179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_0078 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_0078  hypothetical protein  100 
 
 
73 aa  146  1e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  60.29 
 
 
68 aa  84.7  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  63.64 
 
 
69 aa  83.6  8e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  57.35 
 
 
70 aa  80.5  7e-15  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  55.88 
 
 
75 aa  77.4  6e-14  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4271  XRE family transcriptional regulator  57.35 
 
 
68 aa  76.6  1e-13  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4410  XRE family transcriptional regulator  57.35 
 
 
68 aa  76.6  1e-13  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3420  transcriptional regulator, XRE family protein  57.35 
 
 
68 aa  76.6  1e-13  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4018  XRE family transcriptional regulator  55.88 
 
 
68 aa  73.9  6e-13  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1891  XRE family transcriptional regulator  55.88 
 
 
68 aa  72.8  1e-12  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.810852  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3457  XRE family transcriptional regulator  55.88 
 
 
68 aa  72.8  1e-12  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  52.94 
 
 
81 aa  72.8  2e-12  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  54.41 
 
 
68 aa  72.4  2e-12  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4217  helix-turn-helix domain-containing protein  52.94 
 
 
69 aa  72  2e-12  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538571  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  52.38 
 
 
74 aa  67.8  5e-11  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
81 aa  61.6  3e-09  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
81 aa  61.6  3e-09  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
81 aa  61.2  5e-09  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
81 aa  61.2  5e-09  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  48.39 
 
 
104 aa  59.7  1e-08  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  49.18 
 
 
93 aa  59.7  1e-08  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  49.18 
 
 
81 aa  60.1  1e-08  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 
76 aa  58.9  3e-08  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 
81 aa  57.4  6e-08  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 
81 aa  57.4  7e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 
83 aa  56.6  1e-07  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  49.18 
 
 
67 aa  56.6  1e-07  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  42.62 
 
 
86 aa  56.2  2e-07  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 
76 aa  56.2  2e-07  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 
120 aa  54.7  5e-07  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
74 aa  54.7  5e-07  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  2.32876e-06  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 
81 aa  54.3  6e-07  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 
72 aa  53.1  1e-06  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  41.54 
 
 
84 aa  52.8  1e-06  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 
76 aa  53.5  1e-06  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 
72 aa  53.1  1e-06  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  8.06628e-06  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 
69 aa  52.8  2e-06  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  41.54 
 
 
87 aa  52.8  2e-06  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  46.67 
 
 
66 aa  52.8  2e-06  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 
91 aa  51.2  4e-06  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 
390 aa  50.8  6e-06  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 
85 aa  50.8  6e-06  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 
90 aa  50.8  6e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 
97 aa  50.4  8e-06  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  36.92 
 
 
107 aa  50.4  9e-06  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.26154e-15  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 
97 aa  50.4  9e-06  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 
76 aa  50.1  1e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0029  transcriptional regulator, XRE family  33.8 
 
 
85 aa  49.7  1e-05  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  41.94 
 
 
77 aa  49.7  2e-05  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 
154 aa  48.9  2e-05  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 
71 aa  49.3  2e-05  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  3.91644e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 
80 aa  49.3  2e-05  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  42.86 
 
 
80 aa  48.9  2e-05  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 
71 aa  49.3  2e-05  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.89962e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  39.06 
 
 
154 aa  48.5  3e-05  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 
86 aa  48.5  3e-05  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
79 aa  48.5  3e-05  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 
117 aa  48.1  4e-05  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1986  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 
101 aa  48.1  4e-05  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0615547  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1450  helix-turn-helix domain protein  35 
 
 
93 aa  47.8  5e-05  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.847526  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 
79 aa  47.8  5e-05  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  41.67 
 
 
72 aa  47.8  5e-05  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 
112 aa  47.4  6e-05  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
96 aa  47.4  7e-05  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 
73 aa  46.2  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 
131 aa  46.6  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 
97 aa  46.6  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 
73 aa  46.2  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
83 aa  46.2  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  41.67 
 
 
72 aa  46.6  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  2.36293e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 
73 aa  46.6  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  46.94 
 
 
113 aa  47  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 
75 aa  45.8  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  37.31 
 
 
67 aa  46.2  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6540  XRE family transcriptional regulator  31.88 
 
 
113 aa  45.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  40 
 
 
75 aa  45.4  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 
129 aa  45.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  2.1488e-06 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 
78 aa  45.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  34.33 
 
 
182 aa  45.8  0.0002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1436  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
83 aa  45.4  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.118358  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3082  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 
91 aa  45.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 
76 aa  45.4  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 
76 aa  45.4  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 
90 aa  45.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 
183 aa  45.1  0.0003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 
76 aa  44.7  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
78 aa  44.7  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3034  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 
82 aa  44.7  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.123448  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
85 aa  44.7  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 
76 aa  44.7  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 
91 aa  44.7  0.0005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  46.94 
 
 
109 aa  44.7  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 
99 aa  44.3  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  40.98 
 
 
113 aa  44.7  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 
101 aa  44.3  0.0006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5917  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.31 
 
 
113 aa  44.3  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.19317  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  44.9 
 
 
128 aa  44.3  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1649  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 
80 aa  44.3  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  45 
 
 
94 aa  43.9  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  45 
 
 
94 aa  43.9  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>