More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5061 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 667 aa  1344    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5112  choline/carnitine/betaine transporter  97.6 
 
 		 667 aa  1318    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  96.4 
 
 		 667 aa  1308    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5269  choline transporter  49.09 
 
 		 664 aa  655    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4827  BCCT transporter  48.94 
 
 		 664 aa  655    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.767861 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6160  choline transporter BetT  76.02 
 
 		 534 aa  790    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0247  BCCT transporter  49.33 
 
 		 666 aa  663    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  0.516419 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5241  BCCT transporter  82.01 
 
 		 665 aa  1110    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151008  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  99.7 
 
 		 667 aa  1339    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  48.85 
 
 		 653 aa  645    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70980  choline transporter BetT  76.92 
 
 		 516 aa  757    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.92652 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  48.86 
 
 		 671 aa  647    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0253  choline/carnitine/betaine transporter  47.74 
 
 		 667 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.984352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0244  choline/carnitine/betaine transporter  47.81 
 
 		 667 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.300044  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0229  choline/carnitine/betaine transporter  47.81 
 
 		 653 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00896074 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4983  choline/carnitine/betaine transporter  47.52 
 
 		 665 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.684113  normal  0.911624 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  43.65 
 
 		 681 aa  590  1e-167  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  43.26 
 
 		 681 aa  587  1e-166  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2299  choline/carnitine/betaine transporter  47.51 
 
 		 659 aa  580  1e-164  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.944514  normal  0.189875 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1835  choline/carnitine/betaine transporter  55.73 
 
 		 516 aa  548  1e-154  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.484388 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  42.9 
 
 		 667 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  42.75 
 
 		 667 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  42.9 
 
 		 667 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  42.6 
 
 		 667 aa  535  1e-151  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  41.76 
 
 		 637 aa  532  1e-150  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  40.96 
 
 		 657 aa  531  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  41.04 
 
 		 661 aa  525  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  42.92 
 
 		 664 aa  523  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  40.98 
 
 		 661 aa  520  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0223  choline transport protein BetT  41.19 
 
 		 686 aa  521  1e-146  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  41.63 
 
 		 684 aa  519  1e-146  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3745  choline/carnitine/betaine transporter  40.65 
 
 		 724 aa  521  1e-146  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3496  choline/carnitine/betaine transporter  40.93 
 
 		 724 aa  518  1.0000000000000001e-145  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.81429 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00270  choline transporter of high affinity  40.63 
 
 		 677 aa  513  1e-144  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3292  choline/carnitine/betaine transporter  40.63 
 
 		 677 aa  513  1e-144  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2603  choline transport protein BetT  42.4 
 
 		 685 aa  512  1e-144  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.158704 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0331  choline transport protein BetT  40.63 
 
 		 677 aa  513  1e-144  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3309  choline transport protein BetT  40.63 
 
 		 677 aa  513  1e-144  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0345  choline transport protein BetT  40.63 
 
 		 677 aa  513  1e-144  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0376  choline transport protein BetT  40.63 
 
 		 677 aa  513  1e-144  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0597337 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0373  choline transport protein BetT  40.63 
 
 		 677 aa  513  1e-144  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.834443  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00273  hypothetical protein  40.63 
 
 		 677 aa  513  1e-144  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  38.92 
 
 		 679 aa  504  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23270  choline/carnitine/betaine transport  40.3 
 
 		 695 aa  500  1e-140  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0746939  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4280  choline/carnitine/betaine transporter  40 
 
 		 720 aa  499  1e-140  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.692689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  40.48 
 
 		 656 aa  501  1e-140  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  39.94 
 
 		 660 aa  497  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2557  choline transport protein BetT  39.07 
 
 		 677 aa  490  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  37.35 
 
 		 660 aa  490  1e-137  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  39.6 
 
 		 659 aa  486  1e-136  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  39.6 
 
 		 659 aa  486  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2828  choline transport protein BetT  38.9 
 
 		 682 aa  485  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  38.81 
 
 		 668 aa  484  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  38.02 
 
 		 646 aa  485  1e-135  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2914  choline transport protein BetT  38.9 
 
 		 682 aa  485  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.929761  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  39 
 
 		 667 aa  482  1e-134  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2792  choline/carnitine/betaine transporter  38.4 
 
 		 711 aa  478  1e-133  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  39.45 
 
 		 658 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  41.11 
 
 		 661 aa  476  1e-133  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  39.3 
 
 		 658 aa  474  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  38.72 
 
 		 661 aa  472  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  40.15 
 
 		 658 aa  475  1e-132  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  39.3 
 
 		 658 aa  474  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  38.89 
 
 		 685 aa  472  1e-132  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  36.56 
 
 		 644 aa  471  1.0000000000000001e-131  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  39.03 
 
 		 658 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  39.15 
 
 		 658 aa  472  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  39.15 
 
 		 658 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  38.09 
 
 		 676 aa  466  9.999999999999999e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  39.3 
 
 		 658 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  39.15 
 
 		 658 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  37.09 
 
 		 673 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  37.83 
 
 		 682 aa  460  9.999999999999999e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  36.83 
 
 		 687 aa  457  1e-127  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  35.65 
 
 		 682 aa  453  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1709  choline/carnitine/betaine transporter  38.7 
 
 		 697 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.227681  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  36.59 
 
 		 698 aa  442  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1919  choline/carnitine/betaine transporter  35.45 
 
 		 750 aa  439  1e-121  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  37.08 
 
 		 662 aa  436  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  36.1 
 
 		 682 aa  436  1e-121  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  37.25 
 
 		 676 aa  435  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  37.62 
 
 		 691 aa  435  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31680  choline/carnitine/betaine transport  42.19 
 
 		 534 aa  431  1e-119  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.130775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  37.33 
 
 		 676 aa  427  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3281  choline/carnitine/betaine transporter  34.87 
 
 		 751 aa  426  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0983086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  36.78 
 
 		 676 aa  424  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4210  choline/carnitine/betaine transport  36.39 
 
 		 676 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157306  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4156  choline/carnitine/betaine transporter  36.39 
 
 		 676 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87836  normal  0.0109397 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  36.99 
 
 		 673 aa  421  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22520  choline/carnitine/betaine transport  35.44 
 
 		 748 aa  418  9.999999999999999e-116  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00223968  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  36.46 
 
 		 676 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  36.46 
 
 		 676 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  36.46 
 
 		 676 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  36.46 
 
 		 676 aa  411  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  36.46 
 
 		 716 aa  411  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  36.46 
 
 		 676 aa  411  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  36.46 
 
 		 716 aa  411  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0734  choline/carnitine/betaine transporter  47.98 
 
 		 426 aa  408  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.797641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3308  choline/carnitine/betaine transporter  37.03 
 
 		 698 aa  404  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.634741 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  38.44 
 
 		 573 aa  387  1e-106  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>