More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_4249 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_49890  hypothetical protein  94.94 
 
 
435 aa  827    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.943756 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4249  hypothetical protein  100 
 
 
434 aa  867    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0673  diguanylate cyclase  61.95 
 
 
415 aa  478  1e-133  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.685567 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  59.51 
 
 
423 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0692  diguanylate cyclase  59.52 
 
 
422 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  59.27 
 
 
423 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0764  diguanylate cyclase  58.21 
 
 
424 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.52083  normal  0.111389 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  59.27 
 
 
423 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3487  GGDEF domain-containing protein  56.64 
 
 
425 aa  440  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3616  diguanylate cyclase  56.64 
 
 
436 aa  440  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0820  GGDEF domain-containing protein  56.64 
 
 
433 aa  440  9.999999999999999e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2245  diguanylate cyclase  55.06 
 
 
426 aa  404  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.310334 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5257  diguanylate cyclase  52.12 
 
 
422 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5027  diguanylate cyclase  52.12 
 
 
422 aa  385  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.750126  normal  0.244127 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3340  diguanylate cyclase  52.12 
 
 
422 aa  385  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4956  diguanylate cyclase  52.37 
 
 
422 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.888162 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4436  diguanylate cyclase  52.62 
 
 
422 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  hitchhiker  0.000180692 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2222  GGDEF  51.84 
 
 
424 aa  354  1e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0644  diguanylate cyclase  51.37 
 
 
422 aa  354  2e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.596641  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3617  diguanylate cyclase  52.02 
 
 
422 aa  324  2e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  44.58 
 
 
409 aa  306  6e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0933  diguanylate cyclase  40.3 
 
 
423 aa  279  6e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0238  diguanylate cyclase  41.06 
 
 
408 aa  266  4e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.146038  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2756  hypothetical protein  38.83 
 
 
407 aa  260  3e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0689329  decreased coverage  0.00382869 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1070  diguanylate cyclase  38.58 
 
 
407 aa  259  8e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0137194  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2888  hypothetical protein  38.58 
 
 
407 aa  259  8e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00499837  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2763  hypothetical protein  38.58 
 
 
407 aa  259  9e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000512321  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02493  predicted diguanylate cyclase  38.58 
 
 
408 aa  258  1e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.196527  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1079  hypothetical protein  38.58 
 
 
408 aa  258  1e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02457  hypothetical protein  38.58 
 
 
408 aa  258  1e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.150678  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3843  hypothetical protein  38.32 
 
 
407 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156897  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2886  hypothetical protein  37.16 
 
 
406 aa  243  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2867  hypothetical protein  37.77 
 
 
379 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00679598 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2817  hypothetical protein  36.92 
 
 
406 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.890106  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3083  diguanylate cyclase  35.32 
 
 
406 aa  238  2e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2888  hypothetical protein  38.56 
 
 
379 aa  234  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186144  normal  0.300292 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3000  hypothetical protein  38.56 
 
 
379 aa  234  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  30.53 
 
 
721 aa  176  8e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.69 
 
 
721 aa  172  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.26 
 
 
1147 aa  161  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.91 
 
 
754 aa  157  4e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.59 
 
 
768 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  45.4 
 
 
814 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  45.4 
 
 
735 aa  154  4e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.03 
 
 
925 aa  154  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  38.68 
 
 
604 aa  154  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3494  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.49 
 
 
729 aa  153  5e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.93 
 
 
648 aa  153  7e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  43.08 
 
 
892 aa  152  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1165  diguanylate cyclase  47.93 
 
 
517 aa  152  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  50.6 
 
 
1245 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  38.62 
 
 
565 aa  152  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.35 
 
 
840 aa  152  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  37.69 
 
 
604 aa  152  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.33 
 
 
682 aa  151  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  45.4 
 
 
892 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  45.4 
 
 
892 aa  150  3e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  45.4 
 
 
892 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.25 
 
 
703 aa  151  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  45.4 
 
 
735 aa  150  4e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  49.4 
 
 
1245 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  45.4 
 
 
892 aa  150  4e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  45.4 
 
 
604 aa  150  4e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.51 
 
 
892 aa  150  5e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0064  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.79 
 
 
803 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.59154e-21 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.95 
 
 
1247 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.54 
 
 
891 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.9 
 
 
494 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  38.08 
 
 
873 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.47 
 
 
499 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462189  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  35.8 
 
 
572 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.72 
 
 
681 aa  147  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  45.83 
 
 
737 aa  147  3e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.24 
 
 
1247 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.44 
 
 
818 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.376785  normal  0.0371729 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  46.78 
 
 
1247 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.78 
 
 
1247 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.06 
 
 
582 aa  146  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.43 
 
 
450 aa  146  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  44.91 
 
 
432 aa  146  6e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  45.18 
 
 
799 aa  146  7.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0071  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  41.86 
 
 
863 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.213956  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1183  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.02 
 
 
722 aa  146  8.000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.18 
 
 
947 aa  146  9e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.63 
 
 
1212 aa  146  9e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.77 
 
 
876 aa  145  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.14 
 
 
1144 aa  145  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.4 
 
 
1094 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.61 
 
 
1275 aa  145  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.75 
 
 
821 aa  145  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.41 
 
 
1107 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  41.44 
 
 
921 aa  145  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3265  GGDEF domain-containing protein  43.78 
 
 
862 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00136665  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.38 
 
 
1093 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  46.71 
 
 
523 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4789  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  47.73 
 
 
795 aa  144  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663494  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  41.94 
 
 
759 aa  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.45 
 
 
718 aa  145  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.43 
 
 
855 aa  144  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3890  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.92 
 
 
824 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>