More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0888 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0888  sugar ABC transporter, permease protein  100 
 
 
320 aa  633  1e-180  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.392731  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0761  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  94.69 
 
 
320 aa  558  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0629996  normal  0.824676 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74 
 
 
324 aa  458  9.999999999999999e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0305  sugar ABC transporter, permease protein  56.62 
 
 
325 aa  379  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0474821  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.79 
 
 
320 aa  380  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0280  sugar ABC transporter, permease protein  56.62 
 
 
325 aa  379  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.93 
 
 
328 aa  378  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4441  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.47 
 
 
320 aa  368  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0272526  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.32 
 
 
320 aa  368  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.227719  normal  0.433481 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.53 
 
 
303 aa  367  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.236219 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.91 
 
 
328 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.511246  normal  0.17987 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3328  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.64 
 
 
304 aa  333  2e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.82 
 
 
330 aa  326  4.0000000000000003e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0398  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.51 
 
 
312 aa  275  9e-73  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.87 
 
 
297 aa  261  8.999999999999999e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.439093 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.34 
 
 
315 aa  255  7e-67  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.273483  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.64 
 
 
293 aa  250  2e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000240561  normal  0.90976 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.32 
 
 
307 aa  248  9e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.701562  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.2 
 
 
293 aa  242  7e-63  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0994152  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.2 
 
 
293 aa  242  7e-63  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.81 
 
 
293 aa  236  4e-61  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.215175  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.5 
 
 
295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.982578  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.34 
 
 
296 aa  230  3e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0543799999999999e-20 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
300 aa  221  1.9999999999999999e-56  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000378352  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.51 
 
 
310 aa  218  8.999999999999998e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.02 
 
 
306 aa  216  4e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.306567  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.46 
 
 
299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.73 
 
 
309 aa  209  5e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.800905  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.18 
 
 
435 aa  203  4e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2296  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.42 
 
 
304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.44429  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2309  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.75 
 
 
427 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000129291  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.52 
 
 
301 aa  192  4e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.12 
 
 
315 aa  189  5.999999999999999e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.17 
 
 
310 aa  185  9e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.944367  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
357 aa  183  3e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0949  permease protein of sugar ABC transporter  37.46 
 
 
292 aa  183  4.0000000000000006e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688345  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.63 
 
 
330 aa  183  4.0000000000000006e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0584633  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3852  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.73 
 
 
310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0634568 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.15 
 
 
319 aa  179  4e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32149  normal  0.356013 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.78 
 
 
294 aa  180  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.288658  normal  0.0756683 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5739  ABC transporter permease  33.64 
 
 
318 aa  179  4.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0281  ABC transporter, inner membrane subunit  36.77 
 
 
292 aa  179  8e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.99 
 
 
320 aa  177  2e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.292649  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
308 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4056  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
308 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.853442  normal  0.685254 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3996  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
308 aa  176  6e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.172958  normal  0.378531 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
294 aa  175  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.15 
 
 
338 aa  175  8e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0789775 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1048  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.27 
 
 
308 aa  175  8e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.46 
 
 
310 aa  174  9.999999999999999e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.18 
 
 
315 aa  174  9.999999999999999e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.175054  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
355 aa  174  9.999999999999999e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6238  ABC transporter membrane spanning protein (maltose)  33.55 
 
 
294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.602267  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11261  sugar-transport integral membrane protein ABC transporter sugA  38.6 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00812399 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.78 
 
 
294 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
345 aa  172  6.999999999999999e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.65014 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.12 
 
 
291 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00180742  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
323 aa  171  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.23 
 
 
309 aa  171  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.79 
 
 
299 aa  170  3e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190071 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
299 aa  169  9e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.610005  normal  0.71076 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1867  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 
388 aa  168  1e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.21 
 
 
318 aa  167  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00790  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.11 
 
 
262 aa  166  6.9999999999999995e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.772214  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.99 
 
 
294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06500  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36.11 
 
 
321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.35 
 
 
294 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01820  permease component of ABC-type sugar transporter  32.17 
 
 
312 aa  163  4.0000000000000004e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0477  ABC tranporter, permease protein  29.18 
 
 
315 aa  162  6e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20480  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.22 
 
 
318 aa  162  6e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0521728  normal  0.389193 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31 
 
 
312 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.541424  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0961  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.7 
 
 
320 aa  160  2e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.158412  hitchhiker  0.000108715 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.43 
 
 
300 aa  160  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.43 
 
 
300 aa  160  2e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.15 
 
 
304 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.707606 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.53 
 
 
317 aa  160  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0740262  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33 
 
 
311 aa  160  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
305 aa  159  6e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.76 
 
 
325 aa  159  6e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.295531  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2349  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
307 aa  159  9e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.552621 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.19 
 
 
324 aa  158  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0156181  normal  0.0141251 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
293 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.357658  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 
294 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.181077 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1755  ABC transporter permease  32.75 
 
 
312 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.576454  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
292 aa  156  4e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0233696  normal  0.724909 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04590  permease component of ABC-type sugar transporter  35.59 
 
 
323 aa  156  5.0000000000000005e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.359187  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.41 
 
 
309 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000282921  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.83 
 
 
311 aa  155  7e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.17058  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.79 
 
 
307 aa  155  7e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.56 
 
 
302 aa  155  8e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1875  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  34.94 
 
 
350 aa  155  8e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0432685  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3673  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  32.69 
 
 
308 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.246744  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1077  trehalose/maltose ABC transporter membrane protein  38.52 
 
 
288 aa  155  1e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.78 
 
 
308 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.166359  normal  0.855546 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1942  sugar ABC transporter, permease protein  33.89 
 
 
287 aa  154  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0404  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.92 
 
 
294 aa  154  2e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
331 aa  154  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.338244  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5637  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.92 
 
 
318 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0079  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  36.43 
 
 
304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>