More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0926 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_12090  type IV pilus assembly protein  73.58 
 
 
566 aa  851    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3919  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  59.89 
 
 
570 aa  697    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00735332  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3438  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  58.82 
 
 
569 aa  687    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.141365  normal  0.083139 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2096  type IV pilus assembly protein PilB  57.12 
 
 
571 aa  662    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4447  type IV pilus biogenesis protein PilB  59.96 
 
 
566 aa  684    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0416  type IV pilus biogenesis protein PilB  60.71 
 
 
569 aa  698    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0926  type IV pilus biogenesis protein PilB  100 
 
 
564 aa  1156    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3423  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  60.42 
 
 
569 aa  700    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1479  pilus assembly protein PilB  55.4 
 
 
574 aa  639    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1504  pilus assembly protein PilB  55.22 
 
 
574 aa  640    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0798  type II secretion system protein E  98.05 
 
 
564 aa  1136    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0064  pilin secretion/fimbrial assembly system protein, PilB  57.88 
 
 
591 aa  692    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.978792  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0369  type IV pilus biogenesis protein PilB  60.63 
 
 
568 aa  697    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0217494  unclonable  0.0000124471 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3867  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  60.36 
 
 
570 aa  696    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3942  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  60.54 
 
 
570 aa  696    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0312  type II secretion system protein E  62.17 
 
 
571 aa  720    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0787  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  62.48 
 
 
549 aa  702    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4820  type II secretion system protein E  79.86 
 
 
566 aa  946    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0413  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  58.29 
 
 
568 aa  667    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0425  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  58.21 
 
 
569 aa  682    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00261577  hitchhiker  0.000552387 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0313  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  58.93 
 
 
569 aa  682    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0863  type 4 fimbrial biogenesis protein PilB  60.14 
 
 
573 aa  676    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5162  type 4 fimbrial biogenesis protein PilB  78.43 
 
 
561 aa  885    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3389  type II secretion system protein E  57.77 
 
 
569 aa  671    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0069  type II secretion system protein E  57.89 
 
 
570 aa  689    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.73093  normal  0.361926 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0480  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  55.97 
 
 
562 aa  642    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.942114  normal  0.860525 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0775  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  80.25 
 
 
567 aa  919    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.621188  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0420  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  59.82 
 
 
569 aa  695    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3605  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  59.72 
 
 
569 aa  698    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.464844  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2079  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  59.34 
 
 
578 aa  697    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.292786 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3783  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  58.72 
 
 
568 aa  676    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.458272  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4060  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  59.89 
 
 
570 aa  696    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0244852  normal  0.314215 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58750  type 4 fimbrial biogenesis protein PilB  77.95 
 
 
567 aa  898    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.497058 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0419  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  60 
 
 
569 aa  696    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.447977  hitchhiker  0.00974258 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2681  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  65.19 
 
 
572 aa  757    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722105  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2370  type IV pilus assembly protein, PilB  56.21 
 
 
571 aa  629  1e-179  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.881077  normal  0.0893992 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04882  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  53.79 
 
 
577 aa  628  1e-178  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.415694  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1579  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  55.12 
 
 
565 aa  621  1e-176  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2184  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  57.9 
 
 
572 aa  621  1e-176  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.48405  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2141  type II secretion system protein E  54.87 
 
 
569 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000466372  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0639  type II secretion system protein E  54.27 
 
 
571 aa  610  1e-173  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2174  type II secretion system protein E  53.64 
 
 
579 aa  607  9.999999999999999e-173  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2114  pilus biogenesis protein  52.65 
 
 
577 aa  604  1.0000000000000001e-171  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1175  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  54.42 
 
 
571 aa  599  1e-170  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5488  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  52.72 
 
 
580 aa  600  1e-170  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.388204  normal  0.1076 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2034  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  52.65 
 
 
577 aa  600  1e-170  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.226289  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3167  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  52.54 
 
 
577 aa  597  1e-169  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.644973  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0509  pilus biogenesis ATPase  53.38 
 
 
572 aa  593  1e-168  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0385141 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0805  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  51.42 
 
 
577 aa  591  1e-167  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0768  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  51.42 
 
 
577 aa  590  1e-167  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3680  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  51.33 
 
 
578 aa  586  1e-166  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0766  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.45 
 
 
578 aa  587  1e-166  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.59759  normal  0.16115 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0550  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  53.55 
 
 
574 aa  587  1e-166  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3919  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  51.44 
 
 
555 aa  587  1e-166  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.762326  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0841  type II secretion system protein E  50.09 
 
 
578 aa  577  1.0000000000000001e-163  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0657263  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4220  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.53 
 
 
577 aa  572  1.0000000000000001e-162  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2960  type II secretion system protein E  52.15 
 
 
586 aa  565  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2902  type II secretion system protein E  49.73 
 
 
577 aa  565  1e-160  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3108  type II secretion system protein E  51.99 
 
 
573 aa  552  1e-156  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.275217  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2000  type IV pilus assembly protein PilB  50.89 
 
 
562 aa  549  1e-155  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.758865  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2825  type IV pilus assembly protein  49.64 
 
 
575 aa  538  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00509282  normal  0.0351792 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2705  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.91 
 
 
575 aa  536  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3070  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.73 
 
 
575 aa  536  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03469  hypothetical protein  49.82 
 
 
561 aa  532  1e-150  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0183  type IV pilus assembly protein  48.67 
 
 
569 aa  529  1e-149  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0362  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  48.67 
 
 
569 aa  529  1e-149  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.388372 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002545  type 4 fimbrial assembly ATPase PilB  50.18 
 
 
561 aa  526  1e-148  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.255614  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2682  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.85 
 
 
568 aa  515  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2514  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  45.55 
 
 
568 aa  508  1e-143  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.066963  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  47.74 
 
 
568 aa  508  9.999999999999999e-143  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2630  type IV pilus assembly protein PilB  48.51 
 
 
563 aa  507  9.999999999999999e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1393  type II secretion system protein E  47.36 
 
 
568 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.733111 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1631  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.89 
 
 
568 aa  508  9.999999999999999e-143  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1653  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  47.46 
 
 
568 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2595  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.71 
 
 
568 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0667  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.04 
 
 
568 aa  502  1e-141  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0453527  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  45.5 
 
 
568 aa  501  1e-140  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0622  type II secretion system protein E  45.14 
 
 
568 aa  499  1e-140  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  45.32 
 
 
568 aa  501  1e-140  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4828  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  44.64 
 
 
563 aa  494  9.999999999999999e-139  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.436741 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2149  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  44.36 
 
 
566 aa  493  9.999999999999999e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.365322  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0151  type II secretion system protein E  58.72 
 
 
420 aa  491  1e-137  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1392  type II secretion system protein E  43.23 
 
 
571 aa  471  1.0000000000000001e-131  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.025124 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0117  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  44.38 
 
 
571 aa  461  9.999999999999999e-129  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00247138  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1103  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.17 
 
 
571 aa  451  1e-125  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.202418  decreased coverage  0.00743342 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  40.39 
 
 
871 aa  422  1e-116  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17740  type II secretion system protein E (GspE)  41.67 
 
 
557 aa  417  9.999999999999999e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.898246 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1322  type II secretion system protein E  41.19 
 
 
553 aa  419  9.999999999999999e-116  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0787535 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1055  type II secretion system protein E  41.53 
 
 
559 aa  415  1e-114  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0268645  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1347  type II secretion system protein E  41.83 
 
 
556 aa  409  1e-113  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1822  type II secretion system protein E  42.08 
 
 
557 aa  409  1e-113  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0186286  normal  0.89431 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1743  type II secretion system protein E  42.46 
 
 
577 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0956  type II secretion system protein E  39.32 
 
 
561 aa  400  9.999999999999999e-111  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1034  type II secretion system protein E  39.7 
 
 
558 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2655  type II secretion system protein E  48.46 
 
 
432 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.488787  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1725  general secretory pathway protein E  43.38 
 
 
553 aa  395  1e-109  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05970  Tfp pilus assembly protein PilB  39.65 
 
 
558 aa  395  1e-108  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3506  type IV pilus biogenesis protein PilB  50.64 
 
 
407 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3527  type IV fimbrial biogenesis protein,PilB  50.9 
 
 
419 aa  395  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0777  hypothetical protein  51.29 
 
 
481 aa  394  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.336131 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>