More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5131 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01698  predicted transporter  76.19 
 
 
463 aa  667    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.770973  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1913  sodium:dicarboxylate symporter  76.19 
 
 
463 aa  666    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0453037  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5131  sodium:dicarboxylate symporter  100 
 
 
463 aa  906    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0334  sodium:dicarboxylate symporter  94.82 
 
 
463 aa  796    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2447  transporter, dicarboxylate/amino acid:cation (Na+ or H+) symporter (DAACS) family  76.19 
 
 
463 aa  667    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01686  hypothetical protein  76.19 
 
 
463 aa  667    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.709568  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2651  sodium:dicarboxylate symporter family protein  75.32 
 
 
463 aa  684    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.342663  normal  0.0129409 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1903  sodium:dicarboxylate symporter  76.19 
 
 
463 aa  667    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.835053 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1462  sodium/dicarboxylate symporter family protein  75.97 
 
 
463 aa  667    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.726866 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2024  sodium:dicarboxylate symporter family protein  75.97 
 
 
463 aa  662    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.546812  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5183  sodium:dicarboxylate symporter  98.49 
 
 
463 aa  894    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.337682  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1974  sodium:dicarboxylate symporter family  76.19 
 
 
463 aa  666    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.47375  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1962  sodium:dicarboxylate symporter  75.76 
 
 
463 aa  687    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.152982  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5360  Sodium:dicarboxylate symporter  82.9 
 
 
463 aa  727    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1434  sodium:dicarboxylate symporter family  76.41 
 
 
463 aa  666    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1795  sodium:dicarboxylate symporter  75.76 
 
 
463 aa  685    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1685  sodium:dicarboxylate symporter family protein  75.76 
 
 
463 aa  685    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.24446  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2123  sodium:dicarboxylate symporter  76.19 
 
 
463 aa  680    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00153943  decreased coverage  0.000144884 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1714  sodium:dicarboxylate symporter  76.84 
 
 
463 aa  666    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.424207  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1851  transporter, dicarboxylate/amino acid:cation (Na+ or H+) symporter (DAACS) family  76.19 
 
 
463 aa  684    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0377279  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1417  sodium:dicarboxylate symporter family  76.19 
 
 
463 aa  664    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.977711  normal  0.0168529 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1950  sodium/dicarboxylate symporter family protein  76.19 
 
 
463 aa  666    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1810  sodium/dicarboxylate symporter family protein  76.19 
 
 
463 aa  666    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2041  sodium:dicarboxylate symporter  71.21 
 
 
463 aa  651    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0258833  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1449  sodium:dicarboxylate symporter family  76.41 
 
 
463 aa  666    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5004  sodium:dicarboxylate symporter  99.35 
 
 
463 aa  900    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.143079  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2193  sodium:dicarboxylate symporter  75.38 
 
 
464 aa  629  1e-179  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1900  sodium:dicarboxylate symporter  74.51 
 
 
464 aa  621  1e-177  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1316  sodium:dicarboxylate symporter  69.91 
 
 
462 aa  614  1e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.539428 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1380  sodium:dicarboxylate symporter  69.48 
 
 
462 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.379298  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4249  sodium:dicarboxylate symporter  67.54 
 
 
462 aa  576  1.0000000000000001e-163  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.688664 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0856  sodium/dicarboxylate symporter  61.09 
 
 
471 aa  533  1e-150  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02122  hypothetical protein  56.77 
 
 
457 aa  516  1.0000000000000001e-145  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003695  sodium/dicarboxylate symporter  56.77 
 
 
457 aa  510  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0365  dicarboxylate/amino acid:cation (Na+ or H+) symporter (DAACS) family protein  60.88 
 
 
451 aa  505  9.999999999999999e-143  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1813  sodium/dicarboxylate symporter  55.63 
 
 
456 aa  498  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0716204  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0981  sodium:dicarboxylate symporter  53.59 
 
 
463 aa  444  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.216579  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4324  sodium:dicarboxylate symporter family protein  52.89 
 
 
464 aa  412  1e-114  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000495156  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4100  sodium:dicarboxylate symporter  52.67 
 
 
464 aa  414  1e-114  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000169232  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4377  sodium:dicarboxylate symporter family protein  52.89 
 
 
464 aa  412  1e-114  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000178657  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1461  sodium:dicarboxylate symporter  53.42 
 
 
451 aa  409  1e-113  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000388581  normal  0.0381632 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4148  sodium:dicarboxylate symporter family protein  52.67 
 
 
464 aa  410  1e-113  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000696352  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3988  sodium:dicarboxylate symporter family protein  52.67 
 
 
464 aa  410  1e-113  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.04073e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3998  sodium:dicarboxylate symporter family protein  52.67 
 
 
464 aa  410  1e-113  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000216588  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4469  sodium:dicarboxylate symporter family protein  52.67 
 
 
464 aa  410  1e-113  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000172174  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2975  sodium:dicarboxylate symporter  51.96 
 
 
463 aa  409  1e-113  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0873777  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4358  sodium:dicarboxylate symporter family protein  52.67 
 
 
464 aa  411  1e-113  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4267  sodium:dicarboxylate symporter family protein  52.67 
 
 
464 aa  410  1e-113  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0876  sodium:dicarboxylate symporter family protein  52.67 
 
 
464 aa  411  1e-113  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000000242898  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0682  sodium:dicarboxylate symporter  48.78 
 
 
465 aa  390  1e-107  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000682862  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0063  sodium:dicarboxylate symporter family protein  46.37 
 
 
462 aa  379  1e-104  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00246087  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0442  sodium:dicarboxylate symporter  48.3 
 
 
462 aa  365  1e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000381157  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0431  sodium:dicarboxylate symporter  48.3 
 
 
462 aa  365  1e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000163479  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1660  Na+/H+-dicarboxylate symporter  42.7 
 
 
480 aa  362  7.0000000000000005e-99  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000719973  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0324  sodium:dicarboxylate symporter  44.62 
 
 
455 aa  359  5e-98  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0130  sodium/dicarboxylate symporter family protein  42.98 
 
 
457 aa  359  6e-98  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000347492  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1465  transporter dicarboxylate/amino acid:cation (na+ or H+) symporter (daacs) family  45.07 
 
 
448 aa  357  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.361022  normal  0.10396 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1500  dicarboxylate/amino acid:cation (Na+ or H+) symporter family protein  44.84 
 
 
448 aa  356  3.9999999999999996e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000799891 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1803  transporter, dicarboxylate/amino acid:cation (na+ or H+) symporter (daacs) family  44.84 
 
 
448 aa  356  3.9999999999999996e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.260998  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1481  dicarboxylate/amino acid:cation (Na+ or H+) symporter family transporter  44.84 
 
 
448 aa  355  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.175987  hitchhiker  0.00000339976 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1974  dicarboxylate/amino acid:cation (Na+ or H+) symporter family protein  44.62 
 
 
448 aa  353  2.9999999999999997e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.416802  hitchhiker  0.000000330732 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2153  sodium:dicarboxylate symporter  51.02 
 
 
470 aa  349  7e-95  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1200  sodium:dicarboxylate symporter  42.01 
 
 
464 aa  346  5e-94  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02783  hypothetical protein  40.6 
 
 
468 aa  338  9.999999999999999e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0754  transporter, dicarboxylate/amino acid:cation (na+ or H+) symporter (daacs) family protein  45.43 
 
 
463 aa  333  5e-90  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.7297  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1019  sodium:dicarboxylate symporter family protein  32.54 
 
 
435 aa  220  3.9999999999999997e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00254139  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1191  sodium/dicarboxylate symporter family protein  32.82 
 
 
435 aa  219  8.999999999999998e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0028335  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0025  sodium/dicarboxylate symporter  31.79 
 
 
461 aa  204  4e-51  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.181863  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0052  sodium/dicarboxylate symporter  31.79 
 
 
461 aa  204  4e-51  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2844  sodium:dicarboxylate symporter  33.77 
 
 
436 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000693951  decreased coverage  0.00000000285663 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0027  sodium/dicarboxylate symporter  31.64 
 
 
461 aa  201  3e-50  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2481  sodium:dicarboxylate symporter  32.88 
 
 
436 aa  199  7e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1948  sodium:dicarboxylate symporter family protein  32.52 
 
 
437 aa  199  9e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1396  sodium:dicarboxylate symporter  30.23 
 
 
450 aa  198  1.0000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000220299  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1800  sodium:dicarboxylate symporter  32.51 
 
 
436 aa  197  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0926897  hitchhiker  0.00000253529 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1726  sodium:dicarboxylate symporter  32.53 
 
 
437 aa  197  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1532  sodium:dicarboxylate symporter  31.11 
 
 
442 aa  194  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000132104  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3562  proton/glutamate symporter, putative  33.56 
 
 
413 aa  194  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1095  sodium:dicarboxylate symporter  32.19 
 
 
419 aa  195  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1582  sodium:dicarboxylate symporter  33.19 
 
 
437 aa  195  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.147509 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1657  sodium:dicarboxylate symporter  33.11 
 
 
437 aa  195  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.188605  hitchhiker  0.000269021 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1319  sodium:dicarboxylate symporter  33.8 
 
 
437 aa  194  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0460332  normal  0.366599 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1028  sodium:dicarboxylate symporter  32.19 
 
 
419 aa  194  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2492  sodium:dicarboxylate symporter  32.3 
 
 
440 aa  193  5e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.574734  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2612  sodium:dicarboxylate symporter  32.82 
 
 
440 aa  193  5e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.821757  normal  0.0122814 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1129  sodium:dicarboxylate symporter  32.19 
 
 
419 aa  193  5e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1852  sodium:dicarboxylate symporter  32.3 
 
 
440 aa  193  5e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000496305 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3263  sodium:dicarboxylate symporter  32.19 
 
 
419 aa  193  5e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.316295  normal  0.0437652 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2499  sodium:dicarboxylate symporter  32.08 
 
 
440 aa  192  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.625769  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2227  sodium:dicarboxylate symporter  33.57 
 
 
439 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.49503  hitchhiker  0.00495377 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0129  sodium:dicarboxylate symporter  33.16 
 
 
417 aa  189  7e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.957581  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3163  sodium:dicarboxylate symporter  32.79 
 
 
417 aa  188  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2983  sodium:dicarboxylate symporter  32.79 
 
 
417 aa  187  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.799074 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1338  proton/glutamate symporter  30.31 
 
 
445 aa  187  3e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0052  proton/glutamate symporter  32.13 
 
 
433 aa  187  4e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3065  sodium:dicarboxylate symporter  32.79 
 
 
417 aa  187  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.715653 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2253  sodium:dicarboxylate symporter  32.45 
 
 
441 aa  187  4e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1033  sodium:dicarboxylate symporter  32.27 
 
 
419 aa  182  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0480  sodium:dicarboxylate symporter  29.05 
 
 
428 aa  182  1e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0200306  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1216  sodium:dicarboxylate symporter  31.32 
 
 
441 aa  181  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>