More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5374 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5374  choline/carnitine/betaine transporter family protein  100 
 
 		 567 aa  1136    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985383  normal  0.22306 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001291  choline/carnitine/betaine transporter family protein  61.65 
 
 		 578 aa  668    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.335478  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  51.72 
 
 		 530 aa  531  1e-149  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  45.71 
 
 		 526 aa  491  1e-137  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  46.85 
 
 		 524 aa  471  1.0000000000000001e-131  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  44.69 
 
 		 538 aa  448  1.0000000000000001e-124  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0309  choline/carnitine/betaine transporter  44.34 
 
 		 552 aa  439  9.999999999999999e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.670789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  45.17 
 
 		 659 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  45.77 
 
 		 659 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  42.46 
 
 		 551 aa  431  1e-119  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  41.74 
 
 		 657 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  43.84 
 
 		 545 aa  422  1e-117  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  46.73 
 
 		 541 aa  422  1e-117  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  44.77 
 
 		 550 aa  415  9.999999999999999e-116  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  41.86 
 
 		 542 aa  413  1e-114  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3436  choline/carnitine/betaine transporter  45.11 
 
 		 526 aa  411  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.97143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  41.74 
 
 		 538 aa  409  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  42.41 
 
 		 667 aa  408  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  43.53 
 
 		 661 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1851  choline/carnitine/betaine transporter  41.92 
 
 		 543 aa  409  1.0000000000000001e-112  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.993809  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  43.53 
 
 		 661 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  43.66 
 
 		 637 aa  404  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  40.94 
 
 		 660 aa  401  9.999999999999999e-111  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  44.51 
 
 		 661 aa  400  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  41.99 
 
 		 656 aa  397  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  40.62 
 
 		 506 aa  398  1e-109  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  43.47 
 
 		 667 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  43 
 
 		 668 aa  392  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  43.02 
 
 		 660 aa  394  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  43.37 
 
 		 682 aa  394  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  43.84 
 
 		 667 aa  394  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  43.47 
 
 		 667 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  42.15 
 
 		 503 aa  394  1e-108  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  42.44 
 
 		 504 aa  392  1e-108  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  43.66 
 
 		 667 aa  392  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  41.6 
 
 		 505 aa  390  1e-107  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  41.81 
 
 		 504 aa  389  1e-107  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  41.6 
 
 		 505 aa  389  1e-107  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  41.6 
 
 		 505 aa  389  1e-107  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  39.78 
 
 		 606 aa  392  1e-107  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  42.44 
 
 		 505 aa  390  1e-107  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  41.51 
 
 		 583 aa  390  1e-107  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  41.6 
 
 		 505 aa  389  1e-107  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  44.92 
 
 		 664 aa  391  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  41.6 
 
 		 505 aa  389  1e-107  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  41.81 
 
 		 504 aa  390  1e-107  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  43.8 
 
 		 658 aa  388  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  41.39 
 
 		 505 aa  386  1e-106  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  44.08 
 
 		 658 aa  387  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  41.39 
 
 		 505 aa  386  1e-106  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  43.11 
 
 		 673 aa  386  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  42.64 
 
 		 661 aa  386  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  43.8 
 
 		 658 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  43.8 
 
 		 658 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2029  choline/carnitine/betaine transporter  41.46 
 
 		 558 aa  387  1e-106  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  42.98 
 
 		 498 aa  384  1e-105  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  39.5 
 
 		 494 aa  385  1e-105  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  42.66 
 
 		 682 aa  383  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  43.6 
 
 		 658 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  42.74 
 
 		 523 aa  382  1e-105  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  40.04 
 
 		 490 aa  385  1e-105  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  40.39 
 
 		 553 aa  379  1e-104  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  41.65 
 
 		 556 aa  382  1e-104  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  41.46 
 
 		 573 aa  382  1e-104  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  42.86 
 
 		 685 aa  381  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  41.03 
 
 		 567 aa  375  1e-103  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  40.35 
 
 		 584 aa  376  1e-103  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  40.42 
 
 		 529 aa  375  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  43.33 
 
 		 520 aa  375  1e-102  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  42.64 
 
 		 658 aa  374  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  42.64 
 
 		 658 aa  374  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  42.88 
 
 		 658 aa  373  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  38.53 
 
 		 646 aa  373  1e-102  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  44.32 
 
 		 546 aa  374  1e-102  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  39.46 
 
 		 676 aa  370  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  43.37 
 
 		 682 aa  369  1e-101  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  39.17 
 
 		 698 aa  369  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  43.02 
 
 		 658 aa  372  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00270  choline transporter of high affinity  38.11 
 
 		 677 aa  366  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3292  choline/carnitine/betaine transporter  38.11 
 
 		 677 aa  366  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3309  choline transport protein BetT  38.11 
 
 		 677 aa  366  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13950  choline/carnitine/betaine transport  36.45 
 
 		 568 aa  367  1e-100  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0331  choline transport protein BetT  38.11 
 
 		 677 aa  366  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0373  choline transport protein BetT  38.11 
 
 		 677 aa  366  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.834443  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  41.39 
 
 		 508 aa  368  1e-100  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00273  hypothetical protein  38.11 
 
 		 677 aa  366  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0376  choline transport protein BetT  38.11 
 
 		 677 aa  366  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0597337 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  38.1 
 
 		 679 aa  365  1e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  41.6 
 
 		 497 aa  365  1e-99  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0345  choline transport protein BetT  38.11 
 
 		 677 aa  365  1e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  40.11 
 
 		 676 aa  365  1e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  42.42 
 
 		 676 aa  365  1e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  44.31 
 
 		 662 aa  364  2e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  39.64 
 
 		 531 aa  364  3e-99  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  37.07 
 
 		 582 aa  364  3e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  39.24 
 
 		 691 aa  363  4e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  40.11 
 
 		 673 aa  363  6e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  38.76 
 
 		 684 aa  362  7.0000000000000005e-99  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2557  choline transport protein BetT  38.99 
 
 		 677 aa  361  2e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  38.59 
 
 		 600 aa  361  2e-98  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>