More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4990 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4990  type IV pili signal transduction protein PilI  100 
 
 		 184 aa  366  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.400912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4864  putative CheW protein  99.46 
 
 		 184 aa  363  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0316337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5040  CheW protein  97.83 
 
 		 184 aa  357  8e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0474  CheW protein  92.93 
 
 		 184 aa  341  4e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5306  CheW protein  60.8 
 
 		 179 aa  210  9e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0138969  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05340  twitching motility protein PilI  58.62 
 
 		 178 aa  198  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0510  twitching motility protein PilI  58.62 
 
 		 178 aa  198  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0405  putative CheW protein  56.82 
 
 		 177 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5032  type IV pilus protein PilI  55.49 
 
 		 179 aa  188  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0490  CheW-like protein  56.07 
 
 		 179 aa  186  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3632  twitching motility protein PilI  42.29 
 
 		 179 aa  139  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3769  putative CheW protein  45.98 
 
 		 181 aa  138  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2099  CheW protein  43.84 
 
 		 176 aa  126  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1816  type IV pili signal transducer  43.84 
 
 		 176 aa  123  1e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2902  putative CheW protein  38.15 
 
 		 181 aa  118  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0357  CheW protein  39.08 
 
 		 183 aa  109  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0717557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2157  putative CheW protein  40.52 
 
 		 179 aa  99  4e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0129  CheW-like protein  34.32 
 
 		 178 aa  95.5  4e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0894  CheW protein  31.4 
 
 		 176 aa  84.7  7e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1018  pilus biogenesis protein  31.4 
 
 		 176 aa  84.7  7e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.708664  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01604  pilus biogenesis protein  32.95 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.329291  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1184  CheW protein  31.25 
 
 		 161 aa  73.2  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0668983 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0744  CheW protein  32.54 
 
 		 155 aa  73.2  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0575  CheW protein  27.97 
 
 		 183 aa  72.4  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.426805  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3087  CheW protein  32.37 
 
 		 176 aa  72.4  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.166967 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1450  chemotaxis signal transduction protein  35.4 
 
 		 518 aa  71.6  0.000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0243  CheW protein  33.04 
 
 		 163 aa  71.6  0.000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3041  CheW protein  30.34 
 
 		 163 aa  70.9  0.000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0219579 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3202  purine-binding chemotaxis protein CheW  28.48 
 
 		 164 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1351  CheW-like protein  28 
 
 		 164 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1307  CheW protein  28.48 
 
 		 164 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.897711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1374  CheW protein  28.48 
 
 		 164 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.158762 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1367  CheW protein  28.48 
 
 		 164 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1871  CheW protein  35.51 
 
 		 185 aa  70.5  0.00000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.688459 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2027  CheW protein  29.32 
 
 		 163 aa  69.7  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1643  CheW protein  29.29 
 
 		 161 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2551  putative CheW protein  28.48 
 
 		 164 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3023  CheW protein  30.83 
 
 		 164 aa  69.7  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3144  putative CheW protein  34.92 
 
 		 262 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2911  putative CheW protein  28.48 
 
 		 164 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.810949  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1462  CheW protein  28.48 
 
 		 164 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3043  putative CheW protein  28.48 
 
 		 164 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.605856 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2901  putative CheW protein  28.48 
 
 		 164 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.3057  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02863  chemotaxis protein CheW  29.71 
 
 		 163 aa  69.3  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1391  CheW protein  30.22 
 
 		 164 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.896559  normal  0.172651 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0039  putative CheW protein  34.38 
 
 		 154 aa  68.2  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2272  purine-binding chemotaxis protein CheW  29.53 
 
 		 164 aa  68.6  0.00000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.124095  normal  0.11667 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1195  CheW protein  40.22 
 
 		 212 aa  67.8  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1207  CheW protein  28 
 
 		 164 aa  67.8  0.00000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.848506  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0284  CheW protein  29.01 
 
 		 158 aa  67.8  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.628672 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2796  putative CheW protein  31.93 
 
 		 159 aa  67.8  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.153028  normal  0.193406 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1773  CheW protein  32.17 
 
 		 161 aa  67.8  0.00000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2836  CheW protein  28.87 
 
 		 156 aa  67  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0103385 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0690  purine-binding chemotaxis protein  24.79 
 
 		 466 aa  67  0.0000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00466397  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2285  CheW protein  28.3 
 
 		 141 aa  67  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.126917  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0516  CheW protein  28.8 
 
 		 171 aa  67.4  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.1773  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2575  CheW protein  28.87 
 
 		 156 aa  67  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.256512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2380  CheW protein  29.84 
 
 		 177 aa  66.6  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2283  chemotaxis protein CheW  29.55 
 
 		 164 aa  66.2  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1386  CheW protein  29.5 
 
 		 163 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2155  flagellar FliF M-ring protein  28.03 
 
 		 161 aa  66.2  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1966  putative CheW protein  28.06 
 
 		 162 aa  67  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1259  putative CheW protein  29.01 
 
 		 158 aa  67  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.543562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2154  putative CheW protein  25.6 
 
 		 139 aa  65.9  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0332  purine-binding chemotaxis protein CheW  27.41 
 
 		 165 aa  65.9  0.0000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03137  hypothetical protein  28.68 
 
 		 164 aa  65.5  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0875  CheW protein  30.77 
 
 		 154 aa  65.5  0.0000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1528  chemotaxis protein CheW  28.15 
 
 		 164 aa  65.5  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.908591  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1647  purine-binding chemotaxis protein CheW  28.68 
 
 		 174 aa  65.1  0.0000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002839  positive regulator of CheA protein activity (CheW)  28.68 
 
 		 164 aa  65.1  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.856149  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2441  putative CheW protein  27.27 
 
 		 163 aa  65.1  0.0000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00205848  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2676  CheW protein  37.11 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0640816  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3862  putative purine-binding chemotaxis protein  31.09 
 
 		 159 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71104  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45500  putative purine-binding chemotaxis protein  31.09 
 
 		 159 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2040  CheW protein  30.25 
 
 		 158 aa  64.3  0.0000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1560  putative CheW protein  25.42 
 
 		 146 aa  63.5  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.918027  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0206  CheW domain protein  28.26 
 
 		 164 aa  63.5  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00161643  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2813  CheW protein  30.69 
 
 		 168 aa  63.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2408  CheW protein  31.94 
 
 		 152 aa  64.3  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.492759  normal  0.123205 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0297  purine-binding chemotaxis protein CheW  28.18 
 
 		 164 aa  63.2  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1988  chemotaxis protein CheW  30.25 
 
 		 159 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.381098  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3428  CheW-like protein  30.25 
 
 		 159 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.661205 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2050  putative CheW protein  29.13 
 
 		 154 aa  63.2  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143061  normal  0.348957 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4332  purine-binding chemotaxis protein CheW  30.25 
 
 		 159 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.300318  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3658  CheW protein  30.25 
 
 		 159 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1535  putative CheW protein  30.25 
 
 		 159 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.107211  normal  0.640168 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2309  CheW protein  31.86 
 
 		 238 aa  62.4  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2817  CheW protein  27.36 
 
 		 141 aa  62.4  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0779  CheW protein  33.33 
 
 		 165 aa  62.4  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3901  CheW protein  30.25 
 
 		 159 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1572  CheW protein  26.92 
 
 		 161 aa  62  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.650684  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0876  CheW protein  31.68 
 
 		 164 aa  62.4  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000145541  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3265  CheW protein  25 
 
 		 164 aa  62  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000123984 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0741  CheW protein  30.77 
 
 		 162 aa  62  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2186  CheW protein  35.45 
 
 		 194 aa  62  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1692  CheW protein  35.45 
 
 		 191 aa  61.6  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0484464  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1838  CheW protein  29.03 
 
 		 177 aa  62  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00299326 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1763  CheW protein  35.45 
 
 		 191 aa  61.6  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0992  CheW protein  28.46 
 
 		 162 aa  61.2  0.000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.0071906  normal  0.764949 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2888  CheW protein  26.52 
 
 		 167 aa  60.8  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>