More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5055 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_5055  rhodanese domain-containing protein  100 
 
 
137 aa  277  3e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162705  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4928  rhodanese domain-containing protein  99.27 
 
 
137 aa  277  4e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.84511  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0410  rhodanese domain-containing protein  94.16 
 
 
137 aa  251  3e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.692094 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5106  rhodanese domain-containing protein  93.43 
 
 
137 aa  238  2e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0334  rhodanese-like protein  70.07 
 
 
137 aa  193  6e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206424  normal  0.623131 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4884  rhodanese-like protein  60.58 
 
 
137 aa  185  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4245  rhodanese domain-containing protein  60.58 
 
 
137 aa  184  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0856379 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5326  rhodanese-like domain protein  59.85 
 
 
137 aa  182  9e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5864  hypothetical protein  66.42 
 
 
139 aa  167  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.352414  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67750  rhodanese-like domain-containing protein  66.42 
 
 
139 aa  167  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0121316  normal  0.782302 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04680  Rhodanese-like protein  59.85 
 
 
137 aa  163  8e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.940144  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0495  hypothetical protein  46.15 
 
 
132 aa  135  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0717  rhodanese domain-containing protein  46.38 
 
 
144 aa  132  2e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3165  rhodanese domain-containing protein  43.7 
 
 
138 aa  129  1e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0047  rhodanese-like protein  42.03 
 
 
139 aa  119  1e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1704  putative sulfurtransferase  41.73 
 
 
141 aa  106  1e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0463  rhodanese-related sulfurtransferase  41.73 
 
 
144 aa  106  1e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4390  rhodanese domain-containing protein  36.69 
 
 
141 aa  96.7  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00543  rhodanese domain protein  36.69 
 
 
141 aa  91.7  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4028  rhodanese domain-containing protein  38.13 
 
 
143 aa  90.9  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3983  rhodanese domain protein  38.13 
 
 
143 aa  90.9  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3902  rhodanese domain protein  38.13 
 
 
143 aa  90.9  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.186637 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3921  rhodanese domain protein  38.13 
 
 
143 aa  90.9  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4089  rhodanese domain-containing protein  38.13 
 
 
143 aa  90.9  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3948  rhodanese domain-containing protein  37.41 
 
 
143 aa  90.5  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.848224 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3823  rhodanese domain-containing protein  37.41 
 
 
143 aa  90.5  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0097  rhodanese domain-containing protein  37.41 
 
 
143 aa  90.5  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2225  hypothetical protein  35.07 
 
 
139 aa  90.5  6e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2254  hypothetical protein  35.07 
 
 
139 aa  90.5  6e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4039  rhodanese domain protein  37.41 
 
 
143 aa  90.5  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4984  rhodanese domain protein  37.41 
 
 
143 aa  90.5  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03469  predicted rhodanese-related sulfurtransferase  37.41 
 
 
143 aa  90.5  6e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03420  hypothetical protein  37.41 
 
 
143 aa  90.5  6e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0094  Rhodanese domain protein  37.41 
 
 
143 aa  90.5  6e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0124  rhodanese domain-containing protein  35.97 
 
 
143 aa  90.1  9e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2536  rhodanese domain-containing protein  32.14 
 
 
145 aa  89.7  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4115  rhodanese domain-containing protein  36.69 
 
 
143 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0611  rhodanese-like protein  36.57 
 
 
141 aa  88.6  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2399  rhodanese-like protein  38.24 
 
 
138 aa  87.8  5e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4140  rhodanese domain-containing protein  35.21 
 
 
144 aa  86.7  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.585965  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0076  rhodanese domain-containing protein  35.21 
 
 
144 aa  86.7  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0070  rhodanese domain-containing protein  35.21 
 
 
144 aa  86.7  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2349  Rhodanese domain protein  33.09 
 
 
141 aa  85.5  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  3.98103e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2803  hypothetical protein  36.62 
 
 
145 aa  84.7  4e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4818  rhodanese domain-containing protein  33.1 
 
 
144 aa  84.3  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.355939  hitchhiker  0.000187411 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0663  rhodanese-like domain-containing protein  36.3 
 
 
135 aa  84  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2839  rhodanese-like domain-containing protein  36.3 
 
 
135 aa  84  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1412  rhodanese-like domain-containing protein  36.3 
 
 
135 aa  84  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0180  rhodanese-like domain-containing protein  36.3 
 
 
135 aa  84  6e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3207  rhodanese-like domain-containing protein  36.3 
 
 
135 aa  84  6e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0267  rhodanese domain-containing protein  38.97 
 
 
161 aa  84  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.968437  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0479  rhodanese domain-containing protein  36.3 
 
 
135 aa  83.6  9e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0498  rhodanese domain-containing protein  36.3 
 
 
135 aa  83.6  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0157  hypothetical protein  32.35 
 
 
148 aa  83.2  1e-15  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1736  rhodanese-like protein  34.35 
 
 
151 aa  82  2e-15  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.138343  normal  0.316919 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0417  rhodanese-like domain-containing protein  36.09 
 
 
135 aa  82  2e-15  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.764861  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2023  Rhodanese domain protein  29.79 
 
 
142 aa  82  3e-15  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2570  rhodanese domain-containing protein  31.43 
 
 
151 aa  81.3  4e-15  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0116994 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3612  rhodanese-like protein  38.13 
 
 
141 aa  81.3  4e-15  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.588144  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6185  rhodanese-like protein  33.83 
 
 
140 aa  80.9  5e-15  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2911  rhodanese domain-containing protein  34.59 
 
 
140 aa  80.9  6e-15  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0447  rhodanese domain-containing protein  34.59 
 
 
140 aa  80.1  1e-14  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.185748  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2856  rhodanese domain-containing protein  34.68 
 
 
140 aa  79  2e-14  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0535  Rhodanese domain protein  36.76 
 
 
141 aa  78.6  2e-14  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3941  Rhodanese domain protein  33.81 
 
 
143 aa  79.3  2e-14  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2827  Rhodanese domain protein  34.33 
 
 
135 aa  79.3  2e-14  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2242  rhodanese-like protein  34.68 
 
 
140 aa  79  2e-14  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.98062  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2773  rhodanese domain-containing protein  34.68 
 
 
140 aa  79  2e-14  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4102  Rhodanese domain protein  34.81 
 
 
138 aa  79  2e-14  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.25625  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2867  rhodanese domain-containing protein  34.68 
 
 
140 aa  78.6  3e-14  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.758649 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0809  rhodanese domain-containing protein  34.4 
 
 
142 aa  78.2  3e-14  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.321585  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1122  rhodanese-like protein  36.21 
 
 
141 aa  77.8  5e-14  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0039  rhodanese domain-containing protein  33.09 
 
 
135 aa  77  7e-14  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.861184  normal  0.831321 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4180  putative rhodanese-related sulfurtransferase  36.03 
 
 
141 aa  77  9e-14  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3857  rhodanese domain-containing protein  32.85 
 
 
135 aa  76.3  1e-13  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.848576  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3285  rhodanese domain-containing protein  29.29 
 
 
141 aa  76.3  1e-13  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1310  rhodanese-like protein  36.57 
 
 
135 aa  75.1  3e-13  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.649013  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0229  Rhodanese domain protein  33.57 
 
 
140 aa  75.1  3e-13  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.479162  hitchhiker  0.0025446 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0178  Rhodanese domain protein  31.65 
 
 
143 aa  74.7  4e-13  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0354  hypothetical protein  33.57 
 
 
151 aa  74.3  5e-13  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.842496  normal  0.122714 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0151  Rhodanese domain protein  36.44 
 
 
123 aa  74.3  6e-13  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0364235  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4083  Rhodanese domain protein  33.09 
 
 
143 aa  73.6  9e-13  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11691  transcriptional regulator  37.61 
 
 
218 aa  73.6  9e-13  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.393301 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002246  rhodanese-related sulfurtransferase  33.58 
 
 
144 aa  72.8  1e-12  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.566025  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03971  hypothetical protein  35.59 
 
 
144 aa  73.6  1e-12  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0046  rhodanese domain-containing protein  33.58 
 
 
144 aa  72.8  1e-12  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  2.63421e-05 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0050  rhodanese domain-containing protein  33.58 
 
 
144 aa  73.2  1e-12  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0052  rhodanese domain-containing protein  33.58 
 
 
158 aa  72.8  1e-12  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.03873e-06 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4364  Rhodanese domain protein  32.37 
 
 
143 aa  72.8  2e-12  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0044  rhodanese domain-containing protein  33.58 
 
 
144 aa  72  2e-12  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00248227 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3805  rhodanese domain-containing protein  33.87 
 
 
170 aa  72.4  2e-12  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.715987 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0305  rhodanese-like protein  35.38 
 
 
137 aa  72.4  2e-12  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0887  rhodanese-like protein  33.82 
 
 
136 aa  71.6  3e-12  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.726229  normal  0.333017 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4020  rhodanese domain-containing protein  32.12 
 
 
144 aa  72  3e-12  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0032  rhodanese-like protein  32.61 
 
 
248 aa  72  3e-12  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0041  rhodanese domain-containing protein  33.58 
 
 
144 aa  71.6  3e-12  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1814  rhodanese domain-containing protein  32.84 
 
 
135 aa  72  3e-12  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.315882  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1212  rhodanese domain-containing protein  28.57 
 
 
146 aa  71.2  4e-12  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3697  rhodanese-like protein  32.85 
 
 
144 aa  71.2  5e-12  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2187  rhodanese-like protein  29.85 
 
 
135 aa  69.7  1e-11  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>