93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_0071 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_0071  site-specific recombinase, phage integrase family protein  100 
 
 
700 aa  1452  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.420538  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2022  phage integrase  27.07 
 
 
650 aa  127  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1962  phage integrase family site specific recombinase  24.06 
 
 
642 aa  120  1e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000374969 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7708  phage integrase family protein  22.08 
 
 
624 aa  67  1e-09  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0733345  normal  0.10035 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7406  phage integrase family protein  22.08 
 
 
624 aa  67  1e-09  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7313  phage integrase family protein  22.08 
 
 
624 aa  67  1e-09  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3330  hypothetical protein  22.08 
 
 
624 aa  67  1e-09  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.619294  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0268  hypothetical protein  22.08 
 
 
624 aa  67  1e-09  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1471  putative phage integrase  22.08 
 
 
624 aa  67  1e-09  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.249966  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.09 
 
 
310 aa  62  3e-08  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.09 
 
 
310 aa  62  3e-08  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0195  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.09 
 
 
310 aa  62  3e-08  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2920  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.09 
 
 
310 aa  62  3e-08  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510567  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2169  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.09 
 
 
310 aa  62  3e-08  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126979  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0170  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.72 
 
 
306 aa  62  3e-08  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3258  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.09 
 
 
310 aa  62  3e-08  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.706598  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0392  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.09 
 
 
310 aa  62  3e-08  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.11 
 
 
306 aa  61.6  5e-08  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6207  Phage integrase  22.38 
 
 
475 aa  61.6  5e-08  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0074  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.26 
 
 
307 aa  60.1  1e-07  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2473  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.66 
 
 
306 aa  58.9  3e-07  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.66 
 
 
306 aa  58.9  3e-07  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.56 
 
 
306 aa  58.2  5e-07  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.56 
 
 
306 aa  58.2  5e-07  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.95 
 
 
306 aa  57  1e-06  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.7 
 
 
306 aa  57  1e-06  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2016  phage integrase family protein  26.67 
 
 
333 aa  55.5  3e-06  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1238  integrase family protein  30 
 
 
617 aa  55.5  3e-06  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.375916 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2521  integrase family protein  30 
 
 
617 aa  55.5  3e-06  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  5.24212e-05  hitchhiker  0.00558917 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3481  phage integrase family protein  23.62 
 
 
600 aa  55.1  4e-06  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.487769  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3442  phage integrase family protein  23.62 
 
 
600 aa  55.1  4e-06  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1133  integrase family protein  26.18 
 
 
299 aa  54.3  7e-06  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6254  phage integrase  27.19 
 
 
616 aa  53.9  1e-05  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0347  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.16 
 
 
307 aa  53.5  1e-05  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3511  hypothetical protein  23.66 
 
 
729 aa  52.4  3e-05  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1733  integrase family protein  25.45 
 
 
333 aa  51.6  4e-05  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0001  Tn554-related, transposase B  25.25 
 
 
684 aa  51.6  4e-05  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.289716  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3148  Tn554-related, transposase B  25.25 
 
 
701 aa  51.6  5e-05  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3084  phage integrase  24.05 
 
 
189 aa  50.8  8e-05  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1150  phage integrase family protein  21.95 
 
 
742 aa  50.1  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0131  integrase family protein  24.69 
 
 
312 aa  49.7  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.144823 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0423  integrase family protein  25.14 
 
 
304 aa  49.7  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0097  site-specific recombinase, phage integrase family protein  21.45 
 
 
617 aa  49.7  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  26.28 
 
 
304 aa  48.9  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  23.89 
 
 
298 aa  48.1  0.0005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  23.89 
 
 
298 aa  48.1  0.0005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1214  phage integrase family protein  29.03 
 
 
236 aa  47.8  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 
254 aa  47.8  0.0007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0987  Tn554-related, transposase B  24.38 
 
 
708 aa  47.4  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.376449  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  26.59 
 
 
313 aa  47.4  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0191  phage integrase family protein  24.56 
 
 
568 aa  47  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0245389  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7360  phage integrase  21.63 
 
 
688 aa  46.6  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2981  integrase family protein  24.24 
 
 
307 aa  47.4  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  25.58 
 
 
367 aa  47.4  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4117  integrase family protein  24.05 
 
 
337 aa  46.6  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.944065  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4048  integrase family protein  25.32 
 
 
343 aa  46.2  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.900099 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4375  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.54 
 
 
307 aa  46.2  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  26.45 
 
 
307 aa  46.6  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0401  integrase family protein  23.9 
 
 
337 aa  46.6  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.663201  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  23.75 
 
 
299 aa  46.2  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3615  integrase family protein  24.59 
 
 
638 aa  46.6  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00140934  normal  0.0339314 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  26.25 
 
 
290 aa  45.8  0.003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1554  integrase family protein  26.35 
 
 
339 aa  45.4  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.86595  decreased coverage  0.00111318 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  26.38 
 
 
324 aa  45.8  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4252  phage integrase family protein  22.98 
 
 
694 aa  45.8  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000987809 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4306  integrase/recombinase XerC  22.36 
 
 
299 aa  45.4  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2840  Phage integrase  24.54 
 
 
296 aa  45.1  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4322  hypothetical protein  22.73 
 
 
606 aa  45.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3433  phage integrase family protein  25.61 
 
 
345 aa  45.4  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3835  tyrosine recombinase XerC  25.47 
 
 
304 aa  45.1  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.955587  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  25.32 
 
 
309 aa  45.4  0.004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20690  site-specific recombinase, integrase family  26.95 
 
 
426 aa  45.1  0.005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0117  tyrosine recombinase XerC  28.04 
 
 
316 aa  45.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1560  tyrosine recombinase XerD  23.79 
 
 
331 aa  45.1  0.005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.736869  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06600  site-specific recombinase, integrase family  28.05 
 
 
491 aa  44.7  0.005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0101148  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2848  phage integrase family protein  24.07 
 
 
304 aa  44.7  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4149  integrase family protein  27.54 
 
 
498 aa  44.7  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.353708 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3162  hypothetical protein  21.14 
 
 
714 aa  44.7  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.541887  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0380  tyrosine recombinase XerC  24.84 
 
 
304 aa  44.7  0.006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2841  phage integrase family site specific recombinase  24.07 
 
 
292 aa  44.7  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.424466  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  25.31 
 
 
308 aa  44.3  0.007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  23.57 
 
 
305 aa  44.3  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1705  phage integrase family protein  25.15 
 
 
737 aa  44.3  0.008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.602648  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  26.01 
 
 
291 aa  44.3  0.008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0447  tyrosine recombinase XerC  23.6 
 
 
299 aa  44.3  0.008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2146  phage integrase family protein  26.42 
 
 
663 aa  43.9  0.009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  23.27 
 
 
303 aa  44.3  0.009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5578  phage integrase  25.15 
 
 
721 aa  43.9  0.009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5981  phage integrase family protein  25.15 
 
 
721 aa  43.9  0.009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.259227 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2939  integrase family protein  22.98 
 
 
304 aa  44.3  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.48 
 
 
322 aa  43.9  0.01  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 
299 aa  43.9  0.01  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  8.55714e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1465  Tn554-related, transposase B  25.93 
 
 
675 aa  43.9  0.01  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  3.29851e-06  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>