More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5342 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_5056  regulatory protein, GntR  66.03 
 
 
520 aa  673  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  1.52055e-05  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5633  GntR family transcriptional regulator  71.04 
 
 
517 aa  735  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  6.15538e-06  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5504  transcriptional regulator, GntR family  67.52 
 
 
520 aa  686  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  97.05 
 
 
509 aa  1000  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5391  transcriptional regulator  91.55 
 
 
509 aa  945  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253395  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  84.25 
 
 
508 aa  868  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  2.08159e-08  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
509 aa  1029  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  7.22465e-07 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0130  GntR family transcriptional regulator  60.04 
 
 
490 aa  624  1e-177  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71680  GntR family transcriptional regulator  61.63 
 
 
491 aa  552  1e-156  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6219  putative transcriptional regulator  61.03 
 
 
491 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  45.95 
 
 
496 aa  394  1e-108  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
501 aa  325  1e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1933  GntR family transcriptional regulator  38.65 
 
 
490 aa  318  2e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.100433  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1023  transcriptional regulator  36.11 
 
 
485 aa  317  5e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.582702 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2172  GntR family transcriptional regulator  37.65 
 
 
477 aa  316  7e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4721  GntR family transcriptional regulator  39.56 
 
 
492 aa  315  1e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.967408  normal  0.610442 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1011  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.9 
 
 
485 aa  315  1e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0345  transcriptional regulator, GntR family  33.87 
 
 
470 aa  315  2e-84  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.469578  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.68 
 
 
485 aa  312  7e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444902  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3289  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  39.17 
 
 
485 aa  310  4e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3003  GntR family transcriptional regulator  36.01 
 
 
487 aa  308  1e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.32  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0989  GntR family transcriptional regulator  35.7 
 
 
485 aa  308  1e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3711  transcriptional regulator  37.63 
 
 
504 aa  308  1e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0129081 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1609  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 
569 aa  307  4e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0318445  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3352  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 
485 aa  305  1e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1152  GntR family transcriptional regulator  39.43 
 
 
492 aa  305  1e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6889  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.24 
 
 
515 aa  305  1e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0343806  normal  0.248624 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4100  GntR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
494 aa  302  8e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959861  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4266  GntR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
494 aa  302  8e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501313  normal  0.325137 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3403  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.98 
 
 
489 aa  302  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3694  GntR family transcriptional regulator  37.47 
 
 
494 aa  302  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.385244  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3251  transcriptional regulator  38.46 
 
 
494 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4307  transcriptional regulator  39.06 
 
 
488 aa  301  2e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4167  transcriptional regulator  37.7 
 
 
509 aa  301  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.117681  normal  0.924645 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3892  GntR family transcriptional regulator  39.4 
 
 
492 aa  301  2e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.179019  normal  0.485504 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1740  GntR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
494 aa  300  4e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.844969  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4139  GntR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
503 aa  300  5e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.5231  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2934  GntR family transcriptional regulator  36.69 
 
 
513 aa  300  5e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4318  GntR family transcriptional regulator  35.8 
 
 
504 aa  299  8e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0030  putative transcription regulator protein  37.87 
 
 
509 aa  298  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2866  GntR family transcriptional regulator  39.17 
 
 
492 aa  298  2e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.156549  normal  0.161976 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0281  GntR family transcriptional regulator  38.35 
 
 
503 aa  297  3e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2382  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.63 
 
 
503 aa  297  3e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0552603  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1208  GntR family transcriptional regulator  39.17 
 
 
574 aa  297  4e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5076  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.13 
 
 
472 aa  296  7e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4324  transcriptional regulator  37.55 
 
 
495 aa  296  7e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.203783 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6170  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.76 
 
 
523 aa  295  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3119  transcription regulator protein  39.92 
 
 
488 aa  294  2e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4910  transcriptional regulator  38.14 
 
 
502 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3397  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  37.4 
 
 
504 aa  295  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5360  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
502 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.881059  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3006  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
502 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0569  transcriptional regulator  38.06 
 
 
499 aa  294  3e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1085  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
475 aa  293  4e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.350273 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1334  transcriptional regulator  38.54 
 
 
501 aa  293  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0430  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 
506 aa  293  5e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5240  transcriptional regulator  38.14 
 
 
502 aa  293  5e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4710  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
502 aa  293  5e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.991475  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0480  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 
509 aa  293  5e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.320093  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1809  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 
506 aa  293  5e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1108  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
492 aa  293  6e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.851329 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  37.4 
 
 
497 aa  293  7e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2795  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.77 
 
 
500 aa  293  7e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.77384  normal  0.599586 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4852  transcriptional regulator  36.62 
 
 
523 aa  292  8e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.791352 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3267  transcriptional regulator  39.07 
 
 
492 aa  292  8e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0835  GntR family transcriptional regulator  35.81 
 
 
501 aa  292  9e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.255171 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1641  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.41 
 
 
488 aa  292  9e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119637  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3105  GntR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
501 aa  291  2e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1783  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.57 
 
 
501 aa  291  2e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5126  GntR family transcriptional regulator  39.07 
 
 
492 aa  290  3e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.835239  normal  0.332894 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.84 
 
 
497 aa  290  4e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2171  GntR family transcriptional regulator  37.15 
 
 
507 aa  290  4e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.164401  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1714  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.18 
 
 
488 aa  290  5e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0550689  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3365  transcriptional regulator  37.32 
 
 
503 aa  290  5e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0423  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.59 
 
 
494 aa  289  8e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1217  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
501 aa  289  9e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2503  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
506 aa  288  1e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0641  GntR family transcriptional regulator  37.47 
 
 
506 aa  289  1e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.371693  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0817  GntR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
506 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.389843  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1143  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 
496 aa  288  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4520  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.61 
 
 
501 aa  288  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2364  GntR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
506 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0684851  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1682  transcriptional regulator  37.47 
 
 
493 aa  287  3e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1600  GntR family regulatory protein  37.8 
 
 
493 aa  287  3e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4666  transcriptional regulator  36.62 
 
 
511 aa  287  3e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5345  transcriptional regulator  37.67 
 
 
506 aa  287  3e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0493543 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0192  GntR family regulatory protein  37.8 
 
 
570 aa  287  3e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0348  GntR family transcriptional regulator  36.66 
 
 
495 aa  287  4e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0620  transcriptional regulator, GntR family  33.13 
 
 
466 aa  286  4e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3456  transcriptional regulator  40.81 
 
 
501 aa  285  1e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4510  transcriptional regulator  35.83 
 
 
489 aa  285  1e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111052  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4449  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 
507 aa  285  2e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3519  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.1 
 
 
471 aa  285  2e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3917  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 
507 aa  285  2e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3610  transcriptional regulator  36.22 
 
 
507 aa  285  2e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.530067  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4617  GntR family transcriptional regulator  38.77 
 
 
516 aa  284  3e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814489  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1688  GntR family transcriptional regulator  40.41 
 
 
491 aa  283  4e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.82306  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4719  transcriptional regulator, GntR family  33.13 
 
 
466 aa  283  5e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5145  transcriptional regulator  38.77 
 
 
516 aa  283  5e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4320  transcriptional regulator  36.03 
 
 
521 aa  283  5e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.268323 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>