205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_4848 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  91.44 
 
 
409 aa  751  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  100 
 
 
409 aa  812  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  68.84 
 
 
414 aa  562  1e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1715  exonuclease SbcD  66.43 
 
 
414 aa  555  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425872  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  68.77 
 
 
412 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3765  exonuclease SbcD  65.94 
 
 
414 aa  552  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0831731  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  67.48 
 
 
412 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  67.48 
 
 
412 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  67.23 
 
 
412 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  58.23 
 
 
418 aa  452  1e-126  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1822  nuclease SbcCD, D subunit  42.57 
 
 
467 aa  321  1e-86  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.449676  normal  0.314842 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0468  nuclease SbcCD, D subunit  44.99 
 
 
417 aa  313  5e-84  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0463  nuclease SbcCD, D subunit  45.26 
 
 
419 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.165432  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0434  exodeoxyribonuclease I subunit D  44.01 
 
 
428 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0609998  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4885  nuclease SbcCD, D subunit  37.11 
 
 
414 aa  293  3e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158027  normal  0.788581 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1419  nuclease SbcCD, D subunit  39.07 
 
 
407 aa  288  1e-76  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.366401  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0304  nuclease SbcCD, D subunit  36.59 
 
 
415 aa  236  7e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.919689  normal  0.177579 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0348  nuclease SbcCD, D subunit  36.59 
 
 
415 aa  234  2e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413206  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0380  nuclease SbcCD, D subunit  37.07 
 
 
415 aa  234  2e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.061787  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2849  exonuclease subunit SbcD  38.82 
 
 
506 aa  211  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  40.72 
 
 
406 aa  211  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  35 
 
 
410 aa  210  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.16 
 
 
416 aa  206  4e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  36.43 
 
 
404 aa  206  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  33 
 
 
425 aa  205  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  34.2 
 
 
423 aa  204  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  35.64 
 
 
410 aa  204  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1319  nuclease SbcCD, D subunit  35.75 
 
 
411 aa  204  3e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  33.41 
 
 
410 aa  203  5e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  31.22 
 
 
414 aa  202  9e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  33.75 
 
 
410 aa  202  9e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2541  nuclease SbcCD, D subunit  32.65 
 
 
498 aa  201  2e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  35.89 
 
 
414 aa  200  4e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1731  exonuclease  36.52 
 
 
408 aa  198  1e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  35.62 
 
 
418 aa  198  2e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  32.62 
 
 
515 aa  197  3e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  34.11 
 
 
400 aa  196  4e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  34.11 
 
 
400 aa  196  9e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  1.99407e-06 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  34.11 
 
 
400 aa  196  9e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  34.11 
 
 
400 aa  196  9e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  34.11 
 
 
400 aa  196  9e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  34.11 
 
 
400 aa  196  9e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  34.11 
 
 
400 aa  196  9e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  34.11 
 
 
400 aa  195  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  34.11 
 
 
400 aa  194  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  36.68 
 
 
425 aa  191  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  35.84 
 
 
414 aa  191  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  32.99 
 
 
442 aa  190  4e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1100  nuclease SbcCD, D subunit  40.42 
 
 
537 aa  189  5e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  34.69 
 
 
409 aa  189  7e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  31.31 
 
 
408 aa  189  9e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  32.58 
 
 
412 aa  187  4e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1159  nuclease SbcCD, D subunit  32.49 
 
 
410 aa  185  1e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.067261  normal  0.815946 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1064  exodeoxyribonuclease I subunit D  37.77 
 
 
528 aa  185  1e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  34.28 
 
 
414 aa  184  2e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  34.28 
 
 
414 aa  184  2e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  34.28 
 
 
414 aa  184  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1979  nuclease SbcCD, D subunit  32.55 
 
 
409 aa  183  4e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  32.29 
 
 
401 aa  182  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  32.06 
 
 
408 aa  182  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1398  nuclease SbcCD, D subunit  36.33 
 
 
517 aa  181  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  34.1 
 
 
400 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  34.39 
 
 
400 aa  181  3e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  34.39 
 
 
400 aa  179  6e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  34.39 
 
 
400 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  34.1 
 
 
400 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3442  exonuclease subunit SbcD  29.62 
 
 
483 aa  171  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2569  nuclease SbcCD, D subunit  31.78 
 
 
410 aa  169  7e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2636  exonuclease subunit SbcD  37.93 
 
 
406 aa  161  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201368  normal  0.0691306 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  36.73 
 
 
393 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  33.17 
 
 
381 aa  150  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  36.3 
 
 
390 aa  145  1e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  37.05 
 
 
381 aa  145  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  34.46 
 
 
390 aa  145  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  37.59 
 
 
379 aa  140  4e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  37.01 
 
 
386 aa  140  4e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  35.76 
 
 
381 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  31.59 
 
 
425 aa  138  1e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.25 
 
 
381 aa  137  3e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  35.45 
 
 
381 aa  137  3e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  35.45 
 
 
381 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  35.45 
 
 
381 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  5.62374e-06 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  37.13 
 
 
418 aa  136  7e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  34.81 
 
 
392 aa  136  8e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2145  nuclease SbcCD, D subunit  39.64 
 
 
386 aa  135  9e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0525294  normal  0.028692 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0206  putative nuclease SbcCD, D subunit  25.69 
 
 
407 aa  135  1e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.700221  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0204  nuclease SbcCD, D subunit, putative  25.69 
 
 
407 aa  135  1e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.234178  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  36.07 
 
 
400 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  2.59601e-05 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  34.95 
 
 
381 aa  134  4e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0051  nuclease SbcCD, D subunit  28.5 
 
 
388 aa  133  7e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  34.72 
 
 
366 aa  132  8e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3945  ATP-dependent dsDNA exonuclease protein  36.81 
 
 
379 aa  132  1e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  35.71 
 
 
400 aa  131  2e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  3.44007e-09 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  36.21 
 
 
382 aa  131  2e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  35.71 
 
 
400 aa  131  2e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  2.3362e-11 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  35.05 
 
 
399 aa  130  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  34.93 
 
 
387 aa  130  6e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  35.97 
 
 
392 aa  129  8e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.94517e-08 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  33.09 
 
 
379 aa  127  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1245  nuclease SbcCD, D subunit  31.25 
 
 
375 aa  127  3e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>