164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0028 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0028  transposase  100 
 
 
651 aa  1359    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.680566  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  25.38 
 
 
721 aa  112  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  29.97 
 
 
652 aa  110  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  29.97 
 
 
652 aa  110  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  29.97 
 
 
652 aa  110  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  29.97 
 
 
677 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0016  hypothetical protein  25.87 
 
 
662 aa  109  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  24.08 
 
 
653 aa  108  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  26.38 
 
 
617 aa  106  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  25.47 
 
 
617 aa  106  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1702  hypothetical protein  24.4 
 
 
650 aa  99.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  25.64 
 
 
636 aa  97.8  5e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  23.57 
 
 
649 aa  95.9  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  23 
 
 
558 aa  94  8e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  24.45 
 
 
552 aa  92.8  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  22.77 
 
 
558 aa  92.8  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  23.17 
 
 
561 aa  91.7  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  23.64 
 
 
618 aa  91.3  5e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  23.64 
 
 
618 aa  91.3  5e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  21.48 
 
 
611 aa  90.1  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  25.68 
 
 
810 aa  90.1  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  23.49 
 
 
618 aa  89  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  24.93 
 
 
547 aa  87.8  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  23.39 
 
 
560 aa  86.3  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  24.13 
 
 
382 aa  83.2  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  22.76 
 
 
595 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2267  integrase catalytic region  25.95 
 
 
626 aa  81.6  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.102456 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  22.45 
 
 
626 aa  79.7  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4720  Integrase catalytic region  30.04 
 
 
670 aa  80.1  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2602  hypothetical protein  22.9 
 
 
733 aa  78.6  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0193648  normal  0.873039 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  25.43 
 
 
556 aa  78.6  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  25.43 
 
 
556 aa  78.6  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  25.43 
 
 
556 aa  78.6  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  25.43 
 
 
556 aa  78.6  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  25.99 
 
 
560 aa  78.6  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  26.55 
 
 
509 aa  78.2  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  26.13 
 
 
572 aa  78.6  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  26.13 
 
 
562 aa  78.2  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_004310  BR0729  transposase, putative  24.82 
 
 
704 aa  77.8  0.0000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0648986  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  22.07 
 
 
567 aa  77  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  23.56 
 
 
581 aa  76.6  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  21.58 
 
 
625 aa  75.9  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  21.4 
 
 
616 aa  76.3  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5056  integrase catalytic region  23.94 
 
 
575 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3150  integrase catalytic subunit  23.94 
 
 
662 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5218  integrase catalytic subunit  23.94 
 
 
662 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.250569 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  23.7 
 
 
548 aa  75.1  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  23.47 
 
 
614 aa  74.3  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4385  integrase catalytic subunit  22.57 
 
 
468 aa  73.9  0.000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2235  integrase catalytic region  23.01 
 
 
644 aa  73.9  0.000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.986822  decreased coverage  0.00107006 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0175  Tn7-like transposition protein B  25.78 
 
 
716 aa  73.2  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  24.82 
 
 
541 aa  72.4  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  24.82 
 
 
541 aa  72.4  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  24.82 
 
 
541 aa  72.4  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  24.82 
 
 
541 aa  72.4  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1342  integrase catalytic subunit  25.22 
 
 
663 aa  71.6  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.139428 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  25.36 
 
 
422 aa  71.2  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4394  integrase catalytic subunit  20.99 
 
 
550 aa  71.2  0.00000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  25.33 
 
 
599 aa  70.5  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  25.33 
 
 
599 aa  70.5  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3210  integrase catalytic subunit  22.88 
 
 
782 aa  70.5  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3047  transposase  22.69 
 
 
636 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00784211  normal  0.39515 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  24.47 
 
 
630 aa  69.7  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  22.46 
 
 
555 aa  69.7  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  20.77 
 
 
551 aa  69.3  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4577  Integrase catalytic region  25.17 
 
 
900 aa  69.3  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3504  Integrase catalytic region  25.17 
 
 
900 aa  69.3  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.661692  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0183  Tn7-like transposition protein B  29.26 
 
 
730 aa  67.8  0.0000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3875  integrase catalytic region  21.39 
 
 
497 aa  67.8  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.936093 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  21.39 
 
 
497 aa  67.8  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0484563 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  21.39 
 
 
497 aa  67.8  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  26.28 
 
 
640 aa  66.6  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  26.28 
 
 
640 aa  66.6  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3214  hypothetical protein  25.89 
 
 
780 aa  66.6  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.262924  normal 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  22.65 
 
 
640 aa  65.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  25.64 
 
 
640 aa  65.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  26.37 
 
 
542 aa  65.1  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5724  Tn7-like transposition protein B  23.48 
 
 
723 aa  64.3  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.229078 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0246  Integrase catalytic region  27.51 
 
 
717 aa  63.9  0.000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.337678 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  26.28 
 
 
632 aa  63.9  0.000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  24.04 
 
 
481 aa  63.5  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  24.04 
 
 
481 aa  63.5  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3827  transposon Tn7 transposition protein TnsB  26.41 
 
 
696 aa  63.5  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111993 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  28.28 
 
 
480 aa  63.5  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  28.28 
 
 
480 aa  63.5  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5194  Tn7-like transposition protein B  29.41 
 
 
723 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.460323  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  27.62 
 
 
554 aa  62.4  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4717  Integrase catalytic region  27 
 
 
749 aa  62.8  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4740  integrase catalytic region  22.4 
 
 
902 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5458  Tn7-like transposase  28.57 
 
 
725 aa  62  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.451472  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0117  integrase catalytic subunit  23.62 
 
 
614 aa  61.6  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.145881  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0243  integrase catalytic subunit  23.62 
 
 
614 aa  61.6  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00837519  hitchhiker  0.00531569 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2451  integrase catalytic subunit  23.62 
 
 
614 aa  61.6  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0255149  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4506  integrase catalytic subunit  26.58 
 
 
560 aa  61.6  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  24.17 
 
 
536 aa  61.6  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3752  integrase catalytic subunit  23.64 
 
 
772 aa  61.6  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06969  hypothetical protein  27.6 
 
 
487 aa  60.8  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1364  integrase catalytic subunit  26.55 
 
 
782 aa  60.8  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565486  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2326  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  25.51 
 
 
743 aa  60.8  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000721105 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2185  transposase  22.54 
 
 
224 aa  60.5  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>