More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5341 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5341  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  100 
 
 		 367 aa  754    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.169562  hitchhiker  0.0000795436 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5632  extracellular solute-binding protein  83.7 
 
 		 366 aa  639    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0464998  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5250  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 367 aa  754    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  0.223188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5390  extracellular solute-binding protein  97.28 
 
 		 367 aa  737    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110702  normal  0.0735387 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  93.19 
 
 		 367 aa  704    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3260  extracellular solute-binding protein  69.4 
 
 		 366 aa  524  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0124  extracellular solute-binding protein  64.03 
 
 		 364 aa  495  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.996565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  59.84 
 
 		 367 aa  461  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  59.84 
 
 		 367 aa  461  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  56.83 
 
 		 363 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  57.1 
 
 		 363 aa  450  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  57.85 
 
 		 369 aa  442  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  62.43 
 
 		 371 aa  442  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  57.3 
 
 		 369 aa  439  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  57.07 
 
 		 366 aa  432  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  59.24 
 
 		 365 aa  432  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  55.77 
 
 		 370 aa  429  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  56.2 
 
 		 369 aa  429  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  55.77 
 
 		 370 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  55.77 
 
 		 370 aa  427  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  55.77 
 
 		 370 aa  427  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  55.77 
 
 		 370 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  55.49 
 
 		 370 aa  425  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2677  extracellular solute-binding protein  53.41 
 
 		 361 aa  427  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0163621 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  55.77 
 
 		 370 aa  427  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  55.37 
 
 		 369 aa  427  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2708  extracellular solute-binding protein  57.69 
 
 		 362 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15362  normal  0.342608 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  57.14 
 
 		 362 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  57.61 
 
 		 366 aa  426  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  55.77 
 
 		 370 aa  427  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  55.77 
 
 		 370 aa  427  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3147  periplasmic polyamine-binding protein, putative  57.14 
 
 		 362 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.718398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  54.62 
 
 		 369 aa  424  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  54.4 
 
 		 371 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  54.4 
 
 		 371 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  54.4 
 
 		 371 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2567  extracellular solute-binding protein  57.42 
 
 		 362 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0873  periplasmic polyamine-binding protein, putative  54.29 
 
 		 359 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.262615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  57.38 
 
 		 366 aa  418  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  54.12 
 
 		 371 aa  421  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  55.77 
 
 		 365 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  56.47 
 
 		 370 aa  419  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  57.06 
 
 		 366 aa  420  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  54.12 
 
 		 371 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  54.21 
 
 		 369 aa  415  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5307  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  54.95 
 
 		 365 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0903  extracellular solute-binding protein  54.02 
 
 		 359 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.551806  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  57.82 
 
 		 387 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  55.25 
 
 		 363 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  54.27 
 
 		 369 aa  417  9.999999999999999e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3532  extracellular solute-binding protein  57.69 
 
 		 367 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50188 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  54.25 
 
 		 364 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  54.27 
 
 		 369 aa  417  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  53.85 
 
 		 370 aa  416  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  56.42 
 
 		 366 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  57.82 
 
 		 387 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  57.54 
 
 		 387 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  54.27 
 
 		 369 aa  417  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  54.78 
 
 		 365 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  57.27 
 
 		 365 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  56.42 
 
 		 366 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2117  extracellular solute-binding protein  55.56 
 
 		 365 aa  414  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.428561  normal  0.337405 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  56.15 
 
 		 366 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  54.72 
 
 		 362 aa  414  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  54.14 
 
 		 365 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  56.15 
 
 		 366 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  56.98 
 
 		 365 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  56.98 
 
 		 365 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3989  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  53.85 
 
 		 363 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15996  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0917  extracellular solute-binding protein  54.71 
 
 		 359 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0241526  normal  0.315569 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  57.56 
 
 		 365 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  54.18 
 
 		 401 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  55.59 
 
 		 366 aa  410  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  55.49 
 
 		 366 aa  409  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  55.8 
 
 		 367 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  54.78 
 
 		 375 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4305  extracellular solute-binding protein  53.69 
 
 		 359 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.330747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29090  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  53.71 
 
 		 363 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000591806 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  57.06 
 
 		 366 aa  404  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  56.51 
 
 		 364 aa  401  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3845  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  51.52 
 
 		 369 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.803653  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  56.51 
 
 		 364 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  56.51 
 
 		 364 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  54.02 
 
 		 366 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  55.39 
 
 		 364 aa  392  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  55.72 
 
 		 374 aa  388  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  49.32 
 
 		 369 aa  376  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  49.59 
 
 		 371 aa  377  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  50.14 
 
 		 364 aa  372  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2135  extracellular solute-binding protein  50.42 
 
 		 368 aa  370  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2607  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  49.85 
 
 		 367 aa  368  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  51.32 
 
 		 365 aa  365  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1950  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  48.77 
 
 		 366 aa  363  3e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17949  normal  0.9413 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30570  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  48.39 
 
 		 367 aa  362  4e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.720588 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2309  extracellular solute-binding protein family 1  48.77 
 
 		 366 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103433  normal  0.0970832 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5362  extracellular solute-binding protein family 1  49.56 
 
 		 366 aa  361  1e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.142467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  49.58 
 
 		 366 aa  361  1e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  48.75 
 
 		 364 aa  360  2e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  49.86 
 
 		 367 aa  360  2e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  49.17 
 
 		 367 aa  360  3e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>