More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_0056 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  100 
 
 
306 aa  613  1e-174  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  98.37 
 
 
306 aa  605  1e-172  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  70.16 
 
 
309 aa  432  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  61.74 
 
 
301 aa  379  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 
302 aa  376  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  62.08 
 
 
300 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  60.61 
 
 
302 aa  372  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  60.61 
 
 
305 aa  372  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  61.07 
 
 
300 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  58.19 
 
 
302 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  58.19 
 
 
302 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  58.39 
 
 
299 aa  362  6e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  59.86 
 
 
317 aa  361  1e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  58.59 
 
 
302 aa  360  2e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  5.63268e-08 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  58.59 
 
 
302 aa  360  2e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  58.17 
 
 
320 aa  359  3e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  58.59 
 
 
302 aa  359  3e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  57.38 
 
 
299 aa  355  4e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  57.38 
 
 
299 aa  355  4e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  57.38 
 
 
299 aa  355  4e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  58.39 
 
 
302 aa  355  7e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  57.05 
 
 
299 aa  354  8e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  57.05 
 
 
299 aa  354  8e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  57.05 
 
 
299 aa  354  8e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  57.05 
 
 
299 aa  354  8e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  58.05 
 
 
302 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  59.26 
 
 
302 aa  347  1e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  59.25 
 
 
294 aa  347  1e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  58.39 
 
 
309 aa  343  3e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  51.52 
 
 
335 aa  321  1e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  51.82 
 
 
307 aa  320  3e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  51.82 
 
 
307 aa  319  3e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  51.49 
 
 
307 aa  318  8e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  49.52 
 
 
314 aa  310  2e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  49.52 
 
 
314 aa  310  3e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  49.52 
 
 
314 aa  309  3e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  49.52 
 
 
314 aa  308  5e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  49.2 
 
 
320 aa  307  1e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  49.18 
 
 
307 aa  307  2e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  48.14 
 
 
296 aa  275  5e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 
299 aa  266  5e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 
305 aa  265  9e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  47.42 
 
 
304 aa  247  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  42.95 
 
 
295 aa  246  3e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
309 aa  238  1e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 
303 aa  236  5e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
303 aa  235  9e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 
297 aa  233  2e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
303 aa  233  3e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  44.14 
 
 
293 aa  231  8e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  39.94 
 
 
303 aa  231  1e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
302 aa  228  8e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 
305 aa  227  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  41.64 
 
 
309 aa  227  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 
335 aa  224  2e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 
307 aa  223  3e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 
299 aa  223  4e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 
306 aa  221  9e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  41.56 
 
 
306 aa  220  2e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  43.19 
 
 
327 aa  216  3e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.33 
 
 
307 aa  215  6e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
313 aa  214  1e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.25 
 
 
295 aa  214  2e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
301 aa  213  2e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 
307 aa  213  2e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3332  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 
307 aa  213  3e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0789426  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.67 
 
 
305 aa  211  9e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
322 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35 
 
 
302 aa  210  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 
306 aa  211  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  39.8 
 
 
298 aa  209  3e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39 
 
 
299 aa  210  3e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
302 aa  209  3e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 
306 aa  209  4e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 
299 aa  209  4e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 
322 aa  207  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
313 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 
305 aa  206  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 
301 aa  205  6e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.03 
 
 
293 aa  205  8e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
297 aa  204  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
299 aa  204  1e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
304 aa  204  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4511  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 
304 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 
310 aa  201  1e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  39.86 
 
 
299 aa  201  1e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
304 aa  200  2e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 
302 aa  200  2e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
298 aa  200  2e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 
301 aa  201  2e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
298 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 
300 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
302 aa  199  4e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 
300 aa  199  4e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 
300 aa  199  4e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  38.44 
 
 
300 aa  199  4e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4540  transcriptional regulator, LysR family  41.97 
 
 
303 aa  199  6e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.438902  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 
300 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
297 aa  199  7e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
296 aa  198  9e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>