More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4985 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
239 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  99.16 
 
 
239 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  95.82 
 
 
239 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  90.79 
 
 
239 aa  444  1e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  84.52 
 
 
239 aa  418  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  83.26 
 
 
241 aa  410  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  80.75 
 
 
240 aa  400  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  81.17 
 
 
239 aa  403  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  81.17 
 
 
239 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  80.75 
 
 
240 aa  398  1e-110  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  79.5 
 
 
239 aa  378  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.24 
 
 
244 aa  248  8e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  50.63 
 
 
242 aa  232  3e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.08 
 
 
241 aa  230  2e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  46.8 
 
 
248 aa  227  1e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  44.94 
 
 
242 aa  226  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0546  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.74 
 
 
244 aa  224  8e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00942051  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  44.21 
 
 
242 aa  223  2e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.91 
 
 
244 aa  221  6e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.71 
 
 
243 aa  218  5e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  1.1142e-06  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  46.28 
 
 
243 aa  213  3e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.44 
 
 
244 aa  212  4e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.03 
 
 
244 aa  212  5e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  1.46224e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.27 
 
 
243 aa  211  6e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.85 
 
 
243 aa  211  7e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.67 
 
 
243 aa  210  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.67 
 
 
243 aa  209  3e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.21 
 
 
243 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.45 
 
 
243 aa  209  4e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  47.76 
 
 
244 aa  208  5e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.27 
 
 
243 aa  208  6e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.44 
 
 
243 aa  208  7e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.67 
 
 
243 aa  208  7e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.8 
 
 
243 aa  207  8e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3526  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.8 
 
 
243 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000194196  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.8 
 
 
243 aa  207  1e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0809  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.8 
 
 
243 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.3307e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.63 
 
 
243 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  46.5 
 
 
243 aa  207  1e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.63 
 
 
259 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.63 
 
 
259 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.8 
 
 
243 aa  206  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  3.60607e-06  hitchhiker  2.21121e-06 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.04 
 
 
243 aa  206  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.04 
 
 
243 aa  206  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  45.04 
 
 
243 aa  206  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  45.04 
 
 
243 aa  206  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.04 
 
 
243 aa  206  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  3.13548e-07 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.04 
 
 
243 aa  206  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.04 
 
 
243 aa  206  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.04 
 
 
243 aa  206  3e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  45.04 
 
 
243 aa  206  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.21 
 
 
243 aa  205  7e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  5.30934e-05  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.74 
 
 
246 aa  204  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.39 
 
 
244 aa  204  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.63 
 
 
243 aa  204  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  1.46734e-05 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  42.62 
 
 
245 aa  203  2e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.21 
 
 
259 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.21 
 
 
259 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  3.49077e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.62 
 
 
243 aa  202  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.62 
 
 
243 aa  202  3e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.62 
 
 
243 aa  202  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  7.11088e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.55 
 
 
243 aa  202  4e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.27 
 
 
245 aa  201  6e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.15 
 
 
244 aa  201  9e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  45.04 
 
 
243 aa  199  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.03 
 
 
244 aa  199  3e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  45.27 
 
 
244 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.56 
 
 
246 aa  192  4e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  42.15 
 
 
242 aa  192  5e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.44 
 
 
244 aa  187  1e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.24 
 
 
244 aa  186  2e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.79 
 
 
244 aa  186  4e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.27 
 
 
247 aa  185  7e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.98 
 
 
242 aa  182  3e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.28 
 
 
255 aa  182  4e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.32 
 
 
255 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.32 
 
 
255 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.37 
 
 
255 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3586  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.45 
 
 
245 aa  181  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.982939  normal  0.09223 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.91 
 
 
256 aa  180  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.3 
 
 
249 aa  180  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.03 
 
 
245 aa  179  4e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.04 
 
 
244 aa  178  5e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.82 
 
 
255 aa  178  6e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.87 
 
 
255 aa  178  8e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.5 
 
 
255 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.5 
 
 
255 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.5 
 
 
255 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0155  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.28 
 
 
242 aa  177  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388772  normal  0.374711 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  40.8 
 
 
249 aa  177  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.5 
 
 
255 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.5 
 
 
255 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.5 
 
 
255 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.5 
 
 
255 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.46 
 
 
255 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  40.8 
 
 
249 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  41.98 
 
 
245 aa  175  5e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  1.39128e-07 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  42.51 
 
 
248 aa  175  5e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  42.98 
 
 
243 aa  174  1e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.87 
 
 
251 aa  174  1e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>