88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_0088 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_0088  protein UmuC  100 
 
 
41 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1040  hypothetical protein  72.5 
 
 
425 aa  67.4  6e-11  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0055  hypothetical protein  72.5 
 
 
425 aa  67.4  6e-11  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.352875  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1005  hypothetical protein  72.5 
 
 
425 aa  67.4  6e-11  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1338  umuC protein  65.85 
 
 
432 aa  66.2  1e-10  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1279  DNA-directed DNA polymerase  63.41 
 
 
423 aa  61.6  3e-09  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4341  DNA-directed DNA polymerase  62.5 
 
 
432 aa  61.2  5e-09  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6255  DNA-directed DNA polymerase  62.5 
 
 
442 aa  61.2  5e-09  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.983679 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3075  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  63.41 
 
 
419 aa  60.8  5e-09  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0886  DNA-directed DNA polymerase  62.5 
 
 
439 aa  60.8  6e-09  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1550  DNA-directed DNA polymerase  63.41 
 
 
418 aa  60.8  7e-09  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0477659 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0459  DNA-directed DNA polymerase  63.41 
 
 
423 aa  59.7  1e-08  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.204967  normal  0.799613 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1982  DNA-directed DNA polymerase  58.54 
 
 
423 aa  58.9  2e-08  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.84718  normal 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6848  DNA-directed DNA polymerase  60.98 
 
 
422 aa  59.3  2e-08  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615058  normal  0.214932 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4000  DNA-directed DNA polymerase  62.5 
 
 
430 aa  58.2  3e-08  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0315  DNA-directed DNA polymerase  62.5 
 
 
443 aa  58.5  3e-08  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.639091 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3517  DNA-directed DNA polymerase  62.5 
 
 
478 aa  57.8  5e-08  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2200  DNA-directed DNA polymerase  63.41 
 
 
424 aa  57.8  6e-08  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1200  DNA-directed DNA polymerase  58.54 
 
 
432 aa  57  9e-08  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2973  DNA-directed DNA polymerase  60.98 
 
 
492 aa  55.5  2e-07  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0296388  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2378  DNA-directed DNA polymerase  58.54 
 
 
425 aa  54.7  4e-07  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4983  UMUC-like DNA-repair protein  60 
 
 
432 aa  53.9  6e-07  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  3.15583e-06 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1965  DNA polymerase V subunit UmuC  56.1 
 
 
422 aa  54.3  6e-07  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000119892  normal  0.867639 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1671  DNA polymerase V subunit UmuC  56.1 
 
 
422 aa  54.3  6e-07  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0525212  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1329  DNA polymerase V subunit UmuC  56.1 
 
 
422 aa  54.3  6e-07  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.4147e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1287  DNA polymerase V subunit UmuC  56.1 
 
 
422 aa  54.3  6e-07  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.34988e-13  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01159  DNA polymerase V subunit UmuC  56.1 
 
 
422 aa  54.3  6e-07  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  2.2565e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2464  DNA-directed DNA polymerase  56.1 
 
 
422 aa  54.3  6e-07  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  5.0901e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2441  DNA polymerase V subunit UmuC  56.1 
 
 
422 aa  54.3  6e-07  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  3.65295e-06  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01169  hypothetical protein  56.1 
 
 
422 aa  54.3  6e-07  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  1.48835e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0759  DNA-directed DNA polymerase  57.5 
 
 
423 aa  53.9  7e-07  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1492  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  56.1 
 
 
420 aa  53.9  8e-07  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00564635  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0052  DNA-directed DNA polymerase  53.66 
 
 
449 aa  53.9  8e-07  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154189 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15961  putative UmuC protein  58.54 
 
 
424 aa  53.5  8e-07  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1662  hypothetical protein  53.66 
 
 
418 aa  53.5  9e-07  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1668  hypothetical protein  53.66 
 
 
418 aa  53.5  9e-07  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1178  DNA-directed DNA polymerase  58.54 
 
 
424 aa  52.8  1e-06  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0736762  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2106  DNA-directed DNA polymerase  57.5 
 
 
421 aa  52.8  1e-06  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2212  DNA polymerase V subunit UmuC  56.1 
 
 
422 aa  53.1  1e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1751  umuC protein  51.22 
 
 
427 aa  52  2e-06  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1908  DNA-directed DNA polymerase  58.54 
 
 
420 aa  52.4  2e-06  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0705  DNA-directed DNA polymerase  55 
 
 
450 aa  52.8  2e-06  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1434  DNA-directed DNA polymerase  60.98 
 
 
497 aa  52.8  2e-06  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4498  DNA-directed DNA polymerase  60 
 
 
426 aa  52.8  2e-06  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7046  UMUC domain protein DNA-repair protein  60 
 
 
442 aa  52.4  2e-06  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0920  DNA-directed DNA polymerase  57.5 
 
 
423 aa  52.8  2e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.21788  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0175  DNA-directed DNA polymerase  58.54 
 
 
423 aa  52  3e-06  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2745  DNA-directed DNA polymerase  51.22 
 
 
424 aa  51.2  4e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0898  DNA-directed DNA polymerase  56.1 
 
 
437 aa  51.2  5e-06  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.694521 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0036  DNA polymerase V subunit UmuC  53.66 
 
 
424 aa  50.8  5e-06  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0503759 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1369  DNA-directed DNA polymerase  50 
 
 
426 aa  50.4  7e-06  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.772919  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2950  DNA-directed DNA polymerase  53.66 
 
 
424 aa  50.4  9e-06  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2761  DNA-directed DNA polymerase  51.22 
 
 
426 aa  50.1  1e-05  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0282343 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3841  DNA-directed DNA polymerase  60 
 
 
437 aa  48.9  2e-05  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1031  DNA-directed DNA polymerase  47.5 
 
 
426 aa  48.9  3e-05  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2606  DNA-directed DNA polymerase  53.66 
 
 
422 aa  48.5  3e-05  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.4458 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2158  DNA polymerase V subunit UmuC  53.66 
 
 
422 aa  48.1  4e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.512063  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0220  DNA-directed DNA polymerase  57.5 
 
 
436 aa  48.1  4e-05  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5030  DNA-directed DNA polymerase  51.22 
 
 
426 aa  47.8  5e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1292  DNA-directed DNA polymerase  53.66 
 
 
424 aa  47.8  5e-05  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.355097  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2005  DNA-directed DNA polymerase  53.66 
 
 
424 aa  47.8  6e-05  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  5.15421e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2353  DNA-directed DNA polymerase  53.66 
 
 
424 aa  47.8  6e-05  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2458  DNA-directed DNA polymerase  51.22 
 
 
424 aa  47  8e-05  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2342  DNA-directed DNA polymerase  51.22 
 
 
424 aa  47  8e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2162  DNA polymerase V subunit UmuC  51.22 
 
 
422 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.229342 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2215  DNA polymerase V subunit UmuC  51.22 
 
 
422 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69246  normal  0.844364 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10201  putative UmuC protein  48.78 
 
 
430 aa  46.6  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.31245  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0012  SOS mutagenesis protein RulB  51.22 
 
 
418 aa  45.4  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374057  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1425  DNA-directed DNA polymerase  46.34 
 
 
426 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0172  DNA-repair protein  51.22 
 
 
218 aa  45.8  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1966  DNA-directed DNA polymerase  48.78 
 
 
446 aa  45.4  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.577995  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0862  DNA-directed DNA polymerase  46.34 
 
 
428 aa  45.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.826564  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09211  putative UmuC protein  46.34 
 
 
428 aa  45.4  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09231  putative UmuC protein  46.34 
 
 
428 aa  45.4  0.0003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4321  DNA-directed DNA polymerase  51.22 
 
 
428 aa  44.7  0.0004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.466657 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3752  DNA-directed DNA polymerase  45 
 
 
420 aa  44.3  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3235  DNA-directed DNA polymerase  48.78 
 
 
418 aa  44.3  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0002  DNA polymerase V subunit UmuC  46.34 
 
 
423 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09431  putative UmuC protein  41.46 
 
 
425 aa  43.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0552438 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0274  DNA-directed DNA polymerase  41.46 
 
 
425 aa  43.5  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0854208  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1369  DNA-directed DNA polymerase  46.34 
 
 
426 aa  43.5  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10658  putative RumB/ImpB like DNA repair protein  52.38 
 
 
422 aa  42.4  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3536  DNA-repair protein  52.5 
 
 
418 aa  42.7  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0053  mutagenesis and repair protein MucB  41.46 
 
 
421 aa  42  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000259717  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4172  DNA-directed DNA polymerase  47.5 
 
 
416 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.06239 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07071  putative UmuC protein  46.34 
 
 
422 aa  41.2  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.109713 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0736  umuC protein  42.5 
 
 
81 aa  40.8  0.007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1219  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  55.56 
 
 
58 aa  40.4  0.009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.347216  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>