More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5294 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5294  ribonuclease PH  100 
 
 		 240 aa  490  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.475514 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5202  ribonuclease PH  100 
 
 		 240 aa  490  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.883526  normal  0.399595 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5342  ribonuclease PH  98.75 
 
 		 240 aa  484  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.452896  normal  0.0235575 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0179  ribonuclease PH  98.33 
 
 		 240 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.308415  hitchhiker  0.00000767641 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0077  ribonuclease PH  94.17 
 
 		 240 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0213  ribonuclease PH  94.58 
 
 		 240 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5547  ribonuclease PH  93.75 
 
 		 240 aa  461  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.376694 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4386  ribonuclease PH  92.5 
 
 		 239 aa  450  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0782226 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6110  ribonuclease PH  86.67 
 
 		 239 aa  424  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70420  ribonuclease PH  87.08 
 
 		 239 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02850  ribonuclease PH  84.17 
 
 		 239 aa  411  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0548  ribonuclease PH  70.04 
 
 		 238 aa  343  2e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3683  ribonuclease PH  69.04 
 
 		 239 aa  338  5.9999999999999996e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0449428 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3965  ribonuclease PH  69.33 
 
 		 238 aa  335  5e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0503837  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0112  ribonuclease PH  68.78 
 
 		 237 aa  333  1e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4361  ribonuclease PH  68.91 
 
 		 239 aa  332  2e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.889932  hitchhiker  0.00892611 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04048  ribonuclease PH  66.24 
 
 		 237 aa  330  9e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4282  ribonuclease PH  66.53 
 
 		 237 aa  329  3e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.887311  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0207  ribonuclease PH  68.07 
 
 		 238 aa  328  5.0000000000000004e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3844  ribonuclease PH  67.93 
 
 		 237 aa  328  5.0000000000000004e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02369  ribonuclease PH  66.95 
 
 		 241 aa  328  5.0000000000000004e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0319  ribonuclease PH  67.8 
 
 		 237 aa  327  8e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4847  ribonuclease PH  68.49 
 
 		 238 aa  325  4.0000000000000003e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.104243  hitchhiker  0.00000603572 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0153  ribonuclease PH  69.33 
 
 		 238 aa  323  2e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0062  ribonuclease PH  68.49 
 
 		 238 aa  322  4e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4068  ribonuclease PH  68.49 
 
 		 238 aa  322  4e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.010474  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5013  ribonuclease PH  68.49 
 
 		 238 aa  322  4e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4144  ribonuclease PH  68.49 
 
 		 238 aa  322  4e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00364124  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3978  ribonuclease PH  68.49 
 
 		 238 aa  322  4e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.055913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0320  ribonuclease PH  67.8 
 
 		 237 aa  322  4e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03500  ribonuclease PH  68.07 
 
 		 238 aa  321  5e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0681369  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3852  ribonuclease PH  68.07 
 
 		 238 aa  321  5e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0309904  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0068  ribonuclease PH  68.07 
 
 		 238 aa  321  5e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000387167  hitchhiker  0.000000182868 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4014  ribonuclease PH  68.07 
 
 		 238 aa  321  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3951  ribonuclease PH  68.07 
 
 		 238 aa  321  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4121  ribonuclease PH  68.07 
 
 		 238 aa  321  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.790075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4060  ribonuclease PH  68.07 
 
 		 238 aa  321  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.944116 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3933  ribonuclease PH  68.07 
 
 		 238 aa  321  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.310122  hitchhiker  0.0000391387 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0456  ribonuclease PH  66.95 
 
 		 237 aa  321  8e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0056  ribonuclease PH  68.64 
 
 		 238 aa  320  9.999999999999999e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.187742  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4160  ribonuclease PH  68.64 
 
 		 238 aa  320  9.999999999999999e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40103  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3604  ribonuclease PH  66.95 
 
 		 237 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0352  ribonuclease PH  66.95 
 
 		 237 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.666936 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3777  ribonuclease PH  66.95 
 
 		 237 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0049  ribonuclease PH  68.64 
 
 		 238 aa  320  9.999999999999999e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4256  ribonuclease PH  66.95 
 
 		 237 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3488  ribonuclease PH  65.82 
 
 		 237 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0903  ribonuclease PH  65.4 
 
 		 246 aa  318  3e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.398117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2951  ribonuclease PH  67.37 
 
 		 243 aa  319  3e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.304043  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2191  ribonuclease PH  65.68 
 
 		 238 aa  318  3.9999999999999996e-86  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.184109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4395  ribonuclease PH  68.07 
 
 		 238 aa  318  3.9999999999999996e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00847728  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4106  ribonuclease PH  68.07 
 
 		 238 aa  318  7e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0374298  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2098  ribonuclease PH  66.95 
 
 		 243 aa  317  1e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3051  ribonuclease PH  66.95 
 
 		 243 aa  317  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1966  ribonuclease PH  66.95 
 
 		 243 aa  317  1e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.211424  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3017  ribonuclease PH  66.95 
 
 		 243 aa  317  1e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.109379  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0813  ribonuclease PH  66.95 
 
 		 243 aa  317  1e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.696355  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2646  ribonuclease PH  66.95 
 
 		 243 aa  317  1e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0096  ribonuclease PH  67.65 
 
 		 238 aa  316  2e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.50257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3836  ribonuclease PH  67.09 
 
 		 237 aa  315  4e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1865  ribonuclease PH  65.68 
 
 		 238 aa  314  6e-85  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1584  ribonuclease PH  66.53 
 
 		 243 aa  315  6e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2446  ribonuclease PH  64.41 
 
 		 238 aa  314  7e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3087  ribonuclease PH  64.56 
 
 		 246 aa  314  8e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.775447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2960  ribonuclease PH  66.53 
 
 		 239 aa  313  9.999999999999999e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.552332  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0378  ribonuclease PH  66.67 
 
 		 237 aa  313  9.999999999999999e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000579905 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03452  hypothetical protein  71.77 
 
 		 230 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0505808  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2589  ribonuclease PH  63.45 
 
 		 238 aa  313  1.9999999999999998e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.704715  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3270  ribonuclease PH  64.56 
 
 		 241 aa  312  2.9999999999999996e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2154  ribonuclease PH  65.25 
 
 		 238 aa  312  2.9999999999999996e-84  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0518  ribonuclease PH  63.87 
 
 		 246 aa  311  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0957  ribonuclease PH  63.87 
 
 		 246 aa  311  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.88797  normal  0.461387 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0997  ribonuclease PH  63.87 
 
 		 246 aa  311  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0043  ribonuclease PH  64.41 
 
 		 238 aa  311  4.999999999999999e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2035  ribonuclease PH  64.96 
 
 		 238 aa  311  5.999999999999999e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1292  ribonuclease PH  63.87 
 
 		 238 aa  311  6.999999999999999e-84  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0523013  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0370  ribonuclease PH  67.37 
 
 		 237 aa  311  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0395  ribonuclease PH  67.37 
 
 		 237 aa  311  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000781282 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0381  ribonuclease PH  67.37 
 
 		 237 aa  311  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128151 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0369  ribonuclease PH  67.37 
 
 		 237 aa  311  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2403  ribonuclease PH  63.87 
 
 		 246 aa  310  9e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0667  ribonuclease PH  63.71 
 
 		 246 aa  310  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.500053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0066  ribonuclease PH  62.29 
 
 		 238 aa  310  2e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0869  ribonuclease PH  63.45 
 
 		 246 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0857  ribonuclease PH  63.45 
 
 		 246 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4568  ribonuclease PH  65.82 
 
 		 237 aa  309  2.9999999999999997e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000188043 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0973  ribonuclease PH  64.56 
 
 		 238 aa  308  4e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2343  ribonuclease PH  64.26 
 
 		 242 aa  308  4e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1977  ribonuclease PH  64.26 
 
 		 242 aa  308  4e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.87042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4105  ribonuclease PH  63.45 
 
 		 243 aa  308  5e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.12332  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2311  ribonuclease PH  63.45 
 
 		 239 aa  304  9.000000000000001e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3024  ribonuclease PH  66.1 
 
 		 243 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1994  ribonuclease PH  62.98 
 
 		 235 aa  302  3.0000000000000004e-81  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1989  ribonuclease PH  62.98 
 
 		 235 aa  302  3.0000000000000004e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001827  ribonuclease PH  61.76 
 
 		 238 aa  302  3.0000000000000004e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0308379  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00648  ribonuclease PH  61.76 
 
 		 240 aa  302  3.0000000000000004e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1960  ribonuclease PH  62.29 
 
 		 238 aa  301  7.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0244748  normal  0.445772 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2159  ribonuclease PH  61.44 
 
 		 238 aa  301  9e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0019254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3479  ribonuclease PH  63.14 
 
 		 239 aa  300  1e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.36463 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0405  ribonuclease PH  61.6 
 
 		 237 aa  300  1e-80  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>