68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0721 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0721  transcriptional regulator, putative  100 
 
 
243 aa  503  1e-141  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0623  peptidase S24, S26A and S26B  91.77 
 
 
243 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.471102 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4997  transcriptional regulator  47.74 
 
 
246 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0582  transcriptional regulator  42.19 
 
 
233 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.794333 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0589  transcriptional regulator  41.87 
 
 
233 aa  188  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0537  transcriptional regulator, putative  42.19 
 
 
278 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0576  hypothetical protein  41.77 
 
 
233 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.664353  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07960  transcriptional regulator PrtR  40.69 
 
 
256 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101148  hitchhiker  0.000834984 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0755  transcriptional regulator PrtR  41.67 
 
 
256 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.011984  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  35.9 
 
 
263 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  34.58 
 
 
243 aa  142  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1648  putative phage repressor  48.92 
 
 
230 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00656681  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2990  prophage LambdaSo, Cro/CI family transcriptional regulator  43.24 
 
 
272 aa  133  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52530  transcriptional regulator  34.89 
 
 
237 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000132202  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4606  transcriptional regulator  34.47 
 
 
237 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  34.32 
 
 
240 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  32.77 
 
 
240 aa  126  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  34.05 
 
 
229 aa  122  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  43.17 
 
 
229 aa  122  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  32.49 
 
 
233 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2563  putative phage repressor  43.17 
 
 
225 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  32.07 
 
 
233 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  33.62 
 
 
229 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3964  putative phage repressor  34.59 
 
 
259 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.072898  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  31.65 
 
 
233 aa  121  9e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1135  phage repressor  35.26 
 
 
270 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4049  putative phage repressor  38.13 
 
 
248 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00309972  hitchhiker  0.0000000001929 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1011  putative phage repressor  31.37 
 
 
218 aa  85.1  9e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.763396  unclonable  0.00000301408 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3262  putative phage repressor  27.92 
 
 
241 aa  78.6  0.00000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3211  putative phage repressor  34.95 
 
 
248 aa  75.5  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.02032 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2167  putative phage repressor  27.8 
 
 
244 aa  75.5  0.0000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.117586  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0998  transcriptional regulator, putative  27.8 
 
 
243 aa  74.7  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000689636  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1875  putative phage repressor  28.43 
 
 
244 aa  73.6  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2114  putative phage repressor  28.11 
 
 
247 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00404649  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2067  putative phage repressor  28.11 
 
 
247 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000502138  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  24.48 
 
 
270 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  27.62 
 
 
214 aa  63.2  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4418  putative phage repressor  23.28 
 
 
213 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000888993  normal  0.473724 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1326  putative phage repressor  31.02 
 
 
204 aa  60.5  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0272  putative phage repressor  25.94 
 
 
235 aa  60.1  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0370  putative transcriptional regulator  25.37 
 
 
210 aa  59.3  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.128546  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0819  putative phage repressor  26.09 
 
 
229 aa  56.6  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0335  putative phage repressor  24.3 
 
 
230 aa  56.6  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0641  prophage MuSo1, Cro/CI family transcriptional regulator  25.94 
 
 
240 aa  55.5  0.0000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  25.83 
 
 
264 aa  54.7  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  25.83 
 
 
264 aa  54.7  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  24.35 
 
 
209 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4115  putative phage repressor  27.59 
 
 
248 aa  53.1  0.000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.396113  hitchhiker  0.00000211881 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1192  putative phage repressor  31.58 
 
 
252 aa  52.8  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3589  putative phage repressor  27.04 
 
 
225 aa  52.4  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136688  hitchhiker  0.00299337 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4494  putative phage repressor  30.53 
 
 
231 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  31.58 
 
 
205 aa  51.2  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1261  putative phage repressor  25.82 
 
 
236 aa  50.8  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000205761 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0976  putative phage repressor  32.1 
 
 
284 aa  49.7  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.786838  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1065  putative phage repressor  22.9 
 
 
209 aa  49.7  0.00005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.518416  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2128  putative phage repressor  28.7 
 
 
231 aa  49.3  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  26.37 
 
 
230 aa  49.3  0.00006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  26.47 
 
 
219 aa  48.9  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2366  peptidase  25.38 
 
 
222 aa  48.9  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000799679  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1272  putative phage repressor  28.7 
 
 
263 aa  48.5  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.343387  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4113  putative phage repressor  29.53 
 
 
216 aa  47  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0271974  hitchhiker  0.00000000858644 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1689  putative phage repressor  30.85 
 
 
239 aa  46.6  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0556751 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  32.56 
 
 
205 aa  46.2  0.0005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2283  putative phage repressor  27.59 
 
 
292 aa  45.8  0.0006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00298807  unclonable  0.0000000000471179 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0352  putative phage repressor  32.26 
 
 
261 aa  44.7  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00411274 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  26.98 
 
 
227 aa  43.1  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0641  putative phage repressor  33.98 
 
 
263 aa  42.7  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1183  putative prophage repressor  30.56 
 
 
210 aa  42  0.01  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00355534  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>