More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0005 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  100 
 
 		 568 aa  1174    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  48.45 
 
 		 587 aa  463  1e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  47.44 
 
 		 495 aa  462  1e-129  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  46.25 
 
 		 633 aa  445  1.0000000000000001e-124  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  46.5 
 
 		 574 aa  441  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  46.11 
 
 		 574 aa  437  1e-121  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  46.11 
 
 		 574 aa  437  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  46 
 
 		 523 aa  432  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  46.04 
 
 		 508 aa  430  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  45.08 
 
 		 505 aa  420  1e-116  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  47.05 
 
 		 585 aa  415  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  42.59 
 
 		 504 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  42.08 
 
 		 814 aa  400  9.999999999999999e-111  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  42.02 
 
 		 815 aa  399  9.999999999999999e-111  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  43.2 
 
 		 499 aa  398  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  43.15 
 
 		 505 aa  395  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  44.6 
 
 		 499 aa  393  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  41.95 
 
 		 496 aa  382  1e-105  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  41.34 
 
 		 498 aa  385  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  38.67 
 
 		 495 aa  376  1e-103  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  41.46 
 
 		 822 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  38.86 
 
 		 523 aa  371  1e-101  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  42.69 
 
 		 808 aa  368  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  39.96 
 
 		 498 aa  368  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  40.19 
 
 		 500 aa  364  3e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  43.02 
 
 		 891 aa  362  1e-98  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  42 
 
 		 908 aa  352  1e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  36.4 
 
 		 501 aa  348  1e-94  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  40.87 
 
 		 816 aa  347  4e-94  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  37.57 
 
 		 494 aa  344  2e-93  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  41.26 
 
 		 824 aa  339  7e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  38.36 
 
 		 505 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  41.3 
 
 		 873 aa  338  1.9999999999999998e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  39.68 
 
 		 508 aa  333  4e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  38.76 
 
 		 860 aa  330  4e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3176  N-6 DNA methylase  39.84 
 
 		 503 aa  329  8e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00238415  unclonable  0.0000000000000309055 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  38.16 
 
 		 496 aa  329  9e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  38.6 
 
 		 492 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  38.6 
 
 		 508 aa  327  4.0000000000000003e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3427  type I restriction-modification system methylation subunit-like  38.71 
 
 		 504 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2925  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  37.34 
 
 		 708 aa  317  3e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  34.78 
 
 		 527 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  35.85 
 
 		 526 aa  304  3.0000000000000004e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  34.61 
 
 		 505 aa  304  3.0000000000000004e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  34.76 
 
 		 511 aa  303  5.000000000000001e-81  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  34.43 
 
 		 506 aa  297  3e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  34.51 
 
 		 526 aa  296  5e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  35.8 
 
 		 499 aa  296  5e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  37.08 
 
 		 810 aa  293  6e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  34.32 
 
 		 516 aa  292  1e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  32.39 
 
 		 527 aa  290  7e-77  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2691  N-6 DNA methylase  34.95 
 
 		 523 aa  287  2.9999999999999996e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  35.7 
 
 		 493 aa  285  1.0000000000000001e-75  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  31.99 
 
 		 528 aa  284  3.0000000000000004e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  33.45 
 
 		 522 aa  281  2e-74  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  33.94 
 
 		 518 aa  280  4e-74  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  33.33 
 
 		 518 aa  276  8e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  33.33 
 
 		 518 aa  276  8e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  33.33 
 
 		 518 aa  275  2.0000000000000002e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1097  N-6 DNA methylase  33.15 
 
 		 513 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.34986 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  33.33 
 
 		 518 aa  275  2.0000000000000002e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  30.47 
 
 		 554 aa  274  3e-72  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  35.48 
 
 		 871 aa  273  8.000000000000001e-72  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  33.09 
 
 		 847 aa  272  1e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  35.54 
 
 		 809 aa  272  1e-71  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  34.75 
 
 		 808 aa  271  2e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  32.63 
 
 		 527 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  35.11 
 
 		 810 aa  270  5e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  35.14 
 
 		 799 aa  267  4e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2925  N-6 DNA methylase  34.21 
 
 		 680 aa  265  2e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  34.31 
 
 		 814 aa  264  3e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0964  N-6 DNA methylase  32.65 
 
 		 520 aa  264  4e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.311438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0826  type I restriction-modification system, M subunit  32.65 
 
 		 520 aa  264  4e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.580356  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0306  N-6 DNA methylase  32.86 
 
 		 547 aa  261  2e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0895835 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  34.57 
 
 		 814 aa  261  3e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  33.66 
 
 		 799 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2453  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33.27 
 
 		 538 aa  254  4.0000000000000004e-66  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.53896  normal  0.845275 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0333  N-6 DNA methylase  31.63 
 
 		 547 aa  253  8.000000000000001e-66  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.175232 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0224  Type I restriction-modification system, M subunit  35.32 
 
 		 519 aa  253  9.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2908  N-6 DNA methylase  33.86 
 
 		 523 aa  252  1e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2210  N-6 DNA methylase  31.85 
 
 		 522 aa  251  3e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  33.45 
 
 		 525 aa  250  5e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2273  N-6 DNA methylase  32.68 
 
 		 522 aa  249  7e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.443565  hitchhiker  0.00000125043 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0869  N-6 DNA methylase  31.84 
 
 		 510 aa  249  1e-64  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  33.98 
 
 		 827 aa  248  2e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  33.69 
 
 		 525 aa  248  2e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  32.48 
 
 		 537 aa  246  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  32.36 
 
 		 540 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1644  N-6 DNA methylase  33.81 
 
 		 498 aa  243  6e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  32.03 
 
 		 535 aa  242  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1159  N-6 DNA methylase  31.12 
 
 		 516 aa  243  1e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000301602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0286  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33.54 
 
 		 497 aa  241  2.9999999999999997e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  32.19 
 
 		 535 aa  239  6.999999999999999e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0079  type I restriction-modification system, M subunit  30.04 
 
 		 520 aa  239  1e-61  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  31.55 
 
 		 537 aa  238  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  31.55 
 
 		 537 aa  238  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03120  type I restriction system adenine methylase HsdM  32.34 
 
 		 856 aa  238  3e-61  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0118515  hitchhiker  7.147270000000001e-18 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17670  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  32.3 
 
 		 503 aa  237  5.0000000000000005e-61  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1086  type I restriction-modification system, M subunit  31.88 
 
 		 576 aa  236  6e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3148  N-6 DNA methylase  32.08 
 
 		 540 aa  236  8e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.303766 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>