More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5414 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_5414  F0F1 ATP synthase subunit gamma  100 
 
 
286 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00249789 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5296  F0F1 ATP synthase subunit gamma  100 
 
 
286 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.668406  normal  0.234689 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5432  F0F1 ATP synthase subunit gamma  98.6 
 
 
286 aa  583  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5201  F0F1 ATP synthase subunit gamma  97.9 
 
 
286 aa  580  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.240684  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5122  F0F1 ATP synthase subunit gamma  95.1 
 
 
286 aa  566  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.419828 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5731  F0F1 ATP synthase subunit gamma  94.76 
 
 
286 aa  564  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0657627  normal  0.4033 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5600  ATP synthase F1, gamma subunit  94.41 
 
 
286 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6357  F0F1 ATP synthase subunit gamma  91.26 
 
 
286 aa  543  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73250  F0F1 ATP synthase subunit gamma  91.26 
 
 
286 aa  543  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52170  F0F1 ATP synthase subunit gamma  80.84 
 
 
287 aa  485  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4608  F0F1 ATP synthase subunit gamma  81.18 
 
 
287 aa  480  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4463  ATP synthase F1, gamma subunit  72.03 
 
 
286 aa  437  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0814599  hitchhiker  0.0000000162281 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3876  ATP synthase F1, gamma subunit  70.28 
 
 
287 aa  431  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03617  F0F1 ATP synthase subunit gamma  68.99 
 
 
287 aa  414  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.404917  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4234  ATP synthase F1, gamma subunit  68.99 
 
 
287 aa  414  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4256  F0F1 ATP synthase subunit gamma  69.69 
 
 
287 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4261  F0F1 ATP synthase subunit gamma  68.99 
 
 
287 aa  414  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114644  normal  0.0774581 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03561  hypothetical protein  68.99 
 
 
287 aa  414  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.301672  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4091  F0F1 ATP synthase subunit gamma  69.69 
 
 
287 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.222651  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4076  F0F1 ATP synthase subunit gamma  69.69 
 
 
287 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.542235  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3306  H(+)-transporting two-sector ATPase  67.83 
 
 
286 aa  414  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.555978  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4188  F0F1 ATP synthase subunit gamma  68.99 
 
 
287 aa  414  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.112565  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4197  F0F1 ATP synthase subunit gamma  69.69 
 
 
287 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3967  F0F1 ATP synthase subunit gamma  67.48 
 
 
286 aa  415  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0127886  normal  0.423609 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4131  F0F1 ATP synthase subunit gamma  68.99 
 
 
287 aa  414  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.522033  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4101  F0F1 ATP synthase subunit gamma  68.99 
 
 
287 aa  414  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.631159  normal  0.145775 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3949  F0F1 ATP synthase subunit gamma  68.99 
 
 
287 aa  414  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.060401  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5169  F0F1 ATP synthase subunit gamma  68.99 
 
 
287 aa  414  9.999999999999999e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.313749  hitchhiker  0.00895042 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4249  F0F1 ATP synthase subunit gamma  69.34 
 
 
287 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000401415  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4147  F0F1 ATP synthase subunit gamma  69.69 
 
 
287 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326291  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4296  F0F1 ATP synthase subunit gamma  68.53 
 
 
286 aa  412  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.577815  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4487  F0F1 ATP synthase subunit gamma  67.48 
 
 
286 aa  410  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.575584  hitchhiker  0.00000846989 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4546  F0F1 ATP synthase subunit gamma  68.29 
 
 
287 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.433279  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4748  F0F1 ATP synthase subunit gamma  66.43 
 
 
286 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4241  F0F1 ATP synthase subunit gamma  66.43 
 
 
286 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.597705  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4256  F0F1 ATP synthase subunit gamma  68.29 
 
 
287 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3846  F0F1 ATP synthase subunit gamma  66.78 
 
 
286 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.924432  hitchhiker  0.000171777 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4131  F0F1 ATP synthase subunit gamma  66.43 
 
 
286 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0781928 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4193  F0F1 ATP synthase subunit gamma  68.64 
 
 
287 aa  404  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0939304  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4899  F0F1 ATP synthase subunit gamma  66.08 
 
 
286 aa  404  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.579626  normal  0.185974 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4203  F0F1 ATP synthase subunit gamma  67.6 
 
 
287 aa  401  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00940728  normal  0.140573 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4177  F0F1 ATP synthase subunit gamma  67.6 
 
 
287 aa  401  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0221655  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4225  F0F1 ATP synthase subunit gamma  67.6 
 
 
287 aa  401  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.37642  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3285  ATP synthase F1, gamma subunit  69.52 
 
 
292 aa  402  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3992  F0F1 ATP synthase subunit gamma  67.6 
 
 
287 aa  402  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.120958  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3926  F0F1 ATP synthase subunit gamma  66.43 
 
 
286 aa  404  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4018  F0F1 ATP synthase subunit gamma  66.43 
 
 
286 aa  404  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0007  F0F1 ATP synthase subunit gamma  68.29 
 
 
287 aa  404  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.180546  normal  0.0207901 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3645  F0F1 ATP synthase subunit gamma  66.43 
 
 
286 aa  402  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0627563  unclonable  0.00000957425 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3054  F0F1 ATP synthase subunit gamma  66.32 
 
 
288 aa  398  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2911  F0F1 ATP synthase subunit gamma  66.32 
 
 
288 aa  398  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4366  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.38 
 
 
286 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4311  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.38 
 
 
286 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000963618 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4367  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.38 
 
 
286 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.821169  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2588  ATP synthase F1, gamma subunit  65.03 
 
 
286 aa  400  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.386867  normal  0.0481997 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3060  F0F1 ATP synthase subunit gamma  66.67 
 
 
288 aa  398  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4508  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.38 
 
 
286 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0591217 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002029  ATP synthase gamma chain  66.67 
 
 
288 aa  395  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.347667  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3957  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.38 
 
 
286 aa  396  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.278471  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00422  F0F1 ATP synthase subunit gamma  65.97 
 
 
288 aa  394  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0061  F0F1 ATP synthase subunit gamma  66.08 
 
 
287 aa  393  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3075  Sodium-transporting two-sector ATPase  63.67 
 
 
289 aa  393  1e-108  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04084  F0F1 ATP synthase subunit gamma  66.08 
 
 
286 aa  390  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00162731  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4046  F0F1 ATP synthase subunit gamma  63.99 
 
 
286 aa  390  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.359211  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3753  F0F1 ATP synthase subunit gamma  63.64 
 
 
286 aa  387  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.375425  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2527  F0F1 ATP synthase subunit gamma  63.19 
 
 
288 aa  384  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3731  ATP synthase F1, gamma subunit  65.28 
 
 
288 aa  380  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2431  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.32 
 
 
289 aa  377  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0717942  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0011  ATP synthase F1, gamma subunit  65.16 
 
 
287 aa  370  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2870  F0F1 ATP synthase subunit gamma  59.23 
 
 
287 aa  369  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.720203  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2147  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.11 
 
 
289 aa  365  1e-100  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0177  F0F1 ATP synthase subunit gamma  61.11 
 
 
289 aa  365  1e-100  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2328  F0F1 ATP synthase subunit gamma  58.64 
 
 
293 aa  362  4e-99  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0763231  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3512  F0F1 ATP synthase subunit gamma  58.54 
 
 
287 aa  361  7.0000000000000005e-99  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2025  F0F1 ATP synthase subunit gamma  58.31 
 
 
293 aa  360  1e-98  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.27436  normal  0.101716 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2166  ATP synthase F1, gamma subunit  59.3 
 
 
287 aa  360  1e-98  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.95002  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0192  F0F1 ATP synthase subunit gamma  58.98 
 
 
293 aa  359  2e-98  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.865487  normal  0.0103417 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2798  F0F1 ATP synthase subunit gamma  59.31 
 
 
290 aa  355  5.999999999999999e-97  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0486  F0F1 ATP synthase subunit gamma  57.49 
 
 
287 aa  354  1e-96  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03112  F0F1 ATP synthase subunit gamma  57.14 
 
 
287 aa  353  2e-96  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0425  F0F1 ATP synthase subunit gamma  57.49 
 
 
287 aa  352  2.9999999999999997e-96  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3318  F0F1 ATP synthase subunit gamma  57.39 
 
 
291 aa  351  1e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0629678  normal  0.0205724 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1697  F0F1 ATP synthase subunit gamma  58.13 
 
 
289 aa  350  2e-95  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3495  F0F1 ATP synthase subunit gamma  56.7 
 
 
291 aa  349  3e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.055909  normal  0.57378 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2326  ATP synthase F1, gamma subunit  55.24 
 
 
286 aa  348  4e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0244217  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3188  F0F1 ATP synthase subunit gamma  56.7 
 
 
291 aa  346  2e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.49841  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3513  F0F1 ATP synthase subunit gamma  56.7 
 
 
291 aa  346  2e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00187925 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3204  F0F1 ATP synthase subunit gamma  57.44 
 
 
288 aa  344  8.999999999999999e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.558351  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2808  F0F1 ATP synthase subunit gamma  57.44 
 
 
288 aa  344  8.999999999999999e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.432553  normal  0.299257 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3347  F0F1 ATP synthase subunit gamma  55.33 
 
 
291 aa  340  1e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.752399  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0142  ATP synthase F1, gamma subunit  56.1 
 
 
287 aa  335  3.9999999999999995e-91  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0309  F0F1 ATP synthase subunit gamma  55.41 
 
 
293 aa  334  7.999999999999999e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0418781  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0371  F0F1 ATP synthase subunit gamma  56.25 
 
 
288 aa  333  2e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.446257 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0302  F0F1 ATP synthase subunit gamma  56.6 
 
 
288 aa  333  2e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.73388  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0307  F0F1 ATP synthase subunit gamma  56.6 
 
 
288 aa  333  2e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.185722  normal  0.044669 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06105  F0F1 ATP synthase subunit gamma  58.28 
 
 
286 aa  330  1e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2745  ATP synthase F1, gamma subunit  54.98 
 
 
291 aa  330  2e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.177346 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4043  F0F1 ATP synthase subunit gamma  54.3 
 
 
291 aa  329  4e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3287  F0F1 ATP synthase subunit gamma  53.61 
 
 
291 aa  328  7e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0254  F0F1 ATP synthase subunit gamma  55.36 
 
 
288 aa  328  8e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85484  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>