More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5138 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  583  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  98.96 
 
 		 289 aa  577  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  95.85 
 
 		 289 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  90.31 
 
 		 289 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  78.6 
 
 		 287 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  60.56 
 
 		 292 aa  348  8e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  60.28 
 
 		 288 aa  342  5.999999999999999e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  60.28 
 
 		 288 aa  342  5.999999999999999e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  56.43 
 
 		 293 aa  296  2e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  51.79 
 
 		 311 aa  275  4e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  51.79 
 
 		 311 aa  275  4e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  49.29 
 
 		 295 aa  270  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 295 aa  269  4e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 299 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 304 aa  251  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  46.57 
 
 		 311 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  46.57 
 
 		 311 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 305 aa  248  9e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 305 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 311 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 305 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 283 aa  213  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 291 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 288 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 295 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 288 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  37.46 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 286 aa  155  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 298 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 294 aa  149  7e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 316 aa  148  9e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 316 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 274 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 294 aa  142  8e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 314 aa  142  9e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 287 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 301 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 309 aa  138  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 309 aa  138  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 301 aa  138  8.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 287 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  33.21 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  29.66 
 
 		 323 aa  136  4e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  31.43 
 
 		 313 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 315 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 325 aa  132  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.02 
 
 		 293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  35.02 
 
 		 293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.02 
 
 		 293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.02 
 
 		 293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.02 
 
 		 293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.02 
 
 		 293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.6 
 
 		 293 aa  129  6e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 311 aa  129  6e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.84 
 
 		 291 aa  128  9.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.61 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  30 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 318 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 290 aa  126  5e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 322 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 309 aa  124  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 322 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 327 aa  123  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 322 aa  122  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.91 
 
 		 287 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.92 
 
 		 292 aa  122  7e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.91 
 
 		 287 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.91 
 
 		 287 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.91 
 
 		 287 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.91 
 
 		 287 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  30.42 
 
 		 318 aa  122  8e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.18 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.29 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.18 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.18 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>