218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5250 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5250  porin, putative  100 
 
 		 420 aa  854    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  89.52 
 
 		 420 aa  771    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  98.57 
 
 		 420 aa  846    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  64.3 
 
 		 431 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  64 
 
 		 435 aa  512  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  62.09 
 
 		 435 aa  511  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  44.66 
 
 		 446 aa  347  3e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  43.69 
 
 		 445 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  43.13 
 
 		 445 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  42.86 
 
 		 441 aa  318  9e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  42.89 
 
 		 443 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  41.76 
 
 		 448 aa  298  1e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  40.56 
 
 		 448 aa  290  3e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  39.32 
 
 		 447 aa  277  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1367  outer membrane porin  40.1 
 
 		 468 aa  275  1.0000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321453  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  39.9 
 
 		 427 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  41.13 
 
 		 421 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  39.23 
 
 		 447 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  41.13 
 
 		 421 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  38.54 
 
 		 422 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  39.27 
 
 		 440 aa  261  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  39.47 
 
 		 447 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  37.77 
 
 		 447 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  37.77 
 
 		 447 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  37.77 
 
 		 447 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  37.77 
 
 		 447 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  39 
 
 		 447 aa  256  6e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  38.22 
 
 		 455 aa  256  7e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  38.8 
 
 		 452 aa  253  7e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  37.06 
 
 		 427 aa  252  9.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  37.26 
 
 		 441 aa  252  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  36.8 
 
 		 427 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  37.5 
 
 		 425 aa  251  2e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  36.78 
 
 		 441 aa  250  4e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  36.65 
 
 		 448 aa  245  9e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  36.21 
 
 		 433 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  35.81 
 
 		 433 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  35.4 
 
 		 441 aa  243  6e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  35.99 
 
 		 446 aa  242  7.999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  34.51 
 
 		 449 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  35.28 
 
 		 429 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  34.81 
 
 		 433 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  39.75 
 
 		 414 aa  240  4e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02370  putative porin  36.96 
 
 		 452 aa  239  5e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000471352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  38.94 
 
 		 444 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  37.25 
 
 		 421 aa  238  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  34.09 
 
 		 479 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  39.13 
 
 		 444 aa  234  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  34.92 
 
 		 444 aa  234  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  33.18 
 
 		 441 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  36.34 
 
 		 431 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  36.82 
 
 		 422 aa  230  4e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  36.41 
 
 		 431 aa  230  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  34.44 
 
 		 429 aa  229  7e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  37.62 
 
 		 416 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  33.67 
 
 		 429 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  35.78 
 
 		 421 aa  227  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  37.41 
 
 		 454 aa  226  5.0000000000000005e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  35.78 
 
 		 421 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  37.07 
 
 		 416 aa  226  7e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  37.86 
 
 		 416 aa  226  7e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  37.53 
 
 		 417 aa  226  7e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  33.93 
 
 		 429 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  38.36 
 
 		 417 aa  224  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  33.67 
 
 		 429 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  39.03 
 
 		 417 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  37.09 
 
 		 418 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  34.73 
 
 		 416 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  33.67 
 
 		 433 aa  220  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  37 
 
 		 411 aa  220  5e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  35.42 
 
 		 415 aa  219  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  34.29 
 
 		 417 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  34.82 
 
 		 418 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  36.04 
 
 		 438 aa  218  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40000  OprD family outer membrane porin  36.28 
 
 		 452 aa  216  4e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0644019  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  36.1 
 
 		 416 aa  216  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  34.05 
 
 		 417 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  34.55 
 
 		 426 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  34.22 
 
 		 413 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  35.99 
 
 		 444 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2839  porin  35.97 
 
 		 467 aa  216  9e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  36.47 
 
 		 444 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  37.68 
 
 		 409 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  35.53 
 
 		 417 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  35.25 
 
 		 421 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  36.23 
 
 		 444 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  36.23 
 
 		 444 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  37.29 
 
 		 416 aa  213  7.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  35.16 
 
 		 430 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  34.97 
 
 		 418 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  35.25 
 
 		 418 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  35.75 
 
 		 412 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  35.16 
 
 		 430 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  34.77 
 
 		 418 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  35.38 
 
 		 423 aa  210  4e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  34.5 
 
 		 428 aa  210  4e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  36 
 
 		 421 aa  210  4e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  36.55 
 
 		 417 aa  210  4e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  34.86 
 
 		 417 aa  209  8e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  35.49 
 
 		 412 aa  209  8e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>