More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1086 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A0005  type I restriction-modification system, M subunit  76.76 
 
 		 528 aa  836    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1086  type I restriction-modification system, M subunit  100 
 
 		 576 aa  1188    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2789  N-6 DNA methylase  57.76 
 
 		 532 aa  641    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.206405 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1940  N-6 DNA methylase  76.97 
 
 		 535 aa  853    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0625168  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0224  Type I restriction-modification system, M subunit  83.69 
 
 		 519 aa  911    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1858  N-6 DNA methylase  76.91 
 
 		 540 aa  857    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4777  N-6 DNA methylase  80.04 
 
 		 517 aa  863    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.797401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2908  N-6 DNA methylase  79.5 
 
 		 523 aa  865    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2418  N-6 DNA methylase  57.56 
 
 		 525 aa  625  1e-178  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.572428  normal  0.0719197 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2793  type I restriction-modification system, M subunit  57.56 
 
 		 525 aa  625  1e-178  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0032  N-6 DNA methylase  55.6 
 
 		 544 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.885751  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3128  N-6 DNA methylase  56.84 
 
 		 518 aa  593  1e-168  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.465456  decreased coverage  0.00982418 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3006  N-6 DNA methylase  55.98 
 
 		 520 aa  591  1e-167  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.809429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2743  type I restriction system adenine methylase  55.81 
 
 		 518 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3758  N-6 DNA methylase  55.17 
 
 		 511 aa  576  1.0000000000000001e-163  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.921564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2017  N-6 DNA methylase  55.22 
 
 		 517 aa  578  1.0000000000000001e-163  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.54323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2453  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  52.78 
 
 		 538 aa  567  1e-160  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.53896  normal  0.845275 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2248  N-6 DNA methylase  53.57 
 
 		 521 aa  559  1e-158  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0522014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0286  N4/N6-methyltransferase family protein  50.79 
 
 		 569 aa  556  1e-157  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4240  N-6 DNA methylase  50.53 
 
 		 567 aa  556  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.386659  hitchhiker  0.00142847 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3380  N-6 DNA methylase  52.19 
 
 		 570 aa  553  1e-156  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.368642  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4473  N-6 DNA methylase  49.47 
 
 		 567 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.844286 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0483  N-6 DNA methylase  50.97 
 
 		 568 aa  536  1e-151  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283562  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0019  N-6 DNA methylase  52.12 
 
 		 501 aa  532  1e-150  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00151011 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0039  N-6 DNA methylase  52.32 
 
 		 501 aa  535  1e-150  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.250679  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0286  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  51.54 
 
 		 497 aa  529  1e-149  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1644  N-6 DNA methylase  51.54 
 
 		 498 aa  526  1e-148  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4006  N-6 DNA methylase  52.75 
 
 		 514 aa  526  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3080  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  50.73 
 
 		 549 aa  525  1e-147  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.801077 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3148  N-6 DNA methylase  50.92 
 
 		 540 aa  524  1e-147  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.303766 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7556  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  50.64 
 
 		 544 aa  521  1e-146  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0988  N-6 DNA methylase  51.81 
 
 		 527 aa  518  1e-146  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4931  type I restriction-modification system, M subunit  49.35 
 
 		 539 aa  521  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.748503  normal  0.593383 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2509  site-specific DNA-methyltransferase  51.27 
 
 		 540 aa  515  1.0000000000000001e-145  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.847656  normal  0.642426 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2909  N4/N6-methyltransferase family protein  51.73 
 
 		 515 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1222  N-6 DNA methylase  51.81 
 
 		 519 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17670  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  49.42 
 
 		 503 aa  513  1e-144  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0869  N-6 DNA methylase  47.83 
 
 		 510 aa  510  1e-143  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1120  type I restriction-modification system specificity subunit  49.45 
 
 		 527 aa  509  1e-143  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3915  N-6 DNA methylase  49.09 
 
 		 541 aa  508  9.999999999999999e-143  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3767  N-6 DNA methylase  48.06 
 
 		 564 aa  500  1e-140  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0877  putative type I restriction-modification system, M subunit  48.59 
 
 		 529 aa  495  1e-139  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1359  N-6 DNA methylase  48.12 
 
 		 529 aa  494  9.999999999999999e-139  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.315285 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1102  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  48.01 
 
 		 548 aa  487  1e-136  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.358797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0034  N-6 DNA methylase  45.9 
 
 		 544 aa  486  1e-136  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966218 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12769  type I restriction/modification system DNA methylase hsdM  46.72 
 
 		 540 aa  485  1e-135  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1539  type I restriction-modification system, M subunit  49.03 
 
 		 500 aa  483  1e-135  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000154488  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1096  N-6 DNA methylase  47.99 
 
 		 543 aa  480  1e-134  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3300  N-6 DNA methylase  47.67 
 
 		 537 aa  472  1e-132  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500405 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1809  hypothetical protein  52.33 
 
 		 849 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0036  type I restriction enzyme  36.8 
 
 		 510 aa  350  4e-95  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.27058  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0004  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  38.91 
 
 		 517 aa  338  1.9999999999999998e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2666  type I restriction-modification system specificity subunit  37.48 
 
 		 508 aa  334  3e-90  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.289078  normal  0.157244 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2236  N-6 DNA methylase  35.95 
 
 		 528 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1221  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  37.43 
 
 		 533 aa  319  1e-85  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1303  N-6 DNA methylase  35.96 
 
 		 529 aa  317  4e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.529987 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0022  N-6 DNA methylase  38.09 
 
 		 495 aa  308  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.204705  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0030  N-6 DNA methylase  38.09 
 
 		 495 aa  308  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0191758 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2329  N-6 DNA methylase  38.07 
 
 		 538 aa  300  4e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  36.44 
 
 		 574 aa  287  4e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  35.2 
 
 		 587 aa  275  1.0000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  35.54 
 
 		 574 aa  274  3e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  34.39 
 
 		 495 aa  271  2e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  35.67 
 
 		 574 aa  270  4e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3498  N-6 DNA methylase  35.9 
 
 		 694 aa  267  5e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.100632 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2365  N-6 DNA methylase  32.59 
 
 		 526 aa  266  8.999999999999999e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.725173  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  34.15 
 
 		 505 aa  260  4e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1712  N-6 DNA methylase  35.71 
 
 		 662 aa  259  8e-68  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.857909  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  35.11 
 
 		 585 aa  253  8.000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  34.62 
 
 		 822 aa  251  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  32.09 
 
 		 633 aa  248  2e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  33.74 
 
 		 808 aa  247  4e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  32.19 
 
 		 814 aa  246  9.999999999999999e-64  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  32.81 
 
 		 523 aa  240  5.999999999999999e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  33.07 
 
 		 508 aa  239  1e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4352  N-6 DNA methylase  32.77 
 
 		 565 aa  239  1e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  31.94 
 
 		 522 aa  238  3e-61  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  31.88 
 
 		 568 aa  236  6e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2469  N-6 DNA methylase  36.48 
 
 		 772 aa  236  1.0000000000000001e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  31.4 
 
 		 860 aa  233  6e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  31.77 
 
 		 527 aa  231  4e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  31.22 
 
 		 816 aa  228  3e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  32.06 
 
 		 891 aa  225  2e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  31.84 
 
 		 815 aa  225  2e-57  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  32.02 
 
 		 824 aa  221  3e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  32.14 
 
 		 504 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  32.73 
 
 		 505 aa  219  1e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  30.78 
 
 		 908 aa  218  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  30.87 
 
 		 511 aa  218  2.9999999999999998e-55  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  32.48 
 
 		 501 aa  217  5e-55  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  31.72 
 
 		 499 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  30.83 
 
 		 516 aa  216  9.999999999999999e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1097  N-6 DNA methylase  30.65 
 
 		 513 aa  214  3.9999999999999995e-54  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.34986 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0332  N-6 DNA methylase  31.03 
 
 		 709 aa  214  3.9999999999999995e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2691  N-6 DNA methylase  30.33 
 
 		 523 aa  213  7e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  31.98 
 
 		 526 aa  212  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  31.74 
 
 		 492 aa  212  2e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  31.7 
 
 		 508 aa  210  6e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  30.1 
 
 		 814 aa  210  6e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  30.88 
 
 		 499 aa  209  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>