76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_0997 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  92.63 
 
 		 434 aa  828    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  100 
 
 		 452 aa  922    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3053  hypothetical protein  70.24 
 
 		 253 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0310931  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3489  carbohydrate-selective porin OprB  32.79 
 
 		 493 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  32.79 
 
 		 484 aa  199  6e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3797  Carbohydrate-selective porin OprB  33.02 
 
 		 484 aa  199  6e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  29.66 
 
 		 486 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  29.66 
 
 		 492 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  28.8 
 
 		 486 aa  183  6e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  28.8 
 
 		 494 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  28.8 
 
 		 481 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  28.57 
 
 		 486 aa  182  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  31.55 
 
 		 510 aa  143  5e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  30.33 
 
 		 501 aa  132  9e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  25.33 
 
 		 425 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1366  Carbohydrate-selective porin OprB  25.28 
 
 		 461 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  26.28 
 
 		 440 aa  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  25 
 
 		 417 aa  91.3  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  25.93 
 
 		 454 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  25.69 
 
 		 454 aa  83.2  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  24.67 
 
 		 452 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  24.45 
 
 		 447 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  24.5 
 
 		 452 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  24.08 
 
 		 453 aa  76.6  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  25.48 
 
 		 447 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  25.16 
 
 		 447 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5314  Carbohydrate-selective porin  23.56 
 
 		 459 aa  73.9  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.385247  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  23.84 
 
 		 453 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  24.84 
 
 		 447 aa  73.6  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6851  hypothetical protein  27.55 
 
 		 208 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979562  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5528  Carbohydrate-selective porin OprB  21.09 
 
 		 459 aa  67.8  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0703948  hitchhiker  0.0000405618 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  23.81 
 
 		 456 aa  67  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  23.81 
 
 		 456 aa  67  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  23.38 
 
 		 417 aa  64.7  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2023  Carbohydrate-selective porin protein  22.59 
 
 		 477 aa  63.5  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0980968  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  26.03 
 
 		 444 aa  63.2  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7680  porin B  22.43 
 
 		 464 aa  62  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00131365  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5080  Carbohydrate-selective porin  21 
 
 		 449 aa  62  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.66418  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  24.07 
 
 		 453 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  23.87 
 
 		 456 aa  61.2  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  24.2 
 
 		 422 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  24.47 
 
 		 483 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  21.65 
 
 		 488 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  24.83 
 
 		 444 aa  58.5  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  24.83 
 
 		 444 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  24.36 
 
 		 448 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  23.54 
 
 		 514 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  23.8 
 
 		 422 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  23.53 
 
 		 396 aa  57  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  23.01 
 
 		 474 aa  56.2  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  22.84 
 
 		 422 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  22.09 
 
 		 507 aa  52  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  23.21 
 
 		 504 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  23.21 
 
 		 504 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  23.21 
 
 		 504 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  23.21 
 
 		 504 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  23.21 
 
 		 504 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  23.21 
 
 		 504 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  23.21 
 
 		 504 aa  49.7  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  22.01 
 
 		 446 aa  48.9  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  24.36 
 
 		 534 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  21.52 
 
 		 448 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  23.4 
 
 		 455 aa  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  23.4 
 
 		 455 aa  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  24.07 
 
 		 534 aa  47.4  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  21.81 
 
 		 480 aa  47  0.0007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  23.83 
 
 		 454 aa  46.6  0.0009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  27.54 
 
 		 462 aa  46.2  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  22.28 
 
 		 481 aa  46.2  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  23.67 
 
 		 494 aa  46.2  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  23.77 
 
 		 514 aa  45.4  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  23.77 
 
 		 514 aa  45.4  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  23.08 
 
 		 493 aa  44.7  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4102  Carbohydrate-selective porin OprB  26.77 
 
 		 522 aa  43.9  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.792226  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1095  Carbohydrate-selective porin OprB  24.81 
 
 		 464 aa  43.5  0.007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0806614  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  23.3 
 
 		 492 aa  43.5  0.008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.269576 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>