101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5319 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_5319  secreted repeat of unknown function  100 
 
 
138 aa  285  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0220667 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5227  hypothetical protein  97.56 
 
 
123 aa  246  6e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.423904 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0155  hypothetical protein  86.18 
 
 
123 aa  221  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.70289 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5366  hypothetical protein  85.22 
 
 
114 aa  201  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.965277  normal  0.371852 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5605  hypothetical protein  71.7 
 
 
127 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.682246  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70740  hypothetical protein  61.22 
 
 
151 aa  123  9e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1744  Secreted repeat of unknown function  51.15 
 
 
134 aa  122  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6136  hypothetical protein  61.22 
 
 
127 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5259  hypothetical protein  67.03 
 
 
127 aa  122  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.189638  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4610  hypothetical protein  52.63 
 
 
126 aa  121  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1476  hypothetical protein  52.63 
 
 
126 aa  121  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.640223  normal  0.869499 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0852  Secreted repeat of unknown function  51.13 
 
 
130 aa  121  4e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1064  hypothetical protein  66.3 
 
 
126 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.581294  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3144  hypothetical protein  58.33 
 
 
147 aa  117  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.302781  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1655  transmembrane protein  50 
 
 
125 aa  116  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000107151  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5368  Secreted repeat of unknown function  51.61 
 
 
120 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.80855 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0520  hypothetical protein  53.72 
 
 
128 aa  115  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2915  Secreted repeat of unknown function  58.95 
 
 
142 aa  114  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282236 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3281  hypothetical protein  48.72 
 
 
141 aa  114  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3375  hypothetical protein  57.14 
 
 
127 aa  114  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.770936  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3003  hypothetical protein  57.73 
 
 
138 aa  114  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0100135  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0589  hypothetical protein  58.16 
 
 
123 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.614178  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2323  hypothetical protein  58.16 
 
 
123 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0880  hypothetical protein  58.16 
 
 
123 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1103  hypothetical protein  58.16 
 
 
123 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1017  hypothetical protein  58.16 
 
 
123 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1847  hypothetical protein  58.16 
 
 
123 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.155582  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3262  Secreted repeat of unknown function  45.11 
 
 
142 aa  113  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.448223  normal  0.363807 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1653  hypothetical protein  58.16 
 
 
123 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2984  hypothetical protein  56.84 
 
 
148 aa  110  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3787  hypothetical protein  56.25 
 
 
129 aa  109  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2547  hypothetical protein  47.24 
 
 
161 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178689  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0969  putative lipoprotein  50 
 
 
119 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.464868  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0732  hypothetical protein  50 
 
 
119 aa  106  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3018  Secreted repeat of unknown function  49.18 
 
 
119 aa  104  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.085278  normal  0.0254984 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3396  hypothetical protein  61.18 
 
 
126 aa  103  9e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2756  Secreted repeat of unknown function  57.29 
 
 
126 aa  101  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2521  Secreted repeat of unknown function  58.14 
 
 
126 aa  100  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2553  hypothetical protein  52.58 
 
 
121 aa  100  7e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00424797 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1255  Secreted repeat of unknown function  50.5 
 
 
121 aa  100  7e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0504542  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5217  Secreted repeat of unknown function  48.21 
 
 
123 aa  98.6  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0830561 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1696  hypothetical protein  51.55 
 
 
124 aa  97.8  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3731  hypothetical protein  51.55 
 
 
124 aa  97.4  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4205  hypothetical protein  51.55 
 
 
124 aa  97.4  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.616061  normal  0.266344 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2780  Secreted repeat of unknown function  54.17 
 
 
126 aa  97.4  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.725586 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3202  hypothetical protein  51.02 
 
 
124 aa  97.1  8e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4292  hypothetical protein  50.52 
 
 
124 aa  96.3  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00555  hypothetical protein  36.15 
 
 
244 aa  95.5  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1996  hypothetical protein  52.58 
 
 
124 aa  95.1  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.500109  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0371  hypothetical protein  51.75 
 
 
119 aa  94.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0898922  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4051  hypothetical protein  50.52 
 
 
124 aa  94.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0853  hypothetical protein  51.75 
 
 
119 aa  94.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4315  hypothetical protein  50.52 
 
 
124 aa  94.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0824  hypothetical protein  51.75 
 
 
119 aa  94.4  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.00036805 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2753  Secreted repeat of unknown function  51.55 
 
 
131 aa  93.6  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1184  hypothetical protein  42.74 
 
 
119 aa  92  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.274213  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3942  hypothetical protein  47.11 
 
 
119 aa  92  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00611037  normal  0.0334852 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0143  hypothetical protein  42.74 
 
 
119 aa  92  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0425687  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0422  hypothetical protein  42.74 
 
 
119 aa  92  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.388111  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1157  hypothetical protein  42.74 
 
 
119 aa  92  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0017  putative lipoprotein  42.74 
 
 
119 aa  91.7  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.318965  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1416  hypothetical protein  42.74 
 
 
119 aa  91.7  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.237046  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2535  hypothetical protein  55.32 
 
 
116 aa  90.9  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.492129  normal  0.124515 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1503  ATP/GTP binding protein  41.94 
 
 
119 aa  89.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.061401  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0743  hypothetical protein  55.32 
 
 
119 aa  89  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0135792 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0726  hypothetical protein  54.26 
 
 
141 aa  87.4  6e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0234947  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1384  hypothetical protein  46.81 
 
 
119 aa  85.5  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00275643  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0647  Secreted repeat of unknown function  49.46 
 
 
295 aa  85.9  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.824327  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6204  hypothetical protein  45.83 
 
 
164 aa  83.6  8e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0594792  normal  0.0269002 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2209  hypothetical protein  34.51 
 
 
144 aa  82.8  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0239674 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1918  hypothetical protein  34.51 
 
 
144 aa  82.4  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00969066  hitchhiker  0.000868214 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3032  Secreted repeat of unknown function  36.57 
 
 
135 aa  82  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000392899  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2739  Secreted repeat of unknown function  41 
 
 
191 aa  78.6  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0867098  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3263  hypothetical protein  47.19 
 
 
126 aa  78.6  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.745389  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1489  hypothetical protein  44.68 
 
 
144 aa  76.3  0.0000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.092152 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2027  Secreted repeat of unknown function  36.8 
 
 
143 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0147  hypothetical protein  54.55 
 
 
128 aa  75.9  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129961  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2316  hypothetical protein  41.75 
 
 
132 aa  73.9  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.546748  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3790  hypothetical protein  36.08 
 
 
175 aa  73.6  0.0000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4095  Secreted repeat of unknown function  38.14 
 
 
169 aa  73.6  0.0000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.170148  normal  0.698481 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5354  hypothetical protein  41.38 
 
 
196 aa  72.4  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.531773  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2096  Secreted repeat of unknown function  34.91 
 
 
195 aa  72.8  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.251561  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0027  hypothetical protein  45.24 
 
 
200 aa  70.9  0.000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5084  secreted repeat of unknown function  38.78 
 
 
292 aa  70.5  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.182852  normal  0.686692 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0456  hypothetical protein  35.71 
 
 
141 aa  70.5  0.000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3290  Secreted repeat of unknown function  35.29 
 
 
165 aa  68.6  0.00000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1505  hypothetical protein  34.38 
 
 
298 aa  66.2  0.0000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0162675 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0063  hypothetical protein  33.02 
 
 
155 aa  65.5  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0398  Secreted repeat of unknown function  37.37 
 
 
186 aa  66.2  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.473291  normal  0.144879 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3560  Secreted repeat of unknown function  36.7 
 
 
277 aa  65.1  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.166475  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3360  Secreted repeat of unknown function  34.34 
 
 
189 aa  63.9  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0083  secreted repeat of unknown function  34.41 
 
 
175 aa  62.8  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4888  Secreted repeat of unknown function  33.62 
 
 
281 aa  63.2  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4389  hypothetical protein  35.79 
 
 
161 aa  62.4  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1439  Secreted repeat of unknown function  32.38 
 
 
138 aa  62.4  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3511  Secreted repeat of unknown function  34.31 
 
 
182 aa  61.2  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00420858 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2165  secreted repeat of unknown function  39.33 
 
 
189 aa  57.8  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2962  hypothetical protein  31.58 
 
 
159 aa  57.8  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00331599  normal  0.281874 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0050  secreted repeat of unknown function  30.11 
 
 
221 aa  52.4  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2418  Secreted repeat of unknown function  31.91 
 
 
461 aa  52  0.000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>