More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_1867 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  100 
 
 
582 aa  1177    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  73.24 
 
 
590 aa  866    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  71.31 
 
 
590 aa  843    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  76.25 
 
 
596 aa  900    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.44 
 
 
584 aa  883    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  67.3 
 
 
592 aa  781    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  93.47 
 
 
601 aa  1097    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.77 
 
 
581 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.94 
 
 
584 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  44.66 
 
 
584 aa  462  1e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.61 
 
 
585 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.28 
 
 
632 aa  461  9.999999999999999e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.78 
 
 
585 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.28 
 
 
590 aa  462  9.999999999999999e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.61 
 
 
585 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.3 
 
 
584 aa  458  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.94 
 
 
583 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.85 
 
 
585 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.65 
 
 
583 aa  451  1e-125  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  43.18 
 
 
584 aa  442  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.88 
 
 
590 aa  435  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.71 
 
 
572 aa  425  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.93 
 
 
580 aa  409  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.17 
 
 
606 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.91 
 
 
605 aa  405  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.75 
 
 
611 aa  395  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  63.21 
 
 
379 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  62.89 
 
 
306 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  62.58 
 
 
357 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.94 
 
 
599 aa  374  1e-102  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.17 
 
 
612 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.76 
 
 
616 aa  366  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.35 
 
 
612 aa  369  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.79 
 
 
612 aa  362  1e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.84 
 
 
616 aa  361  2e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.44 
 
 
633 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.31 
 
 
610 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.37 
 
 
613 aa  356  5.999999999999999e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.41 
 
 
613 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.41 
 
 
613 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.24 
 
 
615 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.3 
 
 
613 aa  351  2e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.46 
 
 
594 aa  348  1e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.46 
 
 
594 aa  348  1e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.19 
 
 
786 aa  342  1e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.7 
 
 
587 aa  341  2e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.7 
 
 
610 aa  341  2.9999999999999998e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.12 
 
 
598 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.32 
 
 
883 aa  337  2.9999999999999997e-91  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.34 
 
 
637 aa  336  7.999999999999999e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.06 
 
 
627 aa  333  5e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.38 
 
 
766 aa  332  1e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.97 
 
 
797 aa  327  3e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.81 
 
 
773 aa  326  6e-88  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.84 
 
 
676 aa  317  4e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.66 
 
 
753 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  39.55 
 
 
409 aa  295  1e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.77 
 
 
599 aa  253  6e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.55 
 
 
633 aa  249  9e-65  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  38.97 
 
 
353 aa  240  5e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  29.79 
 
 
603 aa  236  8e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.48 
 
 
1036 aa  231  3e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  46.58 
 
 
284 aa  222  1.9999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.38 
 
 
594 aa  221  3.9999999999999997e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  26.04 
 
 
590 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.57 
 
 
1023 aa  207  4e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.7 
 
 
806 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  41.03 
 
 
475 aa  174  3.9999999999999995e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  40.26 
 
 
254 aa  170  7e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  36.29 
 
 
351 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.75 
 
 
565 aa  160  6e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  36.48 
 
 
437 aa  157  7e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.36 
 
 
734 aa  150  8e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  35.92 
 
 
352 aa  150  8e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  39.01 
 
 
356 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  38.91 
 
 
416 aa  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3193  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
462 aa  143  8e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  40.33 
 
 
385 aa  143  9e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  36.25 
 
 
367 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.81 
 
 
703 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.35 
 
 
743 aa  142  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  34.1 
 
 
362 aa  141  3e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  35.14 
 
 
413 aa  141  3.9999999999999997e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  34.1 
 
 
360 aa  140  4.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  38.14 
 
 
410 aa  140  6e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  38.98 
 
 
407 aa  140  7e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0730  diguanylate cyclase  28.4 
 
 
343 aa  140  7e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  36.77 
 
 
454 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  34.91 
 
 
340 aa  136  9e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1371  diguanylate phosphodiesterase  37.71 
 
 
361 aa  136  9.999999999999999e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  37.39 
 
 
265 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.9 
 
 
567 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  36.4 
 
 
402 aa  133  1.0000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.96 
 
 
848 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  36.4 
 
 
371 aa  132  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  36.21 
 
 
431 aa  131  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  33.47 
 
 
568 aa  130  6e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  36.94 
 
 
283 aa  130  7.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2792  diguanylate phosphodiesterase  36.16 
 
 
427 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  35.06 
 
 
475 aa  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>