134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5086 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5086  nuclease (SNase domain protein)  100 
 
 		 255 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.715814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4959  nuclease  97.25 
 
 		 273 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5136  nuclease  85.88 
 
 		 273 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0379  nuclease  80.31 
 
 		 273 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0402  nuclease (SNase-like)  59.2 
 
 		 260 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0400  nuclease  57.54 
 
 		 267 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.246467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5785  putative nuclease  56.75 
 
 		 255 aa  278  7e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.397198  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5135  staphylococcal nuclease-like protein  55.69 
 
 		 247 aa  278  8e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0538  nuclease  58.17 
 
 		 266 aa  278  9e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66700  putative nuclease  55.56 
 
 		 255 aa  277  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2093  nuclease (SNase domain protein)  34.22 
 
 		 278 aa  148  8e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00243596  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4124  nuclease  38.6 
 
 		 260 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000792946  hitchhiker  0.000000518116 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2968  nuclease (SNase domain protein)  35.41 
 
 		 272 aa  112  7.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00021469  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0537  nuclease  33.06 
 
 		 286 aa  106  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2838  nuclease  29.08 
 
 		 247 aa  101  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.426487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0124  nuclease (SNase-like)  25.94 
 
 		 275 aa  92.8  4e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00271835  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0382  nuclease  30.4 
 
 		 256 aa  88.2  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04500  nuclease (SNase domain protein)  34.93 
 
 		 276 aa  82.8  0.000000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3427  nuclease  29.58 
 
 		 263 aa  78.2  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.983203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3775  nuclease  30.98 
 
 		 257 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.770263  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1900  nuclease (SNase-like)  33.56 
 
 		 266 aa  74.7  0.000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.898699  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1118  nuclease (SNase domain protein)  33.33 
 
 		 180 aa  71.2  0.00000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1691  nuclease  30.22 
 
 		 272 aa  70.5  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880921 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0891  thermonuclease precursor family protein  31.01 
 
 		 178 aa  67  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000025104  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5232  nuclease (SNase domain protein)  41.86 
 
 		 175 aa  66.2  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1889  nuclease (SNase domain protein)  33.83 
 
 		 224 aa  65.9  0.0000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.058729  normal  0.0179002 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0912  Micrococcal nuclease (thermonuclease)  33.33 
 
 		 190 aa  65.5  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.967698 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2051  nuclease (SNase-like)  35.92 
 
 		 228 aa  64.7  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0268547  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  37.93 
 
 		 195 aa  64.7  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1218  micrococcal nuclease  28.23 
 
 		 284 aa  63.5  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340298  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0011  protein ParB  29.75 
 
 		 166 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3457  nuclease  31.79 
 
 		 222 aa  62.4  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000805339 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0889  nuclease  32.33 
 
 		 197 aa  61.6  0.00000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.000805707  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2044  nuclease (SNase-like)  36.17 
 
 		 191 aa  61.2  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0753  nuclease  31.16 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.838035  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0480  nuclease  41.86 
 
 		 136 aa  60.5  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.898976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0068  nuclease  35.86 
 
 		 169 aa  59.7  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0509  nuclease (SNase-like)  30.88 
 
 		 273 aa  59.7  0.00000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.58824  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1084  nuclease (SNase domain protein)  35.24 
 
 		 333 aa  59.3  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.598507  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2776  nuclease (SNase-like)  31.21 
 
 		 186 aa  57.4  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1467  Excalibur domain-containing protein  35.79 
 
 		 259 aa  57.4  0.0000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0276  nuclease (SNase-like)  26.86 
 
 		 264 aa  57  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.1811 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1385  thermonuclease  29.46 
 
 		 190 aa  57  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000128794  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1412  thermonuclease  29.46 
 
 		 190 aa  57  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000099778  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0453  nuclease  27.78 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.686842 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00761  hypothetical protein  32.23 
 
 		 155 aa  56.6  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.489486 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2456  nuclease (SNase domain protein)  31.45 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.127297  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0447  nuclease (SNase-like)  31.29 
 
 		 157 aa  55.8  0.0000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0276095  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0982  nuclease (SNase-like)  28.66 
 
 		 249 aa  55.1  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000000101814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1341  nuclease (SNase domain protein)  32.17 
 
 		 271 aa  55.1  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.223732  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0487  nuclease (SNase domain protein)  31.9 
 
 		 262 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.936462  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf871  nuclease, lipoprotein  27.95 
 
 		 234 aa  55.1  0.000001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2932  nuclease  25.28 
 
 		 244 aa  55.1  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000967854  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4496  nuclease  30.26 
 
 		 187 aa  55.1  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  29.79 
 
 		 192 aa  53.9  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1371  nuclease  34.13 
 
 		 231 aa  53.5  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.490456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0389  nuclease  28.38 
 
 		 183 aa  53.9  0.000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0448  nuclease  27.7 
 
 		 183 aa  53.5  0.000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0938967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3090  nuclease (SNase-like)  38.46 
 
 		 201 aa  52.8  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906098  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1472  nuclease  27.7 
 
 		 183 aa  52.8  0.000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1250  nuclease (SNase-like)  36.84 
 
 		 124 aa  52.4  0.000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0693  thermonuclease family protein  28.67 
 
 		 199 aa  52.4  0.000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.739462  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0133  nuclease  29.92 
 
 		 231 aa  52.4  0.000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.247387 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2262  nuclease (SNase-like)  35.66 
 
 		 324 aa  51.6  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.274888  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3744  nuclease  31.13 
 
 		 183 aa  51.6  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000150292  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0103  thermonuclease  33.08 
 
 		 209 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.244407  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0794  nuclease  32.88 
 
 		 327 aa  51.6  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1456  nuclease (SNase domain protein)  30.26 
 
 		 184 aa  50.4  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0371  nuclease (SNase domain protein)  33.83 
 
 		 171 aa  50.1  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.079056  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1912  nuclease (SNase-like)  40 
 
 		 323 aa  49.7  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.183465  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0569  nuclease  30.61 
 
 		 192 aa  50.1  0.00004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0018  nuclease (SNase domain protein)  31.82 
 
 		 372 aa  48.5  0.00009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00664076  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3323  nuclease  35.48 
 
 		 163 aa  48.5  0.00009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.763522 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2736  Micrococcal nuclease  26.06 
 
 		 258 aa  48.5  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.000000195344  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2003  nuclease (SNase-like)  30 
 
 		 227 aa  48.5  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0376173  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0966  nuclease  28.1 
 
 		 185 aa  48.1  0.0001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0797979  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2298  nuclease  26.88 
 
 		 309 aa  48.1  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.195217  normal  0.652893 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03631  hypothetical protein  31.43 
 
 		 155 aa  48.5  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0454  nuclease (SNase domain protein)  30.3 
 
 		 192 aa  48.1  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0290  SNase-like nuclease  28.49 
 
 		 227 aa  47.4  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0060  nuclease  30.66 
 
 		 351 aa  47.8  0.0002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0199  nuclease  26.97 
 
 		 374 aa  47.4  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.565023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7541  hypothetical protein  24.4 
 
 		 240 aa  47.4  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0051  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  28.57 
 
 		 148 aa  47  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.176892  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1039  nuclease (SNase domain protein)  32.31 
 
 		 161 aa  47  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0952  nuclease (SNase-like)  30.72 
 
 		 157 aa  46.6  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0083  nuclease, SNase-like  32.64 
 
 		 274 aa  46.6  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0755  nuclease (SNase-like)  32.12 
 
 		 166 aa  46.6  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5373  putative nuclease-like protein  35.71 
 
 		 176 aa  46.6  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0199446 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0551  nuclease (SNase-like)  27.12 
 
 		 258 aa  46.2  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0371  nuclease  28.91 
 
 		 350 aa  46.2  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000121604  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0084  nuclease homolog  26.77 
 
 		 153 aa  46.2  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.381949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06071  micrococcal nuclease  31.91 
 
 		 185 aa  46.2  0.0005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.312315  normal  0.542138 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1572  hypothetical protein  25.95 
 
 		 156 aa  46.2  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0428303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2526  SNase-like nuclease  29.2 
 
 		 171 aa  45.8  0.0006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0971838  normal  0.0202736 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2144  nuclease (SNase-like)  33.79 
 
 		 162 aa  45.8  0.0006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.149778  normal  0.293408 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0374  nuclease  27.94 
 
 		 346 aa  46.2  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.180384  hitchhiker  0.00530121 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0006  nuclease homolog  25.98 
 
 		 153 aa  45.8  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00328656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0030  thermonuclease family protein  25.2 
 
 		 214 aa  45.8  0.0007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0694892  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2972  nuclease  39.13 
 
 		 273 aa  45.8  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.722719  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>