28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0978 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0978  hypothetical protein  100 
 
 
256 aa  502  1e-141  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.279934  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0843  TPR repeat-containing protein  90.69 
 
 
247 aa  411  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000361866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4682  hypothetical protein  64.89 
 
 
266 aa  295  3e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000183393 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4546  hypothetical protein  64.37 
 
 
266 aa  294  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.154119  hitchhiker  0.00000513157 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4680  hypothetical protein  63.74 
 
 
267 aa  291  7e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.239335  hitchhiker  0.0000000000172604 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4791  putative lipoprotein  64.84 
 
 
248 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0132705  hitchhiker  0.00029593 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0752  hypothetical protein  60.61 
 
 
258 aa  274  9e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443944  hitchhiker  0.00000000179069 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5414  hypothetical protein  58.94 
 
 
262 aa  256  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62190  hypothetical protein  60 
 
 
259 aa  254  6e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.417124 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1003  tetratricopeptide TPR_4  57.98 
 
 
226 aa  237  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.927358  hitchhiker  0.000000000000175577 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42550  hypothetical protein  83.18 
 
 
185 aa  158  9e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0649  Tetratricopeptide repeat protein  36.13 
 
 
198 aa  82.8  0.000000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1408  TPR repeat-containing protein  46.46 
 
 
181 aa  74.3  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.153837  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1155  TPR repeat-containing protein  44.44 
 
 
165 aa  71.2  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0680  hypothetical protein  39.18 
 
 
193 aa  65.5  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2556  hypothetical protein  46.74 
 
 
137 aa  65.5  0.0000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000429913  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1469  hypothetical protein  40.21 
 
 
291 aa  64.7  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1647  hypothetical protein  39.18 
 
 
290 aa  63.5  0.000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.14103  hitchhiker  0.000715669 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1992  TPR domain-containing protein  42.86 
 
 
176 aa  61.2  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.885069  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1296  TPR repeat-containing protein  39.08 
 
 
182 aa  56.2  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0826  hypothetical protein  33.94 
 
 
121 aa  56.2  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0118814  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2162  TPR repeat-containing protein  46.77 
 
 
145 aa  55.8  0.0000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1621  hypothetical protein  37.76 
 
 
301 aa  55.1  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000215267  unclonable  0.000000000374 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3094  hypothetical protein  32.41 
 
 
177 aa  53.1  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.779162 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0431  Tetratricopeptide TPR_4  36.99 
 
 
615 aa  51.2  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.504045  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0533  TPR repeat-containing protein  33.03 
 
 
194 aa  43.9  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2070  MCP methyltransferase, CheR-type with Tpr repeats  33.68 
 
 
431 aa  42.4  0.007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0814478 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0531  TPR repeat-containing protein  41.3 
 
 
287 aa  42  0.009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.259397  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>