  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2443  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.24 
 
 		 657 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.05 
 
 		 1651 aa  415  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.35 
 
 		 1646 aa  412  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  56.36 
 
 		 728 aa  413  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2505  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.42 
 
 		 707 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2332  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 		 687 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3430  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.63 
 
 		 705 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  46.25 
 
 		 676 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.56 
 
 		 1631 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  53.71 
 
 		 754 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.56 
 
 		 814 aa  397  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  45.97 
 
 		 676 aa  399  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.03 
 
 		 818 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.24 
 
 		 688 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.99 
 
 		 762 aa  387  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.74 
 
 		 887 aa  387  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.23 
 
 		 688 aa  385  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.98 
 
 		 688 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.43 
 
 		 1067 aa  382  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.12 
 
 		 689 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.71 
 
 		 864 aa  381  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  51.52 
 
 		 556 aa  371  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.55 
 
 		 845 aa  372  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.44 
 
 		 742 aa  366  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.09 
 
 		 966 aa  367  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.93 
 
 		 691 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.89 
 
 		 703 aa  364  3e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.13 
 
 		 727 aa  360  5e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.38 
 
 		 789 aa  360  5e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  50.76 
 
 		 558 aa  359  9.999999999999999e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.86 
 
 		 727 aa  356  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  47.64 
 
 		 573 aa  353  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.58 
 
 		 949 aa  352  1e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  49.11 
 
 		 571 aa  351  3e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.27 
 
 		 943 aa  350  4e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.36 
 
 		 927 aa  350  7e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  36.81 
 
 		 1036 aa  347  3e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  35.14 
 
 		 949 aa  347  5e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4889  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.01 
 
 		 720 aa  346  8.999999999999999e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.9 
 
 		 548 aa  345  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.26 
 
 		 789 aa  346  1e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.26 
 
 		 789 aa  346  1e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3545  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.12 
 
 		 553 aa  344  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.70141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.27 
 
 		 622 aa  344  2.9999999999999997e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.96 
 
 		 553 aa  341  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.638317 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2378  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.57 
 
 		 551 aa  341  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81922 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.23 
 
 		 905 aa  339  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.7 
 
 		 936 aa  338  9.999999999999999e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.39 
 
 		 703 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>