More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_0811 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_r00010  16S ribosomal RNA  86.3 
 
 		 1542 bp  1287    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00367496  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00014  16S ribosomal RNA  86.16 
 
 		 1542 bp  1275    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0514001  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00017  16S ribosomal RNA  86.16 
 
 		 1542 bp  1275    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0241491  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0078  16S ribosomal RNA  86.24 
 
 		 1530 bp  1279    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000571707  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  95.97 
 
 		 1518 bp  2470    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  95.97 
 
 		 1518 bp  2470    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  96.04 
 
 		 1518 bp  2478    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  95.97 
 
 		 1518 bp  2470    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  96.04 
 
 		 1518 bp  2478    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  96.04 
 
 		 1518 bp  2478    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  96.04 
 
 		 1518 bp  2478    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SA  16S ribosomal RNA  88.84 
 
 		 1473 bp  1588    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00145569  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc16SB  16S ribosomal RNA  88.84 
 
 		 1473 bp  1588    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000158044  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0034  16S ribosomal RNA  87.95 
 
 		 1514 bp  1275    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0043  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1512 bp  1302    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0049  16S ribosomal RNA  88.03 
 
 		 1514 bp  1283    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.464241  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0339  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1512 bp  1302    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0345  16S ribosomal RNA  88.03 
 
 		 1514 bp  1283    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0556  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1512 bp  1302    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0562  16S ribosomal RNA  88.03 
 
 		 1514 bp  1283    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1609  16S ribosomal RNA  86.97 
 
 		 1512 bp  1294    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.48618  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3907  16S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 1512 bp  1302    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r01  16S ribosomal RNA  94.04 
 
 		 1518 bp  2230    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.380261  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r04  16S ribosomal RNA  94.04 
 
 		 1518 bp  2230    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00569348  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r07  16S ribosomal RNA  94.04 
 
 		 1518 bp  2230    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r12  16S ribosomal RNA  94.04 
 
 		 1518 bp  2230    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r15  16S ribosomal RNA  94.04 
 
 		 1518 bp  2230    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.011004  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr01  16S ribosomal RNA  87.22 
 
 		 1509 bp  1350    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr04  16S ribosomal RNA  87.22 
 
 		 1509 bp  1350    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr09  16S ribosomal RNA  87.3 
 
 		 1509 bp  1358    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr01  16S ribosomal RNA  87.3 
 
 		 1509 bp  1358    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr04  16S ribosomal RNA  87.3 
 
 		 1509 bp  1358    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr09  16S ribosomal RNA  87.22 
 
 		 1509 bp  1350    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  94.6 
 
 		 1538 bp  2307    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  94.6 
 
 		 1538 bp  2307    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA52  16S ribosomal RNA  94.67 
 
 		 1538 bp  2315    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA74  16S ribosomal RNA  94.6 
 
 		 1538 bp  2307    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000835671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  94.53 
 
 		 1538 bp  2300    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  87.56 
 
 		 1491 bp  1257    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  87.56 
 
 		 1491 bp  1257    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R1  16S ribosomal RNA  95.39 
 
 		 1527 bp  2411    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000539443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R12  16S ribosomal RNA  95.45 
 
 		 1527 bp  2418    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000170255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R41  16S ribosomal RNA  95.45 
 
 		 1527 bp  2418    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000365903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  95.45 
 
 		 1527 bp  2418    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  95.45 
 
 		 1527 bp  2418    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  95.45 
 
 		 1527 bp  2418    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0013  16S ribosomal RNA  90.03 
 
 		 1495 bp  1725    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000161102  normal  0.413867 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  90.03 
 
 		 1534 bp  1725    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0001  16S ribosomal RNA  86.24 
 
 		 1535 bp  1318    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000556781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0007  16S ribosomal RNA  86.17 
 
 		 1535 bp  1320    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000706702  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0015  16S ribosomal RNA  86.3 
 
 		 1535 bp  1326    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120948  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0044  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 1533 bp  1326    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000361532  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0107  16S ribosomal RNA  86.24 
 
 		 1535 bp  1318    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0119  16S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 1533 bp  1326    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133633  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0122  16S ribosomal RNA  86.17 
 
 		 1535 bp  1320    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0472105  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0127  16S ribosomal RNA  86.24 
 
 		 1535 bp  1318    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0001  16S ribosomal RNA  87.87 
 
 		 1474 bp  1489    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00116207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0011  16S ribosomal RNA  87.87 
 
 		 1474 bp  1489    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000297324  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0055  16S ribosomal RNA  87.87 
 
 		 1474 bp  1489    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000172207  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0079  16S ribosomal RNA  87.87 
 
 		 1474 bp  1489    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000533753  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0087  16S ribosomal RNA  87.87 
 
 		 1474 bp  1489    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00118916  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0019  16S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 1586 bp  1261    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.469042  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0052  16S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 1586 bp  1261    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.84843  hitchhiker  0.00924984 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0060  16S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 1586 bp  1261    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0065  16S ribosomal RNA  85.89 
 
 		 1586 bp  1261    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.473694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0001  16S ribosomal RNA  85.84 
 
 		 1535 bp  1277    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000282718  hitchhiker  0.000910883 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0007  16S ribosomal RNA  85.75 
 
 		 1535 bp  1241    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000150491  normal  0.406366 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0016  16S ribosomal RNA  85.82 
 
 		 1535 bp  1249    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201681  hitchhiker  0.0000000136741 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0071  16S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 1535 bp  1292    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00148247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0132  16S ribosomal RNA  85.82 
 
 		 1535 bp  1249    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261242  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0136  16S ribosomal RNA  85.75 
 
 		 1535 bp  1241    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000885648  hitchhiker  0.000140032 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0140  16S ribosomal RNA  85.82 
 
 		 1535 bp  1249    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00248839  normal  0.547637 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0143  16S ribosomal RNA  85.9 
 
 		 1535 bp  1285    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000577207  normal  0.0309772 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0001  16S ribosomal RNA  85.57 
 
 		 1535 bp  1245    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00134291  hitchhiker  0.00347665 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0007  16S ribosomal RNA  85.75 
 
 		 1535 bp  1241    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0064778  normal  0.0127919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0016  16S ribosomal RNA  86.3 
 
 		 1535 bp  1332    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00459376  normal  0.131368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0071  16S ribosomal RNA  85.75 
 
 		 1535 bp  1241    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00107251  normal  0.159667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0123  16S ribosomal RNA  85.95 
 
 		 1535 bp  1265    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00322133  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0141  16S ribosomal RNA  85.75 
 
 		 1535 bp  1241    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00125257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  89.39 
 
 		 1532 bp  1419    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 1532 bp  1427    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0001  16S ribosomal RNA  85.84 
 
 		 1535 bp  1277    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000442431  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0004  16S ribosomal RNA  85.77 
 
 		 1535 bp  1269    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000248814  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0013  16S ribosomal RNA  85.84 
 
 		 1535 bp  1277    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000146432  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0027  16S ribosomal RNA  85.84 
 
 		 1535 bp  1277    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000222685  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0030  16S ribosomal RNA  85.84 
 
 		 1535 bp  1277    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000656968  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0061  16S ribosomal RNA  85.84 
 
 		 1535 bp  1277    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000486947  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0121  16S ribosomal RNA  85.84 
 
 		 1535 bp  1277    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000475957  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0128  16S ribosomal RNA  85.84 
 
 		 1535 bp  1277    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000157224  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0133  16S ribosomal RNA  85.84 
 
 		 1535 bp  1277    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000510938  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08570  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1526 bp  2964    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0337059  hitchhiker  0.00000000146404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55637  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1526 bp  2964    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00734417  normal  0.40979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62090  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1526 bp  2964    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.116263  normal  0.0197607 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70910  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1526 bp  2964    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.135781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0001  16S ribosomal RNA  86.17 
 
 		 1555 bp  1316    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112036  hitchhiker  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0007  16S ribosomal RNA  86.1 
 
 		 1555 bp  1308    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0012678  normal  0.693673 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0016  16S ribosomal RNA  86.17 
 
 		 1555 bp  1316    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0251895  hitchhiker  0.00000000270434 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0069  16S ribosomal RNA  86.19 
 
 		 1555 bp  1289    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00426901  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0120  16S ribosomal RNA  86.19 
 
 		 1555 bp  1289    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0520691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0130  16S ribosomal RNA  86.06 
 
 		 1555 bp  1273    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0100831  normal  0.116315 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>