More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_0020 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  100 
 
 
168 aa  345  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  98.81 
 
 
168 aa  342  2e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  90.48 
 
 
168 aa  323  5e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  91.07 
 
 
168 aa  322  1e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  2.67775e-06  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  88.69 
 
 
168 aa  313  6e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  86.9 
 
 
168 aa  311  3e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  85.71 
 
 
168 aa  308  2e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  86.31 
 
 
168 aa  299  1e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  1.33405e-06 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  84.52 
 
 
168 aa  295  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  84.52 
 
 
168 aa  295  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  4.0176e-07 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  84.52 
 
 
168 aa  293  9e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  4.47721e-15 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0021  peptide deformylase  71.43 
 
 
172 aa  251  4e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.243681  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  74.7 
 
 
167 aa  249  1e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2867  peptide deformylase  66.06 
 
 
170 aa  229  1e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0042  peptide deformylase  66.67 
 
 
176 aa  226  9e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  67.88 
 
 
177 aa  226  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0017  peptide deformylase  61.21 
 
 
181 aa  219  2e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.746118  normal  0.214252 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  63.47 
 
 
178 aa  217  7e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00022  peptide deformylase  63.1 
 
 
169 aa  216  9e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0128  peptide deformylase  62.42 
 
 
179 aa  216  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0014  peptide deformylase  62.87 
 
 
177 aa  215  2e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.220664 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3356  peptide deformylase  60.12 
 
 
171 aa  215  3e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.253244  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0150  polypeptide deformylase  62.42 
 
 
179 aa  214  4e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0159  polypeptide deformylase  62.42 
 
 
179 aa  214  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.407364  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3679  peptide deformylase  60.12 
 
 
171 aa  214  4e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0346  peptide deformylase  62.42 
 
 
167 aa  214  6e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2323  peptide deformylase  61.31 
 
 
169 aa  213  1e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.180908  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3124  peptide deformylase  60.61 
 
 
181 aa  212  2e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.187097 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0038  peptide deformylase  62.29 
 
 
184 aa  212  2e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0142  peptide deformylase  61.82 
 
 
167 aa  212  2e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.394236  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2806  peptide deformylase  61.82 
 
 
167 aa  212  2e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2843  polypeptide deformylase  63.03 
 
 
178 aa  211  3e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2352  polypeptide deformylase  61.82 
 
 
179 aa  212  3e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2274  peptide deformylase  61.82 
 
 
216 aa  211  3e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0187  peptide deformylase  61.31 
 
 
167 aa  211  3e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000698863 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0070  peptide deformylase  58.33 
 
 
169 aa  211  5e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6478  peptide deformylase  60 
 
 
167 aa  210  7e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.755345 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3182  peptide deformylase  60 
 
 
167 aa  210  7e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.98572  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3565  peptide deformylase  59.88 
 
 
168 aa  210  9e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3065  peptide deformylase  60 
 
 
167 aa  209  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.566479  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0030  peptide deformylase  61.14 
 
 
184 aa  209  1e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3127  peptide deformylase  59.39 
 
 
167 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0886547  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2513  peptide deformylase  59.39 
 
 
167 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.449924  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3143  peptide deformylase  59.39 
 
 
167 aa  208  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.570267  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4416  peptide deformylase  59.26 
 
 
167 aa  208  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.571323 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1929  peptide deformylase  62.21 
 
 
170 aa  207  4e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0309  peptide deformylase  59.26 
 
 
167 aa  207  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1865  peptide deformylase  62.21 
 
 
170 aa  207  6e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0195  peptide deformylase  64.88 
 
 
178 aa  207  6e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4051  peptide deformylase  60.84 
 
 
170 aa  206  1e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.586324  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0283  peptide deformylase  57.74 
 
 
170 aa  206  1e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.01475 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3396  peptide deformylase  60.84 
 
 
170 aa  206  1e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.64649  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0035  peptide deformylase  58.64 
 
 
167 aa  205  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0023  peptide deformylase  58.33 
 
 
169 aa  204  3e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3408  peptide deformylase  59.39 
 
 
168 aa  204  4e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.709814  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0021  peptide deformylase  60.71 
 
 
167 aa  204  5e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0095  peptide deformylase  60.71 
 
 
167 aa  203  8e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4688  peptide deformylase  59.39 
 
 
169 aa  202  2e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0020  polypeptide deformylase  60 
 
 
171 aa  202  3e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4639  peptide deformylase  58.68 
 
 
173 aa  201  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.231065  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1778  peptide deformylase  54.82 
 
 
171 aa  201  3e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.818545  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0350  peptide deformylase  57.58 
 
 
171 aa  199  1e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.100367 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3014  peptide deformylase  58.33 
 
 
167 aa  197  5e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3736  peptide deformylase  57.65 
 
 
170 aa  195  2e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00186056 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0031  peptide deformylase  57.14 
 
 
199 aa  196  2e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3585  peptide deformylase  58.48 
 
 
170 aa  195  2e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5113  peptide deformylase  57.14 
 
 
173 aa  196  2e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0220791  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0040  peptide deformylase  57.74 
 
 
169 aa  195  3e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.285636  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3582  peptide deformylase  57.74 
 
 
169 aa  194  4e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0619898  normal  0.143654 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3860  peptide deformylase  56.89 
 
 
169 aa  194  4e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2079  peptide deformylase  53.57 
 
 
171 aa  194  4e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0043  peptide deformylase  57.83 
 
 
167 aa  193  7e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.598782  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3671  peptide deformylase  57.14 
 
 
169 aa  193  8e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.703673  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3769  peptide deformylase  57.14 
 
 
169 aa  193  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00722898  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0427  peptide deformylase  57.14 
 
 
169 aa  193  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.389234  hitchhiker  0.00115493 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3480  peptide deformylase  57.14 
 
 
169 aa  193  1e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.66805e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4609  peptide deformylase  57.14 
 
 
169 aa  193  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000863065  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03137  peptide deformylase  57.14 
 
 
169 aa  193  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.347821  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002057  peptide deformylase  59.39 
 
 
172 aa  193  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.424393  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0427  peptide deformylase  57.14 
 
 
169 aa  193  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03088  hypothetical protein  57.14 
 
 
169 aa  193  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.516636  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0439  peptide deformylase  57.49 
 
 
170 aa  192  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.401937  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4045  peptide deformylase  58.72 
 
 
177 aa  192  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.606485 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0035  peptide deformylase  56.55 
 
 
170 aa  192  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0880297 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0356  peptide deformylase  56.8 
 
 
169 aa  191  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.25208  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0024  peptide deformylase  57.14 
 
 
170 aa  191  3e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3773  peptide deformylase  56.55 
 
 
169 aa  191  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7337  peptide deformylase  54.6 
 
 
175 aa  191  4e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0316  peptide deformylase  56.55 
 
 
170 aa  191  4e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3603  peptide deformylase  56.55 
 
 
169 aa  191  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.53295 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0615  peptide deformylase  56.55 
 
 
170 aa  191  4e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00752277  normal  0.0138093 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3878  peptide deformylase  56.29 
 
 
173 aa  191  4e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3675  peptide deformylase  56.55 
 
 
169 aa  191  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3882  peptide deformylase  56.55 
 
 
170 aa  191  4e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000140056  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3710  peptide deformylase  56.55 
 
 
169 aa  191  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.399963  normal  0.124168 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3602  peptide deformylase  56.55 
 
 
169 aa  191  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0167703  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3064  peptide deformylase  55.75 
 
 
187 aa  191  5e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2473  peptide deformylase  57.58 
 
 
169 aa  190  7e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0038  peptide deformylase  55.09 
 
 
169 aa  190  8e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.346284 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00391  peptide deformylase  58.79 
 
 
172 aa  190  9e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>