97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTOA0049 on replicon NC_004633
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004632  PSPTO_B0057  DNA primase TraC  83.05 
 
 		 1557 aa  2170    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0049  DNA primase, putative  100 
 
 		 1389 aa  2784    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0098  DNA primase  40.65 
 
 		 1255 aa  340  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0943  DNA primase  32.8 
 
 		 621 aa  160  1e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2244  hypothetical protein  32.71 
 
 		 1495 aa  158  6e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0020  DNA primase TraC  30.64 
 
 		 986 aa  156  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4248  hypothetical protein  34.24 
 
 		 1580 aa  152  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00909879  normal  0.515927 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0017  cpp22  29.41 
 
 		 408 aa  152  6e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.113965  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6616  hypothetical protein  34.22 
 
 		 1448 aa  141  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0777828  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6521  TOPRIM  34.22 
 
 		 1448 aa  141  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009795  CCC13826_0611  Cpp22  27.67 
 
 		 430 aa  137  9.999999999999999e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a034  DNA primase TraC  28.39 
 
 		 411 aa  134  2.0000000000000002e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000906567  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0087  TOPRIM domain-containing protein  35.26 
 
 		 782 aa  133  3e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.417262  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2483  hypothetical protein  34.67 
 
 		 848 aa  129  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0951  DNA primase  33.12 
 
 		 354 aa  127  1e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.760511  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4668  hypothetical protein  26.81 
 
 		 1077 aa  126  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0834  TOPRIM domain-containing protein  33.01 
 
 		 357 aa  125  5e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1865  hypothetical protein  34.78 
 
 		 746 aa  122  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.150258  normal  1 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a039  DNA primase TraC  29.27 
 
 		 357 aa  121  7e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000018393  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0903  virulence-associated E family protein  32.94 
 
 		 778 aa  113  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2711  hypothetical protein  31.84 
 
 		 297 aa  111  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0931  hypothetical protein  33.95 
 
 		 818 aa  110  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3418  DNA primase domain protein  30.7 
 
 		 739 aa  109  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0205684  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2243  hypothetical protein  38.42 
 
 		 368 aa  103  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3978  virulence-associated E family protein  31.4 
 
 		 744 aa  100  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00795636  normal  0.108518 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2008  DNA primase  42.93 
 
 		 955 aa  99.8  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.491105  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0098  hypothetical protein  40.76 
 
 		 950 aa  99  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2652  hypothetical protein  38.07 
 
 		 813 aa  99.4  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.442336  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3038  TraC domain-containing protein  32.8 
 
 		 736 aa  98.6  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.35161 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2820  hypothetical protein  31.49 
 
 		 275 aa  98.2  9e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2130  TOPRIM domain-containing protein  30.37 
 
 		 277 aa  95.1  9e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.647312  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2484  primase 2  41.62 
 
 		 953 aa  94.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1288  inner membrane protein  42.7 
 
 		 953 aa  94  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1754  inner membrane protein  42.16 
 
 		 958 aa  94  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2366  inner membrane protein  42.16 
 
 		 958 aa  94  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0964  hypothetical protein  31.52 
 
 		 278 aa  92  8e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1504  hypothetical protein  33.98 
 
 		 326 aa  91.7  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0309  inner membrane protein  42.93 
 
 		 955 aa  91.7  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0113  hypothetical protein  42.93 
 
 		 950 aa  91.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2406  TOPRIM domain-containing protein  35.98 
 
 		 797 aa  87.8  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348772  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6493  putative DNA primase, DNA transfer TraO-like protein  36.72 
 
 		 507 aa  88.2  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.255427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1360  hypothetical protein  28.79 
 
 		 272 aa  84  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.687971  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0652  TOPRIM domain-containing protein  31.52 
 
 		 326 aa  81.3  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0494563  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0469  bacteriophage DNA primase  29.63 
 
 		 338 aa  79.7  0.0000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.419516 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2983  hypothetical protein  30 
 
 		 271 aa  79.3  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3699  P4 alpha zinc-binding domain protein  32.91 
 
 		 678 aa  79  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.482092  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6195  hypothetical protein  29.86 
 
 		 523 aa  78.6  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.374342  normal  0.646771 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3707  P4 alpha zinc-binding domain protein  32.28 
 
 		 681 aa  77  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4847  bacteriophage P4 DNA primase  27.43 
 
 		 776 aa  74.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.645663  normal  0.521901 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3548  P4 alpha zinc-binding domain protein  32.28 
 
 		 681 aa  74.7  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.88149  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1166  virulence-associated E family protein  36.92 
 
 		 896 aa  74.3  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.67711 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3269  P4 family phage/plasmid primase  28.57 
 
 		 775 aa  73.6  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6336  hypothetical protein  34.78 
 
 		 559 aa  73.2  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6494  Primase 2  29.65 
 
 		 621 aa  71.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.921039 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0320  putative nucleoside triphosphatase, D5 family  27.39 
 
 		 777 aa  71.6  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.382888 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3324  hypothetical protein  31.37 
 
 		 615 aa  70.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0668  hypothetical protein  30.04 
 
 		 833 aa  70.9  0.0000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4842  hypothetical protein  31.37 
 
 		 615 aa  70.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40670  DnaG-like primase protein  35.45 
 
 		 128 aa  68.9  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.144153  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2645  putative DNA primase, DNA transfer TraO- like protein  33.33 
 
 		 495 aa  68.6  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4191  primase 2  30.88 
 
 		 615 aa  67.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3110  plasmid and phage DNA primase  26.39 
 
 		 777 aa  67.8  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.926213  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0173  Primase 2  30.13 
 
 		 637 aa  67.4  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.214274 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2480  hypothetical protein  27.1 
 
 		 303 aa  67  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1765  putative DNA replication primase  29.86 
 
 		 621 aa  66.2  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121744  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2964  bacteriophage P4 DNA primase  28.51 
 
 		 777 aa  66.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000273638 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0174  putative DNA primase, DNA transfer TraO-like protein  27.85 
 
 		 529 aa  65.9  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.85378  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1766  putative DNA primase, DNA transfer TraO- like protein  34.74 
 
 		 506 aa  65.1  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0683835  normal  0.544535 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4007  protein of unknown function DUF927  33.69 
 
 		 899 aa  64.7  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2646  putative DNA replication primase protein  27.49 
 
 		 620 aa  64.7  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2368  protein of unknown function DUF927  33.16 
 
 		 878 aa  64.7  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.124807  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1053  P4 family phage/plasmid primase  28.57 
 
 		 777 aa  64.3  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0710  P4 family phage/plasmid primase  27.57 
 
 		 775 aa  63.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0459  putative DNA replication primase  27.59 
 
 		 644 aa  63.5  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.586117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4783  zinc-binding domain protein, primase-helicase family  30.53 
 
 		 890 aa  63.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4012  D5 family nucleoside triphosphatase  28.29 
 
 		 777 aa  63.2  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0043  P4 family phage/plasmid primase  28.57 
 
 		 777 aa  63.2  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0381  inner membrane protein  32.3 
 
 		 890 aa  62.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.401126 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  33.63 
 
 		 1111 aa  61.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0460  putative DNA primase, DNA transfer TraO-like protein  29.9 
 
 		 524 aa  61.2  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.919355  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5824  hypothetical protein  26.18 
 
 		 402 aa  59.7  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.41273  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2642  zinc-binding domain of primase-helicase family  28.99 
 
 		 895 aa  56.6  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.740754  hitchhiker  0.00000000000696733 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3881  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  30.08 
 
 		 929 aa  55.8  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0137  hypothetical protein  28.66 
 
 		 575 aa  55.8  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.939802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1880  virulence-associated E family protein  30.77 
 
 		 835 aa  55.8  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00331522  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0031  nickase  28.72 
 
 		 409 aa  53.9  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.743382  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  36.73 
 
 		 1536 aa  54.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0945  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  33.76 
 
 		 273 aa  53.1  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.550543  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7521  hypothetical protein  32.29 
 
 		 522 aa  50.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.952259  normal  0.397074 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  32.63 
 
 		 1557 aa  50.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0246  hypothetical protein  25.31 
 
 		 388 aa  50.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3860  D5 family nucleoside triphosphatase  33.76 
 
 		 763 aa  49.7  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.503803  normal  0.0447982 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0890  D5 family nucleoside triphosphatase  33.76 
 
 		 763 aa  49.7  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2188  hypothetical protein  32.9 
 
 		 733 aa  47.8  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.47677 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.9 
 
 		 1538 aa  46.6  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0051  relaxase  26.76 
 
 		 1201 aa  46.6  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4982  relaxase/mobilization nuclease family protein  29.41 
 
 		 843 aa  45.8  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154729  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>