More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_0033 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  100 
 
 
299 aa  594  1e-169  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  91.64 
 
 
304 aa  548  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  64.98 
 
 
316 aa  386  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  62.5 
 
 
316 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  60.47 
 
 
316 aa  361  7e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  63.23 
 
 
299 aa  352  3e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  7.31437e-05 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 
299 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.60709e-08 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  65.87 
 
 
317 aa  350  2e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 
299 aa  348  5e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  62.2 
 
 
299 aa  347  1e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 
310 aa  225  6e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 
308 aa  221  2e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 
308 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 
306 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 
308 aa  214  2e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 
301 aa  214  2e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 
301 aa  213  3e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
343 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
299 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
299 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
299 aa  210  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  42.31 
 
 
339 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
301 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  42.36 
 
 
304 aa  209  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 
299 aa  207  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 
308 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 
292 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 
304 aa  192  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  39.55 
 
 
298 aa  182  7e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1006  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 
317 aa  181  9e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5789  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 
301 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.04167 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.31 
 
 
300 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
341 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  36.13 
 
 
308 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 
302 aa  168  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 
299 aa  167  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  37.46 
 
 
302 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
330 aa  165  1e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
307 aa  164  2e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6692  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 
300 aa  164  2e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363849  normal  0.247449 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.91 
 
 
306 aa  162  4e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
330 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 
330 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 
295 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
305 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  8.02537e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
305 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0174  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
305 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117248  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
330 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
330 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
300 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
302 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2694  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
326 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 
299 aa  159  6e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 
314 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
297 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
314 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 
314 aa  156  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4612  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 
298 aa  156  5e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2717  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
308 aa  154  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.624024  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
303 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
303 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
305 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
321 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 
311 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 
311 aa  153  3e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
302 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
303 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
313 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
310 aa  151  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
303 aa  151  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
313 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 
307 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.95 
 
 
305 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  1.19726e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.95 
 
 
305 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.95 
 
 
305 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 
305 aa  150  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  8.30878e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
313 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 
305 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  5.49414e-10  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 
305 aa  150  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 
303 aa  150  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  2.22387e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 
305 aa  150  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  6.98481e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 
305 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
303 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
305 aa  150  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
298 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.95 
 
 
305 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  2.08594e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.25 
 
 
305 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.95 
 
 
305 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 
305 aa  150  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.25 
 
 
305 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.25 
 
 
305 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.56513e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.81 
 
 
300 aa  151  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  35.4 
 
 
304 aa  150  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.72 
 
 
305 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  4.01969e-06  unclonable  2.45083e-08 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.59 
 
 
303 aa  149  5e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.71 
 
 
328 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5904  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
324 aa  149  8e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.36 
 
 
305 aa  149  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.72283e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.36 
 
 
305 aa  149  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.36 
 
 
305 aa  149  8e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  8.6091e-06  normal  0.146962 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>