109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1087 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  100 
 
 		 422 aa  874    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  40.7 
 
 		 415 aa  298  2e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  39.21 
 
 		 416 aa  272  7e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  37.06 
 
 		 419 aa  263  4.999999999999999e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  33.73 
 
 		 418 aa  239  5e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  33.73 
 
 		 418 aa  239  5e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  32.93 
 
 		 397 aa  223  4e-57  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  32.11 
 
 		 417 aa  198  1.0000000000000001e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  36.71 
 
 		 412 aa  186  6e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  32.52 
 
 		 374 aa  186  7e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  35.01 
 
 		 451 aa  177  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  37.88 
 
 		 438 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  26.93 
 
 		 385 aa  168  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.01 
 
 		 428 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  32.48 
 
 		 430 aa  145  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  32.51 
 
 		 440 aa  144  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  29.84 
 
 		 411 aa  142  8e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  27 
 
 		 373 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.97 
 
 		 388 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.16 
 
 		 205 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  28.74 
 
 		 425 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.46 
 
 		 413 aa  130  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  28.86 
 
 		 416 aa  126  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  39.08 
 
 		 364 aa  125  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  28.8 
 
 		 398 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  30.68 
 
 		 549 aa  122  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  27.95 
 
 		 471 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  34.91 
 
 		 351 aa  121  3e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  29.77 
 
 		 447 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.52 
 
 		 412 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  26.76 
 
 		 436 aa  116  7.999999999999999e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  27.51 
 
 		 453 aa  116  8.999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  24.14 
 
 		 483 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12768  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS.1  53.85 
 
 		 91 aa  113  6e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  35.62 
 
 		 405 aa  113  8.000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.73 
 
 		 428 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  37.68 
 
 		 414 aa  111  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  27.21 
 
 		 424 aa  109  1e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  25.9 
 
 		 419 aa  108  1e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.78 
 
 		 442 aa  104  4e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  23.55 
 
 		 485 aa  103  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.36 
 
 		 429 aa  97.4  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  28.44 
 
 		 392 aa  97.1  6e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.87 
 
 		 378 aa  95.1  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  23.58 
 
 		 390 aa  93.2  8e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  24.67 
 
 		 432 aa  91.7  2e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.3 
 
 		 493 aa  87  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  29.01 
 
 		 393 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.97 
 
 		 386 aa  80.5  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  25.27 
 
 		 438 aa  78.6  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  29.45 
 
 		 401 aa  78.6  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  21.6 
 
 		 380 aa  76.6  0.0000000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  24.17 
 
 		 420 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.51 
 
 		 433 aa  73.9  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  27.95 
 
 		 364 aa  73.2  0.000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  28.65 
 
 		 354 aa  72.8  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  26.9 
 
 		 363 aa  72  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  30.81 
 
 		 444 aa  72.4  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  22.57 
 
 		 400 aa  70.9  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  24.47 
 
 		 412 aa  71.2  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  27.78 
 
 		 427 aa  71.2  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  23.9 
 
 		 415 aa  70.1  0.00000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  33.82 
 
 		 360 aa  69.7  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  22.64 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  25.87 
 
 		 412 aa  68.2  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  29.33 
 
 		 303 aa  67.4  0.0000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.63 
 
 		 415 aa  66.2  0.0000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  29.73 
 
 		 175 aa  65.1  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  22.66 
 
 		 446 aa  65.1  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.87 
 
 		 423 aa  63.9  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  21.91 
 
 		 285 aa  63.5  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.68 
 
 		 620 aa  62.8  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  26.04 
 
 		 428 aa  60.8  0.00000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0035  hypothetical protein  25.17 
 
 		 400 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.89444 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  24.92 
 
 		 404 aa  58.9  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  25.15 
 
 		 388 aa  57.8  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.33 
 
 		 400 aa  58.2  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  25.49 
 
 		 363 aa  57.4  0.0000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  23.11 
 
 		 439 aa  55.8  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  23.3 
 
 		 422 aa  56.2  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  19.49 
 
 		 429 aa  54.3  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  19.55 
 
 		 434 aa  53.5  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.11 
 
 		 400 aa  53.5  0.000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  27.63 
 
 		 406 aa  52.4  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  26.62 
 
 		 413 aa  51.6  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  22.55 
 
 		 412 aa  50.8  0.00004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  24.83 
 
 		 428 aa  50.4  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  24.66 
 
 		 426 aa  50.4  0.00005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  26.58 
 
 		 477 aa  50.4  0.00006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.46 
 
 		 374 aa  49.3  0.0001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  22.63 
 
 		 390 aa  49.7  0.0001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  25.27 
 
 		 405 aa  49.3  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  25.16 
 
 		 411 aa  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  25.16 
 
 		 411 aa  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  23.03 
 
 		 402 aa  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.36 
 
 		 419 aa  47.8  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  22.02 
 
 		 387 aa  47.4  0.0005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  21.39 
 
 		 400 aa  47.4  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  21.34 
 
 		 340 aa  46.6  0.0007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17660  restriction endonuclease S subunit  21.23 
 
 		 416 aa  45.8  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>