147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0006 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  100 
 
 
435 aa  895    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  43.33 
 
 
399 aa  169  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.86 
 
 
423 aa  135  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  30.45 
 
 
402 aa  133  5e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  36.05 
 
 
453 aa  126  9e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  31.83 
 
 
374 aa  121  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  27.12 
 
 
425 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  28.69 
 
 
425 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  29.08 
 
 
439 aa  110  5e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  27.33 
 
 
442 aa  107  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.41 
 
 
422 aa  102  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.9 
 
 
442 aa  98.2  2e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  26.38 
 
 
425 aa  98.2  3e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  24.84 
 
 
435 aa  94.4  3e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  30.17 
 
 
420 aa  91.3  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.93 
 
 
444 aa  90.1  6e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  25.12 
 
 
429 aa  90.1  8e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  27.35 
 
 
413 aa  87.4  5e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 
433 aa  85.1  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  28.77 
 
 
417 aa  84.3  0.000000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  24.3 
 
 
429 aa  84.7  0.000000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  28.62 
 
 
354 aa  83.2  0.000000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  26.35 
 
 
315 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  31.52 
 
 
578 aa  82  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  31.05 
 
 
436 aa  79.7  0.00000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  25.99 
 
 
401 aa  79.3  0.0000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  24.86 
 
 
432 aa  79.3  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  25.67 
 
 
433 aa  79  0.0000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.14 
 
 
386 aa  77  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.46 
 
 
465 aa  75.9  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  24.14 
 
 
407 aa  75.5  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.73 
 
 
423 aa  74.7  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  22.72 
 
 
417 aa  72.8  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  26.42 
 
 
415 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  26.67 
 
 
419 aa  70.1  0.00000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.93 
 
 
424 aa  69.7  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  25.17 
 
 
422 aa  68.2  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  25.08 
 
 
428 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  22.38 
 
 
436 aa  67.4  0.0000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  25.18 
 
 
392 aa  67.4  0.0000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  25.47 
 
 
416 aa  67  0.0000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  23.87 
 
 
391 aa  66.6  0.0000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3607  restriction modification system, type I  23.72 
 
 
396 aa  66.6  0.0000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  23.02 
 
 
453 aa  66.6  0.0000000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  22.77 
 
 
426 aa  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  22.22 
 
 
456 aa  65.1  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.91 
 
 
388 aa  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.82 
 
 
457 aa  63.2  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  25.78 
 
 
402 aa  62  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  24.65 
 
 
434 aa  61.6  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  26.1 
 
 
426 aa  61.2  0.00000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  25.95 
 
 
394 aa  61.2  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  23.68 
 
 
437 aa  60.8  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  30.33 
 
 
409 aa  59.7  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  24.05 
 
 
432 aa  59.7  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  21.95 
 
 
416 aa  59.3  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  25.82 
 
 
565 aa  58.5  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  23.19 
 
 
427 aa  58.5  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.6 
 
 
413 aa  58.9  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.91 
 
 
428 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.95 
 
 
238 aa  58.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  24.7 
 
 
411 aa  58.2  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  31.82 
 
 
438 aa  58.2  0.0000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.92 
 
 
412 aa  57.8  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  24.76 
 
 
393 aa  57  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  24.93 
 
 
415 aa  57  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  27.05 
 
 
454 aa  56.6  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  22.12 
 
 
360 aa  56.6  0.0000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  22.66 
 
 
424 aa  56.2  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  25.08 
 
 
434 aa  55.8  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  25.9 
 
 
427 aa  55.1  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  22.67 
 
 
296 aa  54.7  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  36.26 
 
 
430 aa  55.1  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  24.68 
 
 
417 aa  54.7  0.000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  50.88 
 
 
562 aa  53.9  0.000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  24.43 
 
 
474 aa  53.9  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  31.18 
 
 
420 aa  53.9  0.000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  26.44 
 
 
351 aa  53.9  0.000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  35.56 
 
 
405 aa  53.9  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  25.39 
 
 
576 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  21.6 
 
 
476 aa  53.5  0.000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  23.33 
 
 
469 aa  53.1  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  22.87 
 
 
418 aa  52.4  0.00001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.46 
 
 
429 aa  52.4  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  26.14 
 
 
485 aa  52.4  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.72 
 
 
642 aa  51.2  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  23.58 
 
 
427 aa  51.6  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  23.15 
 
 
417 aa  51.2  0.00004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.99 
 
 
427 aa  51.2  0.00004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  22.88 
 
 
380 aa  50.8  0.00004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  22.19 
 
 
411 aa  51.2  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  24.18 
 
 
413 aa  50.8  0.00005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.85 
 
 
404 aa  50.4  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  22.11 
 
 
479 aa  50.4  0.00006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  24.1 
 
 
419 aa  50.4  0.00006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.19 
 
 
415 aa  50.1  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  32.12 
 
 
412 aa  50.1  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  38.81 
 
 
383 aa  49.7  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  21.08 
 
 
419 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  21.08 
 
 
419 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>