175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTOA0039 on replicon NC_004633
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004633  PSPTOA0039  PbsX family transcriptional regulator  100 
 
 		 111 aa  226  6e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.81047  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0045  PbsX family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 117 aa  155  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.108741  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 115 aa  53.5  0.0000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  43.86 
 
 		 227 aa  52.4  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  47.27 
 
 		 106 aa  52.8  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 175 aa  51.6  0.000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 117 aa  51.6  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  34.85 
 
 		 146 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  29.59 
 
 		 135 aa  50.1  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 142 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1184  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 73 aa  48.9  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.410956  normal  0.167059 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  45.28 
 
 		 142 aa  48.9  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0921  XRE family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 132 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000830973  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 359 aa  48.1  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0063  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 137 aa  47.8  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0973127 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5877  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 133 aa  47  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00666894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 334 aa  47  0.00009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4781  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 113 aa  46.6  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00061071  normal  0.699893 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2431  transcriptional regulator, XRE family  30.3 
 
 		 125 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000620136 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 196 aa  46.6  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 256 aa  45.8  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  34.57 
 
 		 436 aa  46.2  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  37.7 
 
 		 145 aa  45.4  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 73 aa  45.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2814  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 128 aa  45.4  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2733  helix-turn-helix domain-containing protein  36.67 
 
 		 115 aa  45.8  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000416248  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  31.68 
 
 		 187 aa  46.2  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3121  helix-turn-helix domain protein  40.98 
 
 		 105 aa  45.8  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.23599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  41.38 
 
 		 293 aa  45.8  0.0002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0970  Cro/CI family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 95 aa  45.8  0.0002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0726306  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2231  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 190 aa  45.4  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.268831  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  31.34 
 
 		 92 aa  45.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0803  hypothetical protein  28.7 
 
 		 255 aa  45.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0115457  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  38.33 
 
 		 192 aa  45.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1926  XRE family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 170 aa  45.1  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 73 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  34.15 
 
 		 321 aa  45.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4832  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 107 aa  45.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 142 aa  45.4  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 73 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  30.69 
 
 		 190 aa  45.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 206 aa  44.7  0.0004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 118 aa  44.7  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4788  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 114 aa  44.7  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200631  normal  0.763075 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  34.92 
 
 		 216 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 374 aa  44.3  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  34.92 
 
 		 216 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  29.7 
 
 		 187 aa  44.3  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2543  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 104 aa  44.3  0.0006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0592097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19180  predicted transcriptional regulator  33.33 
 
 		 141 aa  44.3  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.433834  normal  0.0717748 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.67 
 
 		 119 aa  44.3  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 182 aa  44.3  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20950  putative prophage repressor  35.59 
 
 		 200 aa  44.3  0.0006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000578065  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1628  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 133 aa  44.3  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 466 aa  43.9  0.0007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3344  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 125 aa  43.9  0.0008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  36.49 
 
 		 196 aa  43.9  0.0008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  28.74 
 
 		 149 aa  43.5  0.0009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 255 aa  43.9  0.0009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2965  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 224 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.598952  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  33 
 
 		 163 aa  43.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2773  hypothetical protein  28.57 
 
 		 161 aa  43.5  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0006  transcriptional regulator  28.17 
 
 		 186 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00549324  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 188 aa  43.5  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  28.74 
 
 		 149 aa  43.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 66 aa  43.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  29.7 
 
 		 190 aa  42.7  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  42.37 
 
 		 262 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  38.18 
 
 		 201 aa  43.5  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  34.43 
 
 		 114 aa  43.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  28.74 
 
 		 149 aa  42.7  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  36.36 
 
 		 205 aa  43.5  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  42.59 
 
 		 349 aa  43.5  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0309  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 107 aa  43.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.793931  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 193 aa  43.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0316  helix-turn-helix domain-containing protein  38.33 
 
 		 107 aa  43.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4548  helix-turn-helix domain-containing protein  33.93 
 
 		 181 aa  43.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0510  XRE family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 114 aa  43.5  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000759518  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06250  predicted transcriptional regulator  35.85 
 
 		 256 aa  43.5  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 268 aa  43.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3618  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 123 aa  43.5  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 129 aa  43.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000021488 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3112  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 208 aa  43.5  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000156006  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0075  DNA-binding protein  38.6 
 
 		 73 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  33.33 
 
 		 216 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  29.29 
 
 		 137 aa  42.4  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  42.37 
 
 		 262 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  37.7 
 
 		 86 aa  42.4  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 93 aa  42.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  28.74 
 
 		 149 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  42.37 
 
 		 262 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  36.07 
 
 		 296 aa  42.7  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 505 aa  42.7  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  24.77 
 
 		 348 aa  42.4  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6461  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 137 aa  42.7  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 262 aa  42.4  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 137 aa  42.7  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 104 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  34.92 
 
 		 123 aa  42.7  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>