285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_0003 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_0003  recombination protein F  85.08 
 
 
367 aa  644  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113705  normal  0.121048 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0005  recombination protein F  84.25 
 
 
367 aa  637  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  100 
 
 
369 aa  755  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0003  recombination protein F  83.7 
 
 
367 aa  639  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.510695  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0012  recombination protein F  85.08 
 
 
367 aa  644  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  2.50595e-05 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0003  recombination protein F  85.91 
 
 
367 aa  643  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  99.19 
 
 
369 aa  749  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0003  DNA replication and repair protein RecF  82.04 
 
 
367 aa  625  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0003  recombination protein F  82.87 
 
 
367 aa  624  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000153172  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0003  recombination protein F  81.22 
 
 
367 aa  620  1e-176  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.801088  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00030  recombination protein F  79.56 
 
 
365 aa  602  1e-171  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0003  recombination protein F  51.11 
 
 
361 aa  367  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  47.78 
 
 
368 aa  348  7e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  5.12174e-12 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  45.83 
 
 
360 aa  328  6e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  45.83 
 
 
360 aa  328  6e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  45.56 
 
 
360 aa  328  8e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  1.17147e-09 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  45.56 
 
 
360 aa  327  2e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  45.28 
 
 
360 aa  326  3e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  45.71 
 
 
360 aa  325  6e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  44.44 
 
 
360 aa  320  2e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  45.28 
 
 
360 aa  320  3e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  2.00533e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  45.28 
 
 
360 aa  320  3e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  44.72 
 
 
360 aa  317  2e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  1.41072e-09 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  44.51 
 
 
360 aa  308  8e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  43.06 
 
 
365 aa  303  2e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  1.80359e-07 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  42.78 
 
 
360 aa  304  2e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3716  DNA replication and repair protein RecF  41.27 
 
 
359 aa  303  4e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.362635  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0003  recombination protein F  43.06 
 
 
360 aa  300  3e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  3.66734e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  42.5 
 
 
360 aa  295  9e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  2.74736e-09 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  41.83 
 
 
360 aa  293  2e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  5.23089e-05 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  41.5 
 
 
359 aa  293  3e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  41.5 
 
 
357 aa  292  6e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2505  recombination protein F  41.37 
 
 
363 aa  290  3e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0488541  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  42.29 
 
 
373 aa  286  5e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0011  recombination protein F  39.61 
 
 
359 aa  285  6e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.10983  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  41.76 
 
 
361 aa  284  2e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  40.38 
 
 
357 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  40.38 
 
 
357 aa  281  2e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  40.38 
 
 
357 aa  281  2e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  40.38 
 
 
357 aa  281  2e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  40.38 
 
 
357 aa  281  2e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  40.38 
 
 
357 aa  281  2e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.37842e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  40.38 
 
 
357 aa  281  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  40.38 
 
 
357 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  41.48 
 
 
361 aa  280  4e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4228  recombination protein F  40.66 
 
 
357 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4121  recombination protein F  40.66 
 
 
357 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.976477  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4170  recombination protein F  40.66 
 
 
357 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  normal  0.357156 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4064  recombination protein F  40.66 
 
 
357 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.146428  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4175  recombination protein F  41.67 
 
 
361 aa  277  2e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0239408  normal  0.0132322 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  41.67 
 
 
361 aa  277  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  40.16 
 
 
361 aa  276  4e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4048  recombination protein F  40.66 
 
 
357 aa  276  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331316  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  39.84 
 
 
357 aa  275  6e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4151  recombination protein F  41.39 
 
 
361 aa  275  8e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000332755  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  39.89 
 
 
361 aa  274  2e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  40.95 
 
 
361 aa  272  6e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  9.27918e-06  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0003  recombination protein F  39.56 
 
 
357 aa  272  6e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  7.48335e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  36.91 
 
 
358 aa  258  2e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  39.67 
 
 
367 aa  257  3e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  40.17 
 
 
357 aa  255  7e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  1.67718e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  39.89 
 
 
357 aa  254  2e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0003  DNA replication and repair protein RecF  41.44 
 
 
360 aa  248  2e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0698954  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00005  Recombinational DNA repair ATPase  36.98 
 
 
338 aa  247  2e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  5.71812e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.88 
 
 
363 aa  241  2e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0752559  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0018  RecF protein  36.89 
 
 
363 aa  229  4e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0003  DNA replication and repair protein RecF  41.29 
 
 
362 aa  224  2e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  1.76519e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0003  RecF recombinational DNA repair ATPase  33.79 
 
 
353 aa  223  6e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0003  RecF recombinational DNA repair ATPase  33.52 
 
 
353 aa  221  1e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0003  DNA replication and repair protein RecF  39.61 
 
 
354 aa  221  2e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00180653  normal  0.423581 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1225  DNA replication and repair protein RecF  40.17 
 
 
349 aa  216  5e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.193168  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.22 
 
 
377 aa  212  9e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3031  DNA replication and repair protein RecF  38.06 
 
 
359 aa  210  4e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0003  DNA replication and repair protein RecF  38.31 
 
 
357 aa  202  7e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.795799 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0003  recombination protein F  34.06 
 
 
364 aa  192  8e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.26612  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0003  recombination protein F  33.79 
 
 
364 aa  189  8e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0185053  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03481  recombination protein F  36.14 
 
 
365 aa  184  2e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0003  recombination protein F  34.15 
 
 
364 aa  179  6e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0323054 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.68 
 
 
404 aa  175  1e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00736355  unclonable  1.72391e-06 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0005  DNA replication and repair protein RecF  31.85 
 
 
402 aa  172  1e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.478589  hitchhiker  0.000458598 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  31.89 
 
 
370 aa  170  3e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.23 
 
 
359 aa  165  1e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00348761  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.39 
 
 
382 aa  155  8e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.04 
 
 
350 aa  150  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00329262  decreased coverage  0.000397503 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0002  DNA replication and repair protein RecF  32.04 
 
 
350 aa  150  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.617644  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.42 
 
 
364 aa  149  1e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  29.46 
 
 
365 aa  148  2e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  28.15 
 
 
364 aa  147  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.75 
 
 
372 aa  147  4e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  26.01 
 
 
364 aa  145  9e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.48 
 
 
372 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  31.41 
 
 
370 aa  140  4e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.69508e-07  hitchhiker  1.45417e-07 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.55 
 
 
372 aa  135  1e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.43 
 
 
372 aa  134  2e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.21 
 
 
459 aa  134  3e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.85979e-05  hitchhiker  1.60944e-08 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.73 
 
 
369 aa  132  8e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  27.3 
 
 
365 aa  132  1e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  27.83 
 
 
369 aa  131  2e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  30.77 
 
 
363 aa  130  4e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  30 
 
 
374 aa  130  4e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>