More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_2339 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  100 
 
 
526 aa  1053  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  31.08 
 
 
535 aa  265  1e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  30.55 
 
 
534 aa  253  8e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  29.68 
 
 
504 aa  249  7e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  32.82 
 
 
516 aa  239  6e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  1.88077e-05 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  33.77 
 
 
516 aa  238  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  34.65 
 
 
516 aa  238  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0285785 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  32.47 
 
 
506 aa  238  2e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  32.69 
 
 
506 aa  238  3e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  32.47 
 
 
506 aa  236  7e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  1.22226e-05 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.07 
 
 
516 aa  236  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0396  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  34.07 
 
 
516 aa  236  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0476649  hitchhiker  0.000376911 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  34.45 
 
 
521 aa  234  4e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3821  rtn protein  34.4 
 
 
515 aa  233  6e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  33.91 
 
 
538 aa  233  7e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  34.55 
 
 
519 aa  232  1e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  31.83 
 
 
506 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2384  diguanylate phosphodiesterase  32.65 
 
 
532 aa  232  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  30.72 
 
 
511 aa  231  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  32.27 
 
 
523 aa  228  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0814  EAL domain-containing protein  31.88 
 
 
514 aa  228  3e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  32.44 
 
 
500 aa  223  7e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1798  diguanylate phosphodiesterase  34.24 
 
 
520 aa  222  1e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199517  normal  0.66089 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  29.33 
 
 
518 aa  221  2e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  30.1 
 
 
518 aa  221  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  29.33 
 
 
518 aa  221  3e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  29.33 
 
 
518 aa  221  3e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2438  diguanylate phosphodiesterase  31.25 
 
 
528 aa  221  4e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  29.33 
 
 
518 aa  220  5e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  8.61353e-05  normal  0.0219942 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  29.33 
 
 
518 aa  220  5e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  29.33 
 
 
518 aa  220  5e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  29.33 
 
 
518 aa  220  6e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0344  EAL domain-containing protein  42.91 
 
 
530 aa  220  6e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  29.13 
 
 
497 aa  219  1e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0404  EAL domain protein  33.06 
 
 
538 aa  211  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.162888 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  30.87 
 
 
528 aa  209  9e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0153368 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3435  diguanylate phosphodiesterase  30.73 
 
 
528 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  28.24 
 
 
518 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  9.90794e-07 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  30.06 
 
 
518 aa  204  2e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1828  diguanylate phosphodiesterase  31.64 
 
 
532 aa  204  3e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.566972  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01785  predicted phosphodiesterase  31.64 
 
 
532 aa  204  3e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2328  diguanylate phosphodiesterase  30.06 
 
 
528 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2501  diguanylate phosphodiesterase  28.97 
 
 
528 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0965221  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1905  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.64 
 
 
532 aa  204  3e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.184783  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1818  diguanylate phosphodiesterase  31.64 
 
 
532 aa  204  3e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0704068  normal  0.546752 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  28.29 
 
 
518 aa  204  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  27.85 
 
 
518 aa  204  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  28.05 
 
 
518 aa  203  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  28.05 
 
 
518 aa  203  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  4.06164e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  29.76 
 
 
501 aa  203  5e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1373  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.42 
 
 
532 aa  202  1e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.295034  normal  0.0183228 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2544  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.43 
 
 
532 aa  201  2e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0252853  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1971  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.78 
 
 
533 aa  201  2e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1967  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.78 
 
 
533 aa  201  2e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.352201  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2028  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  30.13 
 
 
533 aa  201  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.852277 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1304  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.77 
 
 
474 aa  201  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0784457  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4327  diguanylate phosphodiesterase  32.87 
 
 
534 aa  200  4e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0532926 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1489  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  39.08 
 
 
460 aa  200  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  39.81 
 
 
525 aa  199  1e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2785  hypothetical protein  30.68 
 
 
526 aa  197  4e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2710  hypothetical protein  30.68 
 
 
526 aa  197  4e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3236  diguanylate phosphodiesterase  32.35 
 
 
546 aa  196  8e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.406194 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  30.04 
 
 
507 aa  196  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.84 
 
 
521 aa  196  1e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  30.04 
 
 
507 aa  196  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.84 
 
 
521 aa  195  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5008  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
534 aa  195  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  29.25 
 
 
512 aa  194  2e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  30.84 
 
 
521 aa  195  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5852  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
534 aa  195  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  29.84 
 
 
521 aa  194  3e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2992  diguanylate phosphodiesterase  31.21 
 
 
522 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.748885 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001510  Rtn protein  30.41 
 
 
490 aa  191  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05545  sensory transduction protein kinase  28.99 
 
 
506 aa  189  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05448  hypothetical protein  33.87 
 
 
489 aa  186  1e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5086  diguanylate phosphodiesterase  30.83 
 
 
546 aa  184  4e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1983  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.84 
 
 
486 aa  184  4e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.123377  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5257  diguanylate phosphodiesterase  32.04 
 
 
588 aa  184  4e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0193629  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1392  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.31 
 
 
584 aa  179  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.623748  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.96 
 
 
1499 aa  178  3e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1385  signal transduction protein containing sensor and EAL domains-like protein  39.13 
 
 
522 aa  177  5e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.41583  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.74 
 
 
897 aa  176  6e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.08588e-10 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3724  EAL-containing signal transduction protein  38.85 
 
 
536 aa  176  1e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.549123  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.8 
 
 
1262 aa  175  2e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0048  EAL  37.96 
 
 
538 aa  174  3e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03877  Putative signal protein with EAL domain  40.94 
 
 
374 aa  174  3e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2925  EAL domain-containing protein  41.02 
 
 
537 aa  172  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.71 
 
 
730 aa  172  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0533  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.27 
 
 
970 aa  172  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.935916 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.15 
 
 
869 aa  171  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0930  EAL domain-containing protein  28.93 
 
 
520 aa  172  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.010678  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1708  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.53 
 
 
869 aa  172  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.32 
 
 
1101 aa  171  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3786  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.87 
 
 
755 aa  170  6e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5097  EAL domain-containing protein  37.85 
 
 
542 aa  170  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.217688 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.47 
 
 
593 aa  170  7e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.47 
 
 
593 aa  170  7e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0146  EAL domain-containing protein  38.7 
 
 
532 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85827  normal  0.927101 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.01 
 
 
1009 aa  169  8e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1771  hypothetical protein  37.39 
 
 
522 aa  169  9e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>